亚特拉斯学院『Atlas』
又被称作『亚特拉斯学院』、『亚特拉斯协会』或『巨人之窖窟』，魔术协会三大部门之一，累积与测量之学院，位于埃及阿特拉斯山脉中的魔术师与炼金术士协会。和中世纪成为主流的现代炼金术不同，聚集在那里的炼金术士研究目标着重于阐明魔术的创始与世界之理。会长的话具有绝对权威，即使在魔术协会中也显得特别异质，极度封闭。
虽然名义上属三大部门之一，但实为独立集团。偶尔会罕见的接受其它协会或圣堂教会请求派出被称为『契约者』的炼金术士，但需对方拥有『契约书』。将只发行7张的契约书全部回收，是亚特拉斯院现在的目标。
入院最低需求是拥有3个『分割思考』跟高速思考的能力，而能达到5个『分割思考』就能算的上是天才；过去的会长中最高拥有过8个。能活用高速思考跟分割思考之后，还要学习『变换式』或『加速式』的炼金术。亚特拉斯协会所研究的炼金术并非物质间的变换，而是『现象的变换』。唯一的规则是“自己的研究成果只对自己公开”。
由于初代院长的计算推断出世界将面临毁灭的『终末』，为了避免这个结局所以研究主轴倾向新事物的研究与开发。为了对抗『终末』的来临，曾制造出许多种兵器，但由于计算结果显示每次的对抗策略都将使毁灭变得更加惨重，所以长期以来不断延续着制造兵器再将其废弃的循环。 因为这种特质而被魔术师当作武器工匠。布拉格的炼金术师形容“一旦解开亚特拉斯的封印，世界会毁灭七次”。
而这些为了拯救世界而开发、最终变成毁灭星球的道具的兵器，也被『亚特拉斯学院』以『废弃』之名施行封印，这些被封印兵器又被称为『封密兵器』。
与同样研究炼金术的『布拉格协会』关系极度恶劣，和魔术协会中枢的『时计塔』也相当疏远。
『分割思考』
『亚特拉斯学院』的炼金术师的基本技能。以房间比喻成人脑的思考的话﹐普通人只有一个房间﹐分割思考则可以划分出多个空间作独立思考。『亚特拉斯学院』的炼金术师至少可以做出三个分割思考﹐能做到五个的已经是天才﹐最优秀的『亚特拉斯学院』院长可以逹到八个﹐紫苑则至少也有七个。而这些思考的房间能互相交换情报进行并列运算﹐而且有相乘的效果。以计算机的概念来说﹐四个分割思考相等于256bit运算能力。单纯的运算的话速度或许跟现代的机械接近﹐但在解明定义的问题﹐炼金术师的速度没有东西可以匹敌。身体能力﹑魔术回路都比一般人差的炼金术师就是以此作为保护自己的武器﹐通过运算来予测未来﹐试图找出避开终末的方法。
赫墨蒂库『Hermeticum』：
原本位于欧洲水乡——威尼斯，有着“月神的恩赐”『El.Luna. Propiciar』之称，在中世纪炼金术最辉煌的时代中，神秘而迅速崛起的魔道家族。其家系中涌现出诸多炼金、神文和占星名家。家族虽然是中世纪的炼金家族，但其所研究的却与当时流行的现代炼金术相异，并非“物质的变换”，而是“规则的变换”。也因此属于研究目标着重于阐明魔术的创始与世界之理的炼金术士协会——『巨人之窖窟』——『亚特拉斯学院』，而非研究现代炼金术的『布拉格协会』。魔法特性是“少女”，魔术刻印的继承这必须是女性，而且刻印的传承的仪式只有在少女时期才能进行，传说先祖因为在少女时期获得月神的力量而被定为家训，这也是“月神的恩赐”的由来。而且做为判别炼金术师优劣的基本技能『分割思考』的数量，赫墨蒂库家族拥有着得天独厚的优势，历史上的族人最低也拥有6个『分割思考』，最高的是9个。家族与17世纪迁移至当时中国的明朝，目的是为了追寻家传的现世为数不多的宝具——炼金的至宝“恶魔原典”『Corpus Hermeticum』的起源、从阿拉伯半岛随着『黑火药』所一并传来的西方炼金术的“圣杯”——“贤者之石”『Aliksir』，它们的发源——来自古老东方国度的神秘技艺『丹术』。经过四个世纪的洗礼，辉煌而庞大的家族在古老神秘的东方扎根。并且在与东方神秘的交汇中，与19世纪再现了传说中的“贤者之石”。不过亚特拉斯学院却推断赫墨蒂库家族的“贤者之石”属于『封密兵器』，并派出『契约者』进行『废弃』。为了寻求东方神秘以及躲避『亚特拉斯学院』的『废弃』，当时的家族决定将本家永远驻留在这『巨人之窖窟』难以触及的东方大陆。后来触及极东之地日本的魔道家族——爱因兹贝伦『Einzbren』的炼金技术的源头便是赫墨蒂库家族。
“恶魔原典”『Corpus Hermeticum』：
15世纪在佛罗伦萨和威尼斯等地神秘流传着一本炼金典籍，记载着诸多神秘，但是最著名的是书中记载着炼金术士的“圣杯”——『贤者之石』的制作方法。虽然被『布拉格协会』宣称是现代炼金术的著作，实际上却是记录着古代的炼金技术。作为为数不多的『现存宝具』，被赫墨蒂库家族奉为至宝。这本书具备作为炼金术的魔力熔炉，自动从『大源』中吸收魔力来提供炼金的能源，同时由于对神话时代的炼金公式、占星原理、魔法符号与用具以及种种仪式的记录，这本书能够替代炼金中的一切仪式准备，无视使用者的魔力，只要能将书中所记载的文字咏唱，就可以忽略炼金中的“不必要”步骤直接获得所求之物。所求之物的等级越高，所需要咏唱的章节越多。因此在人们看来，『恶魔原典』与『贤者之石』之间几乎是划等号的。
书中记载大量神秘符号、公式和仪式，据说是用来传达神的旨意的神秘之书。书中所记载的神秘符号在后来被人单独截取出来使用，是后来塔罗牌的原本。在中世纪时期，塔罗被教会残酷的打压，使得作为塔罗起源的炼金密典被称为『恶魔原典』。『恶魔原典』原本以不可考，历史上出现的都是手抄译本。最早的手抄本是希腊语，不过该书的最初本是从阿拉伯传来的神秘炼金技术，在希腊手抄本中加入了希腊四元素思想、古埃及的占星和神秘仪式。不过在炼金界一致认为原本应该是记载东方的神秘哲学和『贤者之石』的发源——来自东方的炼金术，赫墨蒂库家族东迁的原因也是因此。
“贤者之石”『Al-iksir』
神话和传说中的奇迹──炼金术的“圣杯”──传说能将一般非贵重金属变成黄金、或能让人长生不老的万能药。几乎能催化所有变化的奇迹之药，实际上在阿拉伯传说中是由东方炼金术——『丹术』而来的万能药。『Al-iksir』的名称为阿拉伯语中“仙丹”的意思，此字衍生出西方万能药的单字“Elixir”。而实际上冠以“贤者之石”之名的万能药并非是现实存在的物质，真实的形态人类无法想象并碰触的概念法则，根源与万物之间所联系的纽带，管制着从根源流出万物变化的“流向”。如果说『魔术』是利用系统BUG，而『魔法』则是自己写程序修改系统，『超越种』是天生有高级权限的上级用户，那么『贤者之石』则是“权限”这一概念本身，无论是利用BUG或者用计算机语言修改系统，既是是普通的运用程序，都必须拥有“权限”才能行动。简单来说就是做某种事情的“资格”，它所决定的是“万物”中变化的“优先级”。“石头制成的干粉”只是『贤者之石』籍由人类的思念沉淀所成的空想具现之物。
