位于地球附近的圣殿骑士团在新联邦的总攻下完全败退，人类乍看之下已经逃过了灭绝的命运，然而就在经历这场名为“弥赛亚战役”五天后，位于亚特兰蒂斯星上的阿特拉斯之山中的骑士圣殿却突然涌现出大批“D”，其数量远远超过帝国军的预计，加上那接近无敌的性能，不到72小时的时间内，70%左右的帝国都市便被攻陷，所有旧人类都从未料想到和平与战争的交替竟会如此之快，昨日还是一派繁荣的城市，现今却只剩下熊熊燃烧着的残檐断壁，以及，覆盖了整个天空的D。
“D”轮番袭击下幸存的人们，在帝国军的掩护下纷纷逃至各种乡村，霎时间，原本寂静的田野上到处坐满了不安的人们，底下焦黑的大地如同炼狱般折磨着人们的内心。
我们真的会灭亡吗？
绝望的疑问在人群中蔓延开来，不少人也为了保护亲人与同伴加入了临时志愿军，只是结果都是一样的：有去无回。
“妈妈……哇……”满身泥污的小女孩捂住脸庞跪倒在城市的废墟中啕嚎大哭着，身旁只剩下母亲那只血淋淋的左臂。她为了保护自己的孩子而被落下的石块给压扁了，女孩无法理解死亡的意义，但看到母亲的惨状，惊愕与恐惧让她的身体无法动弹，只是默默地呆在原地哭泣，以为这样做，母亲就会像以往一样从那石头底下爬起来，然后温柔地安慰自己。
最终，小女孩等来的并非母亲的安抚。D的枪口瞄准了她，聚能中的粒子发出了犹如太阳般刺眼的紫色光芒，她低下头去，生物的本能使她无力地闭上双眼，任凭两手垂至地面。
“咻”
光束步枪的声效过后，D的手臂被射开了个大洞，它的目光从死里逃生的小女孩身上移至攻击的发生源—正向这里以惊人速度飞来的凶鸟。
“作战开始！”真嗣顾不上擦掉面罩上的血渍，还未完全降至战斗速度便开始向量产凶鸟小队发出命令。其他队员的情况也比他好不哪去，帝国军现在兵力紧缺，而且想要击破一台D必须五台异端联合集束攻击才能实现，战力的差距让这些军人失去了“休息”这一本该是人类生存所需的行为。
如果能够睡上五分钟，那也算是天堂级的享受了。真嗣一边这么想着的同时，操作机体的手却丝毫没有怠慢，凶鸟一脚踹飞了小女孩面前的D，然后将她抓起，交给后面赶来的救援部队。
“就算真的给五分钟睡眠时间，却也只会在这五分钟内真的上了天堂。问题在这里……”真嗣自言自语着，其他同僚听后虽然装作对抱怨没有在意，但内心也是给予了一致的同意。战线无时无刻不在后撤，幸存者与军队也许刚到安全区不到一分钟就会接到重新出发的命令。
帝国的人民陷入了水深火热之中，身在地球附近的杰雷米亚等帝国残军当然不会坐视不理。可是问题在于，时空门已完全被D大军所掌控，不光亚特兰蒂斯星的宙域，就连月球附近也已经聚集了相当数量的D，通往亚特兰蒂斯的唯一去路被封锁了。新联邦军就此事已经紧急召开会议，作战商议会在高层们的争议下持续了48小时，却也依旧没有消停的迹象。EMP弹虽然加紧赶工进入量产阶段，但无论如何也是不可能生产到足够消灭所有D的程度。
新联邦机密事项议事厅。
“用核弹把那群怪物一口气轰飞吧！”不知是哪个议员突然提出了这么个意见。本来还显得十分嘈杂的会议室内立刻变得鸦雀无声，尴尬的沉默背后却是所有人都不愿提及的手段。
他们不是人类，所以就算使用核子武器也没关系。
“可是，我们残余的核弹数量并不足以对付所有的D。”桑德曼举手示意。
“嗯，的确不能把它们当成我们的最终武器，可是除此之外也没有更好的办法了，【沙皇】的封印正在解除，因此这方面我们还需要你的协助，桑德曼议员，我要求你将KEY与LOCK这两个民间组织征收为临时军用，允许我们使用他们的一切技术，无条件地。”
“请放心吧，面对这场危机，他们也会毫无保留地协助我们新联邦军，只是在战力方面，我有一个建议。”
“哦？”
“天人……”桑德曼一提起这个名字，在场所有人的心立刻都被揪紧了。“天人手中持有之前夺走的反物质爆弹和核弹，如果能说服他们加入这次作战，我想应该会是相当丰富的战力才对。”
“嗯，言之有理，但那终究是我们的东西，你现在是想让我们反过头来向背叛者低头，恳请他们来帮助我们吗？这有损我新联邦的威严，而且底下的军人不可能会像什么事都没发生过一样继续乖乖配合的。”
“这方面就请交给我去处理吧，当然，天人的背叛行径是不容置疑的，但在这关键时刻，我认为他们仍旧会为了‘创造和平’的理由介入这场战斗中，比起盲目的敌对，他们应该更清楚合作的利害。只是我需要一个能同他们谈判的理由。”
“我知道了……在这场战斗中，天人将同样隶属于我们新联邦军所属，并非敌军。”男人扫了眼坐在圆桌上的众人，他们无一例外地都沉默不语。
看到这明显的结果，桑德曼坦然一笑。“那我马上就去调查天人的所在，KEY应该有办法联系到他们，之前由于是隶属于中立民间组织，我们不能对它进行过分深入的调查，现在有了强制征收令，我想办事会方便很多。”
“嗯……”男人的手垫在桌上，十指互相交叠抵住下巴，直视着桑德曼的眼神中流露出困惑与震慑。“真是深不可测啊……”
“我也是这么认为的，先生。”桑德曼脸上带着神秘的笑容答道。
