由於因西格瑪病毒的關係使得許多思考型機器人兇暴化，進而爆發出一場名為〝非正規品戰爭〞的長期戰爭，幸而在一位有著【混沌之光】《蒼天王者》稱號的思考型機器人艾克斯所努力下終止了這場戰爭，而讓世界再次走向復興的道路上。
就在戰爭結束後約100年左右，由當時終止戰爭的艾克斯一手新建的都市Neo Arcadia，就是世界復興的重要據點。但表面上，世界是恢復了往日的和平，可是....
「逃、逃啊！快逃啊！」一群思考型機器人正沒命似地逃跑。然而在他們身後的是一大群很像艾克斯的量產型機器人〈單眼〉。他們正不停地朝向那群逃跑的思考型機器人開火。
「我、我們又沒做過什麼....」其中一人這樣叫著。
可是，那些單眼們就像是沒聽到似的，還是繼續無情地將那群正在逃走的思考型機器人全部射死。
然而政府因為傳說中的〝非正規品戰爭〞而感到害怕，害怕著會有類似的事情發生，因此就以一些不當理由將思考型機器人一一處分。
「呼～來到這裡應該就安全了吧！」一名戴眼鏡的思考型機器人來到一個很老舊的倉庫。但可惜的是，就正當在他以為自己可以喘一口氣時，一把手鎗正無情地指著他的頭。「哇！饒命呀！」他害怕的大叫。
「你在這個地方做什麼！？」拿鎗指著思考型機器人的人發問。
「我、我只是休息一會！休息一會！我等一下馬上就會走。」 戴眼鏡的思考型機器人害怕的回答。
「嗯～看來你不像是Neo Arcadia的人。」那人自問自答的說著，隨後，那人又問。「那你有做過什麼事情嗎？」
「這....我不知道啊！他們就突然這樣追殺著我。」戴眼鏡的思考型機器人認真的回答。
「哦～原來是這樣子呀....」那人得到答覆後就把將鎗慢慢地放下。
那名思考型機器人發覺到指著自己頭部的鎗被拿開了。「謝天謝地....」思考型機器人感慨地說。
隨後那名思考型機器人回頭一看，見到拿著鎗的人也是一名思考型機器人，而他身上穿著綠色的套裝，頭上還戴著一頂綠色的帽子。
「我是反對派的人。」見那思考型機器人一頭霧水的樣子，綠色的思考型機器人做了自我介紹。「因為怕會突然被Neo Arcadia給襲擊，所以戒備比較深嚴，嚇到你真是不好意思。」
所謂的反對派是一支對不公正的Neo Arcadia作出反抗的組織，因此他們全體成員都是被認定為是非正規品的思考型機器人。
「這裡到底是什麼地方呀？」戴眼鏡的思考型機器人好奇地問。
「這裡是我們反對派的家兼總部！」綠色的思考型機器人說。「事實上我們都跟你一樣，都是逃出來的思考型機器人，來到這個舊都市生活的。」
「哦～原來如此。」戴眼鏡的思考型機器人點了點頭。「那個請問，我可以跟你們一起住嗎？」 戴眼鏡的思考型機器人又問。
「噗！....這當然沒問題呀。」綠色的思考型機器人笑著回答，隨後加上一句「不過話可先說在前面，我們這裡還有一位人類少女哦！到時看到她的話可不要嚇一跳喔！」
「哈啾！」那位人類少女在自己的房間打著某些筆記時打了個噴嚏，而在她身旁還有一隻像是精靈的小東西。「哎～我是感冒了嗎？」那位人類少女感到疑惑的問。
這時傳來開門的聲音。一位戴著護目鏡的思考型機器人走了進來。「雪兒，妳今天的研究都做了這麼多，應該需要休息一下了吧！」
「可是米蘭，這裡的能源這麼少，可能很快就會用完了，我怎麼可以休息呀！」那位叫雪兒的人類搖著頭說。她做的是新能源的研究和開發。
「但妳可是人類啊，在身體方面可沒我們這麼硬吧！」那叫米蘭的思考型機器人開了個小玩笑。「而且，最近我們也有收集到一些艾尼盧根水晶，所以暫時可以不用擔心！」
「對呀，雪兒，你真的應該休息一下吧！」那像精靈的小東西也跟著說。
「唉～好吧，算我說不過你啊，帕西。」雪兒笑著放下了筆記。「那我就休息一下吧。」
雪兒是位曾經參與開發思考型機器人的優秀女科學家，因為非常同情那些成為排除對象的思考型機器人，於是就跟他們居住在一起了。
然而身為人類的她有著一張足以迷到不少男生的美麗可愛的臉蛋，還有一頭合襯美人的金色長髮，為了不防礙研究，她不但將後髮綁起成馬尾，前面還多戴了一個粉紅色頭帶。以她這種可愛的外表，如果不明說自己是科學家的話，根本就不可能會有人能看得出來。
而她身旁那叫帕西的東西，是一隻名為電子妖精的高科技產品，是這個時代高科技的代表物。這種妖精能做出很多一般機器所做不到的事，如：改變某機器人的能力而又不會破壞它原有的機能....等，用途可以說是多采多姿。可是，這些像是神話般存在的電子妖精，只要使用一次的話就會消失。再加上製造成本也相當的高，所以幾乎沒有人會隨便使用他們。
雖然現在的科學家們正研究能令電子妖精永遠生存的方法，但到目前為止能在使用過一次能力後而生存下來的妖精卻完全沒有任何成功的例子。
雪兒、帕西跟米蘭一起離開了房間，走進一間像是餐室的地方休息。當然雪兒自己帶了一些可可，她可不能喝能源飲品。
「最近好像還挺安靜的。」雪兒喝口可可道。
「難不成你想要有事發生了嗎？」米蘭苦笑。
「沒什麼，只是有一點不好的預感....罷了。」雪兒擔心的說。
「喔～這就是人類所謂的第六感嗎？」米蘭也有感覺的問。
「這....可以這樣說吧。」雪兒點頭回答。
「不過雪兒小姐的預感也不能說是錯的。」這時走過來褡訕的是負責看管這房間的思考型機器人。他手上綁著了一個三角巾，大概還未能作修理吧。
「這是什麼意思啊？丹德。」帕西不了解這傢伙所說的話。
「這裡遲早會被Neo Arcadia給發現的。」那叫丹德的思考型機器人毫不留情的說 。
「別這樣說嘛！不會有這種事的。」雪兒趕緊安慰在場的每個人。
「對嘛！臭丹德，不要說那些不吉利的話啦！」帕西生氣地加了一句。
「不過，面對著那種等級的對手，我們有可能會贏嗎？」丹德無奈地問。
「哈！雖然說我們戰力不足，但我們還是可以死守在這裡的不是嗎！」米蘭突然邊說邊做出大力士的甫士動作。
「噗！哈哈哈～你果然是樂天派啊，米蘭。」在米蘭做出動作後讓在場的眾人大笑時，其中一名笑著道。
「好啦，我們不要再提這種令人不快的事了。」雪兒拍拍手，將這話題完結。「不如說說最近的情況吧！」
在這個舊都市，由於能源少得可憐的關係，除了一些必需的地方外，大家都盡量少用電。而身為人類的雪兒更是比一般科學家不同，是早早上床睡覺的類型。
可是，今天晚上她卻一直在床上翻來覆去的，睡不著覺。因為她想著今天下午時所講的話題。
其實能守得住的可能性，大家不用想都知道答案是不可能的。但如果真的被Neo Arcadia發現的話，這裡是不可能會有任何機器人可以生還的。雪兒一想到這裡就不經打一個冷顫。
由於因為以前的工作的關係，雪兒曾經親眼看過Neo Arcadia的實力、勢力和殘酷。他們對於要排除的對象，根本就沒有〝手下留情〞這個詞語的存在。
除非....除非我們有更強的戰士幫忙。雪兒翻了個身。一個能以一擋百的戰士。
突然雪兒從床上坐了起來。因為她想起一個人，一個跟艾克斯同樣是被稱為傳說中的戰士，一樣被譽稱為【混沌之光】《蒼天王者》的艾克斯齊名的傳說戰士，不，應說是鬥神才對....
「真的是對不起啊，害得你們這麼晚了也要跟我一起出來。」坐在一架很舊，裝成是旅行用的大飛機內，雪兒正在向其他人道歉。為了這次的事情，反對派竟然找了二十多人陪同雪兒前往目的地，這令她有點過意不去。
「唉～就說了這一點小事，不用道歉啦。」米蘭笑著說。「而且如果傳說屬實的話，我也蠻想看看〝他〞的樣子呀。」
「不過，我們又不知道〝他〞在什麼地方，要從何找起呢？」其中一名同行的思考型機器人問道。
「這沒問題！跟著我所計算的方向去就不會有錯的，放心吧。」雪兒很肯定地說。
「請大家準備，前面再過幾十公里左右就到雪兒說的目的地了。」這時傳來機長的聲音。「等一下....飛機後面好像有什麼....」話才剛說完，機尾就發生爆炸。
「敵襲！是Neo Arcadia的飛行機器人！數目不明！」機長叫了出來。「機尾被擊中，準備緊急著陸！」
「雪兒，小心啊！」所有的思考型機器人同時邊叫邊準備。
「哇！怎麼什麼都不問就攻擊啊！」雪兒大叫道。
「可能是現在已經沒這種機體了吧！？」不知是誰說的了。
大家說話之時，正在緊急著陸的飛機又被擊中，令全機震盪。
「哇啊啊！」全機的人都不禁大叫起來。
「我們要著陸了！」又再傳來機長的聲音。
飛機著地時又引起另一股震盪，就算綁著安全帶，大家都不能阻止自己的身體搖晃。
飛機總算是安全停下來，幸好機長的滑翔技術不錯，不然的話大家可能在到達目的地前就全死了。
不過，現在不是安心的時候，因為飛機外面還有敵人在，就這樣出去的話只會被射成蜂巢而已。
「現在該怎麼辦啊？」米蘭問。
「敵方能源體的數目是十個，我們應該可以全數擊敗吧？」說話的是電子妖精帕西，她除了本身有的特殊能力外，還可以探測能源體，所以雪兒就帶著她來了。
「好吧！明白了。」米蘭點了點頭，順手拿起了手鎗。「雪兒，你先躲起來。」
雪兒和帕西連忙躲到椅子底下。這時其他人一等到雪兒躲好了，就全體打破最近自己的窗戶朝向天空的機器人射擊。 天空的機器人當然也跟著開火還擊，但大概數十秒後就安靜下來了。
「雪兒，可以出來了。」米蘭道。
「大家都沒事吧？」雪兒問。
「沒事的，放心吧。」機長走了過來，連他也安全無事。「我們還是快出去吧。」
「啊，好。」雪兒出來後，就跟所有人一同逃到飛機外。
一出到外面，他們就見到一座很大的遺跡。
「這裡就是....」米蘭不自覺地問。
「應該是了。」雪兒點頭道。「看！還有研究所的痕跡呢。」
不過，事情好像還未完結的樣子，因為帕西感覺到有麻煩來了。
「大量的能源體正以快速接近！」帕西急著說。「是敵方生力軍！」
「大家快點，這邊！」雪兒指著遺跡的內部的方向。
「你們先走！我們會在這裡先擋著他們！」有一個同伴道。
「可、可是....」 雪兒擔心的說。
「快走吧！」米蘭連忙拉著雪兒。「在這裡被抓的話，就太不值得了！」
「我們不會有事的，你們就和機長一起走吧！」有人加了一句。
眼見大家如此相信著自己，雪兒用力點了點頭，然後就轉身向遺跡跑去。
