=序言=
西历21XX年，人类制造的机械生命体Repliloid开始活跃，他们深入到地底、天空、海洋，甚至宇宙、整个世界的任何角落，帮助人类一起推动整个世界的科技发展。
但随着Sigma病毒的泛滥以及越来越多的Repliloid成为Irregular，Repliloid之间的战争便一发不可收拾。
为了取代传统Repliloid，人们又开发出了新世代Repliloid，并具有搭载“复制芯片”的能力。
通过“复制芯片”，使新世代Repliloid具有无限复制的能力，能帮助人类完成开发宇宙等更高难度的工作。
人类掌握了开发宇宙的新技术，利用建成的“Jacob轨道电梯”，开始向月球移民，这就是所谓的“Jacob计划”。
而“Jacob计划”却成为一场阴谋，最终为Irregular Hunter——X、Zero和Axl粉碎。
鉴于Lumine的异常化，政府决定终止拥有复制能力的新世代Repliloid开发计划以及复制芯片的生产，
但是由于开发宇宙的需要，复制芯片开始再度生产。
而今，世界已恢复了平静，人类同Repliloid和平共处的新时代，真的已经到来了吗？
Sigma：“现在正是见证新世界来临的时候了…宇宙开发是我的孩子--新世代Repliloid的使命！”
（OP剧情）
【Jacob轨道电梯】
Vava：“呃…难道……我要在这里……等死吗……我……我不甘心……早晚有一天……我要改变这个世界…………”
Dynamo：“真是可怜，被伤成这样，大概也没办法修复了吧…”
Vava：“你…你又是什么人？！哼，要是识相的话，就……快滚！”
Dynamo：“别这样嘛，你现在和我战斗的话动力炉会烧毁的。跟我先回去吧。”
Vava：“我为什么要跟你回去？”
Dynamo：“因为，这个世界马上就要改变，我们需要你的帮忙。而且，你现在需要修复。”
Vava：“哼，少热心了！大爷我不会帮任何人的忙！”
Dynamo：“那么，你就呆在这里吧……本来以为，这样一来，就可以干掉X他们了。”
Vava：“等等！带我回去！”
Dynamo：“你终于想通了吗？那好吧……”（带Vava走）
【Genesis研究所：研究室】
Noah：“已经修复好了，另外，我们在你体内之植入了Genesis的能量装置，你现在感觉如何？”
Vava：“力量源源不断，非常棒！太感谢你们了！”
Noah：“没有副作用就好。”
Vava：“那么，你们修复了我这个Irregular，是想让我帮你们做事吗？我可不是任人摆布的走狗！”
Noah：“我们希望改变这个腐朽堕落的世界，还有，我们一起的话，一定能让整个世界进化。”
Vava：“你这个狂妄自大的人类，给大爷听好了！能改变这个世界的，只有老子！”
Noah：“不，如果我们不合作，这世界就无法改变。”
Vava：“开什么玩笑，我很忙的，没空跟你们啰嗦！”
Noah：“等等！你要去哪里！？”
Vava：“当然是去找X他们算账,啊哈哈哈哈哈！”（飞走）
Noah：“Dynamo！教授现在不在，要是被他知道就糟糕了，你快去阻止Vava！”
Dynamo：“Noah大人，放心吧，Vava他，自有分寸。”
Noah：“可我还是担心，那样的家伙，迟早会搅乱我们的大计划。”
Dynamo：“不要紧，我会密切监视他的。”
【Intro Stage：市中心】
Vava：“哼，那群家伙，说什么让世界进化，不过是像Sigma那样利用完新世代Repliloid就弃如玩物罢了。那些是……Irregular？为什么在这种地方？算了，不管如何，这个世界的未来，只有大爷我说了算！”（Mission Start）
（中BOSS战：VS 异常摩托车）
（BOSS战）
X：“Vava？！你不是已经…？”
Vava：“大吃一惊了吗，X。我这次回来，就是找你们报仇的！”
X：“这次又是Sigma搞的鬼吗？”
Vava：“Sigma不是早就死在你们手里了吗？哼，废话少说，这次老子我一定要拆了你，X！”
（Warning）
（若被他打败）
X：“停手吧，Vava！我不会让你胡作非为！”
（打败他后）
X：“呃…好强！”
Vava：“那是当然，老子可是拥有Genesis的力量啊！”
X：“Genesis？那是什么？”
Vava：“不知道，不过看样子，你们是打不赢我的！X，人们都说你拥有无限的可能性啊，正义的英雄啊，今天，我就让你为所谓的正义牺牲吧！”
Zero：“住手！Vava！”
Vava：“哼，Zero…是来救X的吗？真是物以类聚啊，啊哈哈哈哈！”
Zero：“Vava！这次，就让我们来个了断吧！”
Vava：“好啊！怕你不成！？”
Dynamo：“可以到此为止了！”（把Vava带走）
X：“等、等等！”
Zero：“他们已经走了，这里，看样子也没什么异常了，我们也先回去吧。”
（Mission Complete）
（剧情）
【Genesis研究所：研究室】
Abel：“喔，原来你就是Vava？老朽是这座研究所的主人，Abel教授。老朽一直期盼着人类和Repliloid都能拥有美好的未来，但是有部分像X那样的Repliloid，伤害着被称为Irregular的同胞，老朽不赞同那样的作法，你也很恨X吧？这样我们就达成统一战线了。”
Vava：“老头，我没兴趣听你那套理论。”
Abel：“听不听不要紧，反正Genesis的力量已经足以让你打倒那些Repliloid了吧。”
Vava：“Genesis？”
Abel：“对，老朽的计划，名字就是‘Genesis计划’，创造新世界的计划。”
Vava：“新世界？你和Sigma都疯了吗？看样子，我们都是疯子，啊哈哈哈哈！”
Abel：“疯子？老朽也承认老朽是疯子，不过，老朽的计划一旦成功了，人们就会认同你吧，Vava，你不会永远都背着Irregular的恶名的。”
Vava：“Irregular是恶？那什么是善呢？这个世界本来就是残酷的，只有强者才能生存！”
Abel：“对，所以，这样的世界才需要摧毁。”
Vava：“什么？”
Abel：“不好吗？老朽已经派出了八位使徒前往世界各地进行改造了。”
Vava：“又是从前Sigma的那一套吗？”
Abel：“不，老朽是为了停止你们Repliloid之间无谓的战争。”
Vava：“哼，行了吧，你不过是想成为新世界的主人罢了，不过你放心，我Vava不会让你如愿的！”
Abel：“那么，我们就试试吧，地点都在屏幕上了，你可以随时行动。”
屏幕：
水上高速：人们建立的水上高速公路，现在使徒正在改造水质。
BOSS：Cocytus
冶炼工厂：用来冶炼黄金的工厂，现在由使徒占领。
BOSS：Mammon
休眠火山：使徒正在想办法引发这座火山。
BOSS：Hyperion
供电站：整座都市的供电枢纽，现在电路短路。
BOSS：Perseus
地下研究所：据说是发现X的地方，使徒正在调查。
BOSS：Pan
人造惑星：用来开拓宇宙文明的天体，现在由使徒占领。
BOSS：Hermes
地球之伤：这里是Eurasia坠落的地点，现在使徒正在调查。
BOSS：Metis
神秘公馆：十分神秘的建筑，使徒正在调查。
BOSS：Bophomet
