（回基地后，发生剧情动画）
雪儿：“似乎是有人想利用黑暗精灵的程式制造婴儿精灵做坏事，不过还好事件得以平息，辛苦了，None。”
None：“没什么…”
（谢鲁弗进来）
谢鲁弗：“雪儿博士，Zero的身体已经快完成了。”
雪儿：“太好了，谢鲁弗，那么，很快他就能重生了吗？”
谢鲁弗：“但是，在这之间还要观察一段时间，万一他失去记忆的话就麻烦了。”
雪儿：“那么，就麻烦你了，谢鲁弗。”
露吉：“警报！警报！议会总部遭到袭击！”
雪儿：“怎么会这样？！露吉，打开讯息！”
（打开讯息）
Sinister：“雪儿博士！大事不妙！故障者，似乎已经占领了议会总部！我、我们的守卫队似乎也不敌他们，现在，他们就要攻到这里来了！快！快来增、增援！”（通讯中断）
雪儿：“糟糕，Sinister君一定出事了，None，你快去看看吧！”
None：“好的！我这就去！”
（离开指令室后）
Zero：“别去！None！这是圈套！”
None：“但是，Sinister大人有危险！”
Zero：“None！”
None：“不管Sinister大人是不是那些事件的主谋，总之，我不希望有人受伤！你也是吧，Zero！”
Zero：“唉，拿你没办法。好吧，我们走吧…”
（指令室内）
雪儿：“怎么办，碰上这情况要是Zero在的话就好了。”
谢鲁弗：“雪儿博士，相信None吧，我觉得他也能成功完成这次任务的。”
雪儿：“但是，None毕竟不是Zero…”
谢鲁弗：“那么，我去继续我的工作了。”
（中插关：议会总部）
雪儿：“None，现在故障者大概已经入侵了议会总部，那么，请你将它们消灭，拜托了。”（Mission Start）
（一路上都是半机械人士兵的尸体，消灭一路的故障者后来到电梯）
None：“奇怪，电梯无法运转？”
Zero：“去电力室，然后用获得的电属性技能开启电梯引擎。”
None：“我明白了。”
（进入电力室，用电属性技能开启引擎后，返回电梯中，上到二层，继续前进遭遇中BOSS激光战舰）
None：“让开！”
（打败激光战舰后，继续前进到电梯内，进入三层）
None：“那、那些是…婴儿精灵？！”
（打败婴儿精灵后，继续前进到电梯内，进入四层，进入总部最高处）
None：“那、那是雪儿博士？！”
（此时雪儿被绑在机器上，机器开始倒计时）
Zero：“雪儿！”
（None冲过去想将雪儿救下，可是却被防护罩挡住）
None：“可恶，这里被防护罩挡住了！”
Zero：“交给我吧…”
（Zero瓦解了防护罩后，None进入）
None：“雪儿博士！”
（None上前将雪儿救下）
雪儿：“谢谢你，None。”
None：“雪儿博士，你怎么在这里？！”
雪儿：“None，我不放心Sinister君所以就来了，但是，却被故障者绑在这里。”
*此时None的通讯器响了*
雪儿：“None！检测到该区域有大量故障者！对了，Sinister君还好吗？”
None：“雪儿博士，你不是…？！”
雪儿：“怎么了？那么，我会时刻注意那边的情况。”（通讯中断）
None：“你是故障者？！”（面向地上的雪儿）
雪儿：“你真是太天真了呢，少年。”
None：“什、什么？！”
雪儿：“一切都在Sinister大人的计划之中呢！None！哦不，Zero！”（扯下雪儿的假面具，是一名杂兵，放出高压电将None击晕）
None：“唔啊啊啊啊——！！！！！！！！！！”（被电击）
Sinister：“终于，让我的计划能得以实现了。”
None：“你、你这个…可恶…”（被电击）
Sinister：“我从我手下那里得到消息，Zero就在你的体内，根据数据分析，Zero的数据似乎已和你的数据融合了呢，不过，我还是有办法从你体内将他取出！”（手一挥，从空中降下一台机器）
None/Zero：“！”（那台机器一闪一闪，Zero从None体内飘出）
Sinister：“终于，我-Sinister将得到Zero的力量，铲除一切阻碍我的杂碎，我要证明给雪儿博士看，证明给整个星球上的生命看，我将创造完美的世界！”
（None跪倒在地，被众杂兵用枪炮指着，这时，从附近又飘来一只金色的电子精灵）
？：“你的计划破灭了哦，Sinister…”
Sinister：“你、你是谁？！”
？：“Zero我带走了！”
（一金一红两只精灵互相缠绕着离开）
Sinister：“那只精灵是…？”
（剧情动画：谢鲁弗实验室）
Zero：“艾尔陴斯，谢了。”
艾尔陴斯：“听X说，你在这世界遭遇不测了，就让我来看看，但是，X一直为你在这世界徘徊而担心着。”
Zero：“让X担心了，不过，这世界的确还需要我。”
艾尔陴斯：“那边是你的新身体吗？”
Zero：“谢鲁弗已经修好了，我先用用看。”（飘至新身体上，与新身体融合，之后以新身体的姿态坐起）
艾尔陴斯：“正如你所说，这个世界仍需要你，因为那时的我曾使用过黑暗精灵，所以我更明白…那么，一切就交给你了，Zero。”（飘走）
（另一方面：Sinister处，Sinister将None封印在一个水晶容器内）
Sinister：“虽然计划被搅乱了，不过，实现计划的那一天只是时间问题。”
女执行官：“大人，雪儿博士的讯息。”
Sinister：“我知道了。”
（打开讯息）
雪儿：“Sinister君，那边的情况似乎稳定了呢，对了，None为什么还没回基地来？”
Sinister：“None他为了救我，不幸被故障者俘虏了。”
雪儿：“什么？！我已经失去Zero了，我不能再失去None，无论怎样我都要把None救出来！”
Sinister：“雪儿博士，请冷静，我们不能自乱阵脚。”
雪儿：“但是……”
Sinister：“就交给我吧！None他不会有事的！”（通讯中断）
Sinister：“接下来，只要得到那家伙的档案，就能提前完成计划了。”
（ZeroRegion档案库）
男执行官：“大人，这么急…发生什么事了？”
Sinister：“没什么，你快把档案库的门打开。”
男执行官：“可是大人，这么做雪儿博士会不高兴的…”
Sinister：“打开！！”
男执行官：“啊，是是…”
（Sinister进去开始寻找None的档案）
Sinister：“没有…没有……不可能没有的……绝对不可能……我问你！档案库是不是有人来过！雪儿博士她来过吗？！”
男执行官：“除了大人您以外，这几天没人来过这里。”
Sinister：“这就奇怪了…一个连档案都没有的半机械人少年是怎么混进来的…”
男执行官：“大人，您怎么了？”
Sinister：“哦，没什么，那么，我回总部去了。”（离开）
男执行官：“最近Sinister大人究竟是怎么了？”
（Zero处，Zero复活后可以操纵Zero在基地里到处走）
（雪儿房间）
爱尔特：“Zero哥哥？真的是Zero哥哥？！我没做梦吧！？”
爱尔特：“Zero哥哥，雪儿姐姐她刚刚来过这里，但是又走了。”
爱尔特：“你赶快去找姐姐她吧，给她一个惊喜~”
（谢鲁弗实验室门旁边）
杜伊特：“Zero？你终于复活了？太好了…”
杜伊特：“本来我还想趁谢鲁弗不在的时候偷偷启动你呢，但已经停止了你的机能，怎么你还能运转呢？”
杜伊特：“快去见雪儿博士吧，听说又发生什么大事了。”
（指令室）
雪儿：“Zero？！真的是Zero？！”
Zero：“雪儿，我说过，请相信我…”
雪儿：“你终于回来了，太好了。”
Zero：“你的努力我全看到了，人类和半机械人果然和平共处了。”
雪儿：“是的，但是，自从故障者出现后，和平就被打破了…”
Zero：“所以我才回到这世界。对了，None有没有回基地来？”
雪儿：“你也知道None吗？在你不在的这几天里，都是None去各处平息异常。但是，他在议会总部执行任务的时候，为了救Sinister君，不幸被敌人抓去了，生死未卜。”
Zero：“糟糕…”
雪儿：“我们又检测出了四个异常地点，要显示吗，Zero？”（选‘要’/‘不要’）
（选‘要’）
露吉：“这些是发生异常的地点。”
“终止异常电磁波”：
露吉：“在新闻塔里检测出异常电磁波，这种电磁波会损伤人类脑组织，并且也会对半机械人的思考回路产生劣性影响，目前电磁波的频率和范围在不断扩大，为了停止电磁波，请前去新闻塔，将发射电磁波的天线销毁吧。”
“回收资料”：
露吉：“我们的一部分资料在建设ZeroRegion的时候遗落在了一片热带丛林里，那里面有很重要的信息，似乎暗藏着ZeroRegion的机密，但是那片区域里的故障者似乎也想将它们抢走，请前去回收这些资料，拜托了。”
“阻止大型原子炮发射”：
露吉：“在灼热沙漠里检测到大型原子炮，由于该区域内的人工太阳释放出的高强光使该区域内的气候更加灼热，在高温高热的环境下，大型原子炮聚集了大量的能量，万一它发射的话，后果将不堪设想，请在它发射前将它终止，那么，拜托了。”
“调查异次元空间”
露吉：“在伊甸的建设工地附近出现了一个类似异次元的扭曲裂缝，在里面检测到大量故障者存在，请前去异次元空间里调查一下，那么，拜托了。”
（选‘不要’）
雪儿：“你刚复活，还是得休息一下，这样吧，等你准备好了再来吧。”
（指令室旁的医疗室内）
罗茜诺丽：“Zero先生，你终于复活了，但是，你的身体状态还得再休息一段时间。”
罗茜诺丽：“人类和半机械人虽然和平共处了，但这个世界仍然有很多故障者存在，到底这种战争要持续到什么时候呢？我的工作需要安静的环境，我很担心，数月前的悲剧会再次重演。”
罗茜诺丽：“对了，有件事要拜托你，我们治疗伤患用的急救药箱落在了冰冻流川里，你能帮我把药箱取回来吗？”（选‘能’/‘不能’）
（选‘不能’）
罗茜诺丽：“我知道你很忙，这样吧，我让雪儿博士派其他人去帮我取回来吧。”
（选‘能’）
罗茜诺丽：“那么拜托你了，因为我们的药库里正缺这些药，如果没有这些药，我的工作就无法正常进行。”（Mission Start）
（来到指令室）
系统：“要和谁说话呢？”（选‘传送员’/‘雪儿’/‘取消’）
（选‘传送员’）
露吉：“要做什么呢？”（选‘选择任务’/‘传送’）
（选‘传送’，再选‘冰冻流川’）
露吉：“传送准备！”
贞妮：“传送开始！3、2、1…传送！”
（来到冰冻流川里找到药箱后用逃逸装置从冰冻流川关卡里脱出，返回医疗室内）
罗茜诺丽：“这些急救药箱终于即时找回来了，辛苦你了，这些能量水晶是给你的报酬。”（得到500EC，Mission Complete）
罗茜诺丽：“真希望世界能够真正和平，虽然是奢望，但我相信终有一天，和平会来临的。”
（4F-Room）
皮克：“Zero，你终于醒了？知道这个世界发生了什么吗？Sinister大人他为了建造殖民地‘伊甸’而努力着，人们似乎也很期待，但是，那种殖民地真的像他所说的是人类和半机械人终级乐园吗？”
皮克：“我很担心雪儿博士，在你不在的时候，雪儿博士整个人都得相思病了，我说得太夸张了，抱歉。”
（4F左边的平台上）
海荣德尔：“Zero，想必你已经知道了吧，现在世界又混乱了，似乎是受了某种未知病毒的影响，不过我只听说过历史上记载着一种病毒。你有兴趣听吗？”（选‘有’/‘算了’）
（选‘算了’）
海荣德尔：“听说这种病毒和目前发现的未知病毒有关。”
（选‘有’）
海
荣德尔：“这种病毒似乎是由数百年前一位邪恶的科学家创造的，当时，他企图利用这种病毒征服世界，可惜他的野心最终破灭了，而那种病毒随后与西格玛进行了
数据接触，变异为西格玛病毒，从此，故障半机械人战争开始了。之后，X用玛萨精灵将西格玛连同病毒一起彻底消灭，然而，历史上并未说明那种病毒究竟是被消
灭完了，还是有部分残余，要是那种未知病毒也是种能令半机械人狂暴的病毒的话就糟了，不过，我相信Zero的。”
海荣德尔：“Sinister大人最近心事重重，似乎是因为‘伊甸’建设计划被故障者搅乱的事而苦恼着，不过，我从一些人口中得到的消息，Sinister大人才是幕后黑手，是真是假我也不能确定。”
（5F左炮台）
佛空：“Zero终于醒了，太好了，这样我的工作就能轻松点了。”
佛空：“这里交给我了，好好照顾雪儿博士，这几个月她为了你整个人都瘦了不少。”
（5F右炮台）
丹德：“Zero，我一定会尽我全力保护大家安全的！”
丹德：“糟糕，稍微一疏忽我就把重要的火药弄丢了，你能帮我去取回来吗？”（选‘能’/‘算了’）
（选‘算了’）
丹德：“还是我自己想办法解决吧。”
（选‘能’）
丹德：“拜托你了，那些火药现在遗落在街区加油站里。”（Mission Start）
（前往街区加油站找到火药后返回基地，进入5F右炮台）
丹德：“辛苦你了，现在，炮台的弹药储备终于充足了。”（Mission Complete，获得200EC，获得装备 消弹）
丹德：“无论是什么故障者，只要碰上我，就让他们脑袋搬家。”
（3F左）
安德留：“Zero，真的是你吗？好长时间没看到你了，听说你已经死了，我该不是做梦吧？”
安德留：“还记得我曾跟你说过的，三叶草小女孩的故事吗？她妈妈在新•阿尔卡迪亚的Copy-X统治时期，为了救无辜的半机械人而被故障者杀害，那名小女孩看来也惨遭毒手了，我想拜托你帮我找回祭奠她们的花束。”（Mission Start）
（前往半机械人陵园，找到祭奠用的花束后返回基地，来到3F左）
安德留：“很感谢你，我这辈子的遗憾终于能得到补偿了，要是时间能停住的话就好了，任何人都阻止不了死亡的，我的日子不多了，我只希望我的后代能够平平安安地生活就好了。”（Mission Complete，获得200EC，获得装备 下陷地型无视）
安德留：“好好珍惜现在的时光，Zero，虽然你重生了，但也要对自己的身体负责哦，不然雪儿博士是不会原谅你的，我也不会原谅你。”
（3F-Room03D）
柯尔波：“Zero？你终于复活了，现在，这个世界有救了！”
柯尔波：“这个世界无故又出现故障者了，好不容易新•阿尔卡迪亚的时代和拜鲁博士才划上句号，现在又动乱了。”
（2F-左）
伊博：“Zero，你身上有能量水晶吗？我为了减肥，正在节食，但是已经节食了三天了都没效果，我快饿死了，你能给我1500个能量水晶吗？”（选‘能’/‘不能’）
（若能量水晶不够，选‘能’）
伊博：“才***个能量水晶，这也太少了吧！”
（若能量水晶充足，选‘能’）
伊博：“太好了，我现在精力充沛了！该死的减肥方法，我再也不尝试了！”
伊博：“胖人自有胖人美，话说，人类的减肥方法终究还是不适合我们半机械人呢。”
（选‘不能’）
伊博：“小气鬼！不给算了！”
（2F-Room02D）
索恩：“Sinister大人最近很少光顾基地了，似乎是因为伊甸的事太忙了。”
索恩：“Zero，雪儿博士一直盼望着和平的来临，并且她也在为世界和平而努力，你一定要多帮助她！”
（1F-左）
皮尔奎特：“Zero先生，你的身体不要紧吗？我听谢鲁弗说，你的身体还处于不稳定阶段，需要一段时间的调整才能启动。”
皮尔奎特：“当初设计你的时候，因为考虑到你自身存在的部分危险性和不确定性，所以经由当时的新•阿尔卡迪亚的人类政府同意，降低了你身上的大部分机能，不过，虽然危险性和不确定性已经在某种意义上不成立了，但是还是有可能触发。”
皮尔奎特：“Zero先生，应该尽快找谢鲁弗检验一下身体，如果存在什么故障的话就不好了。”
（1F-Hall）
奥托斯：“Zero！你小子让我等得好辛苦，终于回来了！”
奥托斯：“雪儿博士为了你，都快急疯了，说真的，那时候我是第一次见她发了那么大脾气，她这个人很和气的，很少发火。”
（1F-右）
莫奈特：“嘿，Zero！起死回生的感觉如何？谈谈死亡的感觉吧！喂，别用那么奇怪的眼神瞪着我看嘛。”
莫奈特：“正如你所看的，我现在的工作就是负责缭望远处，可我已经看了半天了，连一个故障者都没看到。”
（谢鲁弗实验室）
谢鲁弗：“哦，是Zero啊！你的身体已经复原了吗？”
Zero：“唔，还好。”
谢鲁弗：“本来还在为你担心，现在看来那种担心是多余的了，在修复你的这段时期里，我顺便也帮你把武器也修复了，另外，在杜伊特的协助下，开发了你的新武器。给你”（得到 能量盾 ，得到 拳套，得到 光旋杖）
谢鲁弗：“要听听新武器光旋杖的说明吗？”（选‘要’/‘算了’）
（选‘算了’）
谢鲁弗：“看来你已经熟悉它的使用方法了呢。”
（选‘要’）
谢
鲁弗：“新武器光旋杖，是一种拥有光束拳和反冲拐的优点，既可以毫不废力的吹飞敌人的子弹，也可以发动连锁攻击，另外，如果蓄力满格后按住选择键可以发动
GigaCrush，但条件是你的HP必须减1格。此外，它还能当链枪使用，可以帮助你轻松跳跃大悬崖。请好好使用它吧。”
谢鲁弗：“这个世界已经不太平了，Zero，我相信无论在什么情况下，你都能成功的！”
谢鲁弗：“我也会继续加油的，但是，我的扳手前几天被莫奈特拿去了，你能去帮我要回来吗？”（选‘能’/‘不能’）
（选‘不能’）
谢鲁弗：“我还是拜托其他人吧。”
（选‘能’）
谢鲁弗：“那么，拜托你了。”（Mission Start）
（来到1F-右）
莫奈特：“啊，那个，你是来要扳手的吗？好吧，给你。”
莫奈特：“快去还给谢鲁弗吧，跟他说我很感谢他借我扳手。”
（来到谢鲁弗实验室）
谢鲁弗：“我的维修工作正缺少这只扳手呢，对了，作为报酬，这些是给你的。”（得到320EC，得到装备 无敌时间延长）
谢鲁弗：“为了世界能早日摆脱战乱，我也会尽我所能帮助大家的！”
