公元2020年，一名黑客制作的恶作剧性质的计算机病毒发生异变，其源代码开始进化，使病毒可以直接吞噬其它数据并持续成长。这种病毒后来被称作Virus。如今，Virus已经达到了人类望尘莫及的技术水平——数据实体化。
Virus能在连接互联网的情况下用自身代码感染并吞噬其他数据并使感染数据实体化，感染数据通常实体化为家用电器、电子产品等。数据实体化的物体被称作Trojan（木马），Virus能通过Trojan作为载体实体化为怪物，当实体化完成时便会从Trojan脱出，并有目标性地攻击人类。
注意到Virus的人类世界产生极大恐慌。与此同时，几家游戏公司相继技术突破，掌握了数据实体化技术，制作了各类以自家游戏机变身的战斗系统，召集使用者变身为代码猎人（Code Hunter）与Virus展开作战，目的是获取Virus的核心源代码以研究，制作出针对Virus的杀毒系统。
现在，一名少年无意中卷入这场纷争，用任天堂旗下的DS系统变身为代码猎人NDS，拉开了序幕。
