得知了8th的日记能力是通过博客日记的主服务器增加日记持有者,雪辉、秋濑等人把“战场”选在了离手机信号塔很近的高坂家。
原以为只要切断信号,子日记持有者便不能使用未来日记。这时,一直追踪雪辉的由乃突然出现,而更让人意外的是来袭的爱和马克是真正日记持有者7th,他们引爆高坂家,并夺走了雪辉和由乃的日记。
在雪辉决定要变强时,爸爸的出现让雪辉非常开心,但他并非单纯来看望自己的儿子,而是和11th达成协议要毁掉雪辉的手机为自己还债。
7th从由乃的未来日记上看到有11th 的消息便威胁雪辉带着爸爸来到樱见塔。7th拿出两部假的手机作掩护,但还是被由乃发现,她直接冲到手拿捧花的爱面前抢回手机,此时,樱见塔在另一位日记持有者的引爆下崩坏。
7th带着雪辉的爸爸逃到塔顶,准备用降落伞逃跑,由乃和雪辉紧随其后,按照由乃的计划,他们将爱打伤并挟持为人质。混乱中,雪辉的爸爸抢到降落伞逃跑,降落时被雪辉的妈妈看到并追上去询问雪辉的情况,为摆脱纠缠,雪辉的爸爸把妈妈杀死。
作为苦工,周雅收下了雪辉妈妈的灵魂,而马克把埋在废墟下的爱,雪辉和由乃救出,他抱着死去的爱葬身樱见塔,雪辉和由乃顺利逃出,于是周雅背包儿里又多了两个灵魂。
一年前,由乃就已经暗中观察雪辉。为准备文化祭,老师让雪辉和他将要表白的对象若叶一起去采购,由乃扮成兔子人偶从中阻拦,看到若叶拒绝了雪辉,才放心回家。
而等待由乃回家的则是被自己关在笼中不知不觉死去的父母。回到现在,为找出爸爸杀人的证据,雪辉跟踪爸爸到神社,就在爸爸表明从新做人时,突然有人冲出杀死爸爸,为救死去的父母,雪辉决定要成为神。
周雅也不好打扰雪辉的决定,因为已经下定决心帮他了,如果自己这时出现告诉他,她可以复活他父母与其他人的话,那么神的宝座或者说时空王的灵魂,可能与周雅失之交臂,所以周雅什么都没做。
樱见市市长以涉嫌藏匿毁坏樱见塔主犯为由解除母亲之家,其实,他就是为了得到8th日记的11th。
为保母亲之家,8th和雪辉联手袭击11th,可雪辉是按照由乃的剧本与8th结盟并故意掉进11th的陷阱,背叛了8th。绝望的8th坐上了11th的车逃跑,由乃和雪辉一路追赶。就在由乃将要击毙11th时,秋濑赶来告诉雪辉了一个关于由乃身世的秘密。
不过周雅没有功夫看这些,因为她正从那些灵魂之中挑出那些猪脚记得住的人,因为这是他成为神后要复活的人,虽然周雅已经达到银月级,但是要挑这些灵魂还是得费一番功夫。
虽然雪辉听到这个秘密很震惊,但他还是选择相信秋濑口中这个假冒的由乃,二人逃跑。11th企图利用8th的日记和 holonⅢ让樱见市市民全部变成子日记持有者,建立起由预知能力者组成的王国。
得知计划的9th极力阻止,可她没能逃过11th日记的监视,在四方塔上破坏holon时,西岛为救9th而死亡。另一边,以9th行动为诱饵的雪辉和由乃也进入四方塔开始了行动。
由乃救出日向等人后找到8th,但因秋濑的保护,她未能杀掉8th。而被雪辉和9th追杀的11th躲进我妻银行的双重门里,想要打开大门就需要由乃父母,由乃和11th视网膜认证才行。
9th要杀死雪辉,最后她引爆了心音炸弹,9th死亡但是对大门一点作用也没有。这时由乃赶来,她让雪辉去毁掉南塔的holon,自己留下了对付11th,让11th意外的是这个“冒牌”由乃居然打开了大门,11th被由乃杀掉。Deus死期将近,世界开始崩坏,8th将秋濑带到Deus面前。
周雅收到了一份灵魂,因为9th暗中被时空王救走了,因为时空王发现了……当然,这是后话了。
秋濑得知自己是Deus创造出的存在,而且自己所有的行动也都是神的意志,Deus毁灭前让秋濑回归到全宇宙记录,除非他能证明自己的存在。
在8th的帮助下,秋濑凭借自己的意志成为子日记持有者,重新回到世界。他要从由乃的手中夺回雪辉,但在由乃的怂恿下雪辉杀死了8th和日向等人,秋濑也被由乃重伤,临终之际,秋濑用手机留下一条奇怪的信息。
而作为苦工的周雅则是又收集了几条灵魂。周雅只想说,别人来到动漫世界不是休息,就是淘宝。自己倒好,当起苦力来了。
之后周雅就把自己的手机摔碎,一股巨大的力量将周雅的身体粉碎,那巨大的痛苦比毒力淬体还要疼上十几倍!这时出现,周雅的面前是两个选项,
1、退出此副本
2、死亡(可复活)
周雅选择了复活,因为神的灵魂还没有到手,这个世界里唯一最有价值的也只有神的灵魂了。
7月28日世界毁灭,在此之前雪辉决定好好爱由乃,并把happy end提前一天。放松警惕的雪辉把自己从秋濑手机上看到的,关于由乃曾经是神,并且这个时间是从未来倒回来的“二周目的时间”的事情告诉了由乃。
这时,由乃却突然抡起斧头砍向雪辉。危机时刻姆鲁姆鲁出现,引导雪辉看过去的影像,雪辉终于知道了所有事情的真相,不过周雅,可没有功夫看那些,当时空王死了的时候,周雅己经将时空王的灵魂收集到了。
原来一直在雪辉身边的由乃是从一周目世界穿越而来并已成为了神,为了和雪辉在一起,她杀死了和雪辉同处于二周目世界的由乃并将其取代。如今由乃必须杀掉知晓一切的雪辉,这时9th突然出现救走雪辉。
Deus死前将自己一半的知识和力量托付于9th,希望她把游戏引向正确道路。他们随由乃到了三周目世界,看到这个世界受着虐待的由乃,雪辉出手相救。
雪辉带着三周目的由乃逃到学校,但仍没能摆脱由乃的追杀。一阵搏斗之后,发现自己还喜欢着雪辉的由乃不忍下手,便将雪辉置于一个没有自己的幻想空间,在这个空间里,雪辉可以实现他所有的愿望。另一方面,解除封印的姆鲁姆鲁,将赶来救雪辉的9th打的半死,由乃再次将刀刃对准了三周目世界的自己。
面对着那个对未来充满希望的自己,由乃有所动摇,同时,姆鲁姆鲁发现因果律开始混乱,所有日记持有者的未来都在发生改变 。但为了继续游戏能再和三周目的雪辉见面,由乃还是决定杀死三周目的由乃和父母,就在这时,雪辉冲破幻想空间,阻止了由乃。为保雪辉,由乃选择了自杀,雪辉成为了二周目的神,孤独的活在二周目的世界。而在三周目的世界,大家都平静的生活着,雪辉虽然成为了二周目的神,但因为二周目的我妻由乃的自杀而一蹶不振。