過去，人類以及思考型機器人曾陷入被西格瑪病毒所引起，一場名為〝非正規品戰爭〞的恐怖長期戰爭，這場當初只是非正規機器人的動亂，在不知何時改變成了不當利用電子妖精的戰爭，本以為不可能結束，幸而在青色英雄【混沌之光】《蒼天王者》艾克斯的活躍下終於打下休止符，世界走向復興之路。
在戰爭結束後，為了要讓世界和平，艾克斯和殘餘的人類成立名為Neo Arcadia的理想都市。但身為總指揮的艾克斯卻在組織成立後的某天，突然行蹤不明....
雖然這件事情還未傳出外界，但因為失去了艾克斯，政府急著需要統領的代理。
這個使命交給了人類少女科學家雪兒，而她，製造出一個艾克斯的複製品，希望可以藉此創造永遠的和平。然而，對維持和平的執著，Neo Arcadia的正義觀竟然慢慢地歪斜了，他們開始捕獲沒有用處的思考型機器人們且加以處分。這光景跟雪兒所期待的和平根本完全的不合，於是她就帶著幸運逃脫的無罪思考型機器人們一起，去到以往廢棄的舊都市生活。可是政府壓倒的實力差距終究還是壓制了他們，思考型機器人同伴們相繼的被處刑，再這樣下去，大家都會被消滅的。
那時雪兒想起在一百年前的另一位傳說英雄，就把最後的希望賭在他的身上，終於在某個古代研究所裡，雪兒和那名被封印的英雄作出命運的邂逅。
接下來的故事發生在一年後....
在藍天之下的一片草坪上，有一位青色思考型機器人正在臥著看天空。
他看起來像有十四、五歲，身上穿了一件長度達腳的亮麗藍色長袍，帶著稚氣但俊秀的娃娃臉上，有一對明亮的青藍色眼睛人見人愛，戴在頭部的青藍色頭盔上有個明亮的彩色光環，令他給人一種有如天使的美。
奇怪的是，他的身體約隱約現，好像存在，又好像是不存在似的。他真的是個思考型機器人嗎？
「呼，真安靜啊。」那少年說道，看著青空的他，實在是希望沒什麼事發生，一直這樣下去最好。
可惜他不能如願。因為一股不安感突刺向他的心中，令他不由得坐起來。
「這....是什麼感覺？我不是應該沒感覺的嗎？」他自言自語道。這種不安又是來自哪裡？能夠令我如此的在意，不像是普通的事情。
少年望向一個方向，因為那個不安感是從那裡傳來的。
「那個方向是....封印地點？難道！」
少年心中不由得焦急起來，只見他不知如何，突然變成一個小小的，好像是幻想故事裡的小妖精一樣，會發青色光芒的小東西，向著不安感的傳來方向飛去。
「這是怎麼回事！？」因為聽到爆炸聲，一名綠色的少年思考型機器人跑去看是怎麼一回事，當衝到現場的時候，第一句向部下問的話就是這個。
他，全身被綠色裝甲所包圍，是名看起來非常之輕巧的少年型思考型機器人，頭上所戴的頭盔裝著一對有如鳥兒展翅的漂亮定風翼，其瘦小的身體背部有飛行用裝置。這少年有著跟能變成小東西的青藍色少年一模一樣的臉，可是卻多了一對綠色的箭形刺青，就在他那雙綠色眼睛之下，而且氣質上也好像比那青藍色少年粗暴得多，十足一個叛逆的不良少年。
「赫爾琵亞大人！」那部下焦急地回答。「不知道是誰攻進這裡，將整個地方都炸掉了！」
「守衛裝置到底在幹什麼的！？」綠色機器人—《賢將》赫爾琵亞很生氣。
一踏進裡面，只見本來應該是守著這地方的機器兵已全被炸死。而本來應該放在牆上的某樣東西也不見了。
是使用炸彈嗎？赫爾琵亞心想。這種可以將裡面的人全部炸死的份量，是想連那東西也一起炸掉嗎？不對，這裡沒看到東西的碎片，應該是被偷走了！
「請問大人，這裡面有什麼？足以敵人要炸....」這時部下有點好奇地發問。
「不要你管！」赫爾琵亞大聲一喝，部下立即不敢再說。
「對不起！」
「喂。去跟裘西斯叢林和諾特斯森林進行聯絡，要他們兩個加強守衛，失守的話，殺無赦！」赫爾琵亞然後向部下下指令。「還有，重新檢查我們的守衛和敵我辨識裝置，有問題的話就修好它們！」
「是！」
等到部下走遠後，赫爾琵亞才一拳用力地打在身旁的牆上，看起來是氣到極處。
可惡！沒想到會被偷走！如果這玩意醒來的話，後果可不是開玩笑的！
話又說回來，到底是誰有這種能耐，可以無聲無息地入侵這裡偷走那種東西？那個人的目的又是什麼？
就在這時，赫爾琵亞好像聽到一個聲音。
「封印....被解開了嗎？」很熟悉，但感覺上卻又有點不同的少年聲音。那是....
「艾克斯大人？」赫爾琵亞四周張望，可是除了一個剛剛飛走，像是小妖精的物體外，什麼也沒看到。
「唉～」這是一位紅色的少年型思考型機器人的第五次長嘆了。
這人有著一身看起來相當強壯的身體，帶著朝氣的雙眼是有如火一般的紅，雙眼下各有一條紅色的疤痕，留在像娃娃一樣的稚氣臉上，令其朝氣的感覺生色不少。在紅色的頭盔上，有白色的頭帶，配上面那兩枝黃色像是尖刺的東西，跟他那紅色身體十分合襯。
「你的表情好像在說很想快點有架打哦。」取笑他的是一位藍色的少女型思考型機器人。
那是一位造型相當漂亮可愛、身材苗條的藍色女性思考型機器人。她那圓圓的臉，很配她那一雙藍色大眼睛，頭上戴著一個後方有像長髮一樣的兩條長枝，前方額上有紅色三角水晶，連著像是扇貝形狀的雅麗頭盔。
有趣的是，這兩人的臉跟那青藍色少年和赫爾琵亞幾乎一樣，不過為什麼這兩人一個說話就像個經驗老到的女人，一個就像單純活潑的小朋友？
「嘖，自從艾克斯大人去世後，就太安靜了。」那紅色機器人不爽地說道。「我想快點有事發生啊！！」
奇怪，前天不是才發生爆炸事件嗎？雖然這兩人不清楚內容，不過這件事好像搞到大騷動啊....
「這也是沒辦法的事呀，找不到就是找不到嘛。」少女機器人說道，她指的並不是前天的事件，而是一直以來，政府下令進行的特別工作。
「真是的，那種地毯式搜查到底有沒有用呀！」紅色機器人竟然對己方的搜查隊如此沒信心？
「去搜查的部隊十成都被幹掉了吧。」少女機器人沒好氣地回道，看來她也認為那些搜查員是沒用的廢物。
「嘖！自從赫爾琵亞那傢伙當上指揮後，我們就一直沒事可以做，都不知道他在搞什麼鬼。」紅色機器人繼續埋怨。「喂！蕾薇亞丹，妳說呢？」
「天知道！」少女機器人—《妖將》蕾薇亞丹聳聳肩，表示不想理。「老實說，那臭小鬼怎麼會當上指揮官的呢？」
語氣中有著明顯的不滿。
「雖然我也有點不認為那小子可以做好這份工作，不過無所謂啦。」紅色機器人卻是一臉無所謂的樣子。
「想想看。我的經驗明明比他好，而且也比他能幹得多！」蕾薇亞丹一邊繼續著她的不滿，一邊心想這個戰鬥狂只要有戰鬥就什麼都無所謂，真氣人！「所以指揮官應該由我來做才對呀！你說是吧？法布尼爾。」
紅色機器人—《鬥將》法布尼爾腦海裡突然浮現出蕾薇亞丹當指揮官，踏在自己和赫爾琵亞身上嘻笑時的景像。
「怎麼啦？」蕾薇亞丹問。「表情這麼僵硬，是喝了來路不明的機油飲料嗎？」
在某個不知名的廢墟裡，有一名雖然傷痕累累，但有著很強勢壓迫感的金髮紅色思考型機器人在一堆已經可以算是廢鐵的藍色單眼兵中翻找著。
「真是討厭。」他一邊說一邊找。「這種生活到底要持續到什麼時候？」
那是名看來像十七、八歲的青年思考型機器人。他全身都被有如血和火的紅色和黑色的裝甲組合所包圍，令人無法不注視的俊美之臉上有一對發出冷酷光芒的湛藍色眼睛。頭上戴著一個造型特別，有綠色三角水晶裝飾的紅色頭盔，更將他那零亂、長達至腳的金髮留在背部，完全不會有擋著視線的感覺。
而這個機器人....全身都是裂痕，頭盔的耳部地帶好像是已經壞到無可再壞的地步，雙目無神，看起來很累的樣子，好像是經過無數的打鬥，但又無法進行維修似的。
不，應該是說連維修的時間都沒有，因為他每天都在生與死之間掙扎著，這樣別說修理身體，恐怕連休息的機會也沒有。
這麼說來，剛才那堆藍色單眼兵，全都是他一個人打倒的嗎？那些單眼兵是政府之物，那他是名被人類政府追補的危險人物嗎？
這時，紅色機器人在那些廢鐵堆中找出一些能源盒，他將其拆下來拿出內容物，當做自己的補給。
沒辦法，不這樣做的話，就連活下去都成問題。
「雪兒，已經快一年了....」那機器人將那些能源收好時說著不會有人回答他的話。「你們到底在那裡？」
「傑洛先生！吱！」這時候傳來一隻小鳥的說話聲。「你果然厲害！」
那是一隻相當可愛的小鳥，身上發出綠色的光芒，除了一般鳥兒有的翅膀外，背部還有另一對像是裝飾用的機器透明翅膀。
「你剛才又跑到哪裡去了？巴威。」傑洛沒好氣地說道。「又逃到了安全的地方去了嗎？」
「吱，這....」
「哼，早知道就不帶你走！」傑洛是一臉的超級火大，心想這死鳥真的又逃了。
「傑洛先生，不用這麼說吧？」
「算了，走吧！」
披上之前被自己擲在地上的破爛披風，傑洛帶著那綠色小鳥，再次踏上不知目的地在何方的亡命之旅。
「這邊還需要一點零件！」「喂，那邊到底怎樣的嘛！」「小朋友，你擋路了啦！走開走開！」
一個正在開發中的基地。一堆忙碌的思考型機器人。
「雪兒小姐！」其中一位男性思考型機器人向一位正進行著指揮工作的人類少女招呼。
「請問有什麼事？」那少女回問。
她是一名看來很年輕，最多只有十來歲的女孩。她有著一副屬於超級美人的臉龐，臉上那一對藍色的可愛大眼睛，配上綁起成馬尾，放在連同特殊電腦的紅色大頭帶後方的金髮，再加上帶點粉紅的可愛紅色服裝，令她的美貌更突出。
「雪兒小姐，厄爾畢斯有點事想跟妳談談。」那男性機器人答道。「很奇怪，他拿著一個容器，總覺得裡面有些不可思議的東西呢。」
「是嗎？」雪兒對這事並不在意，因為她有更加擔心的事。「對了，傑洛還是沒消息嗎？」
機器人很無奈地搖搖頭。
「是這樣嗎....」雪兒臉上略過了傷心的神色，但很快就平靜下來。「那麼，請跟厄爾畢斯說，我等一下就去。」
說完，就回到指揮工作的崗位，繼續帶領大家興建新基地。
「抱歉！那邊的，看台需要一個新的望遠鏡，請你將它拿到丹德那裡好嗎？」
傑洛....雪兒在幫忙大家開發基地時心想。你到底在哪裡啊？
「放心吧！雪兒小姐。」已經進化的愛之妖精芙蕾雅安慰道。她已經不在是只有戴著帽子的小妖精現在是穿著紅十字長袍手拿權杖的妖精了。
「我們和傑洛之間的連結並沒有任何的問題....」智之妖精默林更是肯定的說，但話還未說完就被某人搶說走了。而他也進化到頭戴三角帽還拿一本書的妖精。
「所以他一定沒事的啦！」某人，就是戰之妖精阿瑞斯笑著說道。他呀！在進化後是名手持剣盾的妖精。
「討厭！阿瑞斯你不說話沒人當你是啞巴！」默林生氣的罵道。
「又沒關係，小氣！」阿瑞斯沒好氣的說。
「不是這個問題啦！阿瑞斯！！」默林差點暈倒。
「好了好了！你們兩個。」芙蕾雅在旁笑道。
雪兒則是對他們微微一笑。
