在一個就只有死亡氣息的荒野上，披著披風的金髮紅色機器人傑洛正被無情的暴風沙吹打著，拖著幾乎無法再走腳步的他，慢慢在這個死寂的世界走著。
在一百年前，傑洛是個人稱【無限之刃】《赤色鬥神》，跟被稱為救世主的艾克斯齊名的英雄人物。然而，他卻在不知何時，在不極明的原因下失蹤了。而在一年前，屬於反對政府Neo Arcadia的組織—反對派的重要人物雪兒被敵方趕進某個遺跡時，發現了是封印之身的傑洛。由於被逼到走頭無路，因此雪兒就利用一種叫做電子妖精的科技產品，將封印的結界打破，令傑洛復活。
只是，不知道為什麼，傑洛的記憶部份，竟然在他復活後完全失去了。
踏進了新世界，傑洛為了找尋自己的記憶，就幫助雪兒和反對派他們對抗不公的政府，後來在真正的艾克斯的幫助下，傑洛更將頭目人物複製艾克斯打倒，讓雪兒和其他同伴逃離政府的監視範圍。
但他也因此跟雪兒分離，完全失去了消息。
和雪兒別離後的這一年之間，Neo Arcadia的人還是死纏著傑洛不放，一直一直派出大軍進攻，就只是為了對付這一個人。
傑洛在不得已的情形之下逃亡著。然而，雖然傑洛有試著和雪兒及反對派的人聯絡，但光是在抵擋敵人的戰火，就連生存都已經很困難了。
「！？」由於突然感到有危險，傑洛進入警戒狀態，同時四周張望，想要找出危險氣息的來源。
原來，自己的後方有一大堆藍色的單眼武裝機器人，正朝向他跑過來。
傑洛不由得長嘆一聲。真沒想到這麼快又來了。
在無可奈何的表情之下，傑洛脫下了他的披風，露出因經過無數次戰鬥而弄得傷痕累累的身體。
「真是....一群難纏的傢伙。」在傑洛那連站都好像有問題的身體和無神的眼睛裡可以看出，這種事已經發生過許多次了。
然而傑洛再次面對眼前的敵人，並沒有一絲的恐懼，反而拔出他的愛劍—Z光束劍，回頭衝入敵陣裡！
到底，他的命運會怎麼樣？
門，靜悄悄地打開了。
赫爾琵亞一個人走進一個安靜的大房間。深處裡有一個奇怪的容器。容器裡面，有一個像是球體的東西。
站在那容器的前方，赫爾琵亞瞪著容器的內容。他的心中，有著不比一般的困擾、迷惘。
為什麼是我？為什麼我要知道真相？一直以來我所相信的都只是一個騙局....
話雖如此，現在這個重任交到我的身上，無論如何我也必須做好本份才行。
因為本來的統治者複製艾克斯被傑洛擊倒陣亡，因此Neo Arcadia急需一名臨時指揮官，而這個重任交給了四天王中最年輕的《賢將》—赫爾琵亞身上，由他來指揮打倒反對派的作戰計劃。為此和另一任務，赫爾琵亞被逼迫了解有關複製艾克斯的一切，還有Neo Arcadia和其敵對組織的始末。
最起碼....像大人一樣，保護人類、保護這個世界！所以這個東西....絕對不可以醒過來！
沒錯，已經有一個部份被人偷走了。赫爾琵亞的沉思繼續著。現在餘下的部份，一定失守不能！
就在沉思的時候，頭盔傳來部下的通訊，而且對赫爾琵亞來說，是相當重要的。
「赫爾琵亞大人！目標發現了！他在一個荒野中前進，我們正在追趕他！」
「是嗎？那你們知道要怎樣做嗎？」
「只有一個，殺掉他！」
赫爾琵亞沒有回答。
「大人？」由於沒有聽到對方回答，那部下再問一句。「請問您沒事嗎？」
「沒事，照原來的計劃行事。」赫爾琵亞回道。
因為接了命令，而且已沒有其他事要報告，那部下關掉了通訊。
赫爾琵亞暫時沒有行動。
殺掉他....真的可以得到和平嗎？說到底他也曾是跟艾克斯大人齊名的英雄。他這樣想。但不殺他的話，他又有可能會成為傷害人類的最可怕危險人物。
赫爾琵亞想著想著，手不自覺地握成拳頭。
可是，據我所知，反對派中還有人類存在，如果那傢伙不在的話，當我們必須再進攻反對派的時候，那人類可能會被遭到波及而死掉....
「嘖！」赫爾琵亞無法在這矛盾中作出選擇，只好先去看看再說了。於是，他就一邊走出房間，一邊利用通訊器，跟在倉庫工作的部下聯絡。「給我準備坐騎。」
當赫爾琵亞走出房間時，他沒有發現自己剛才瞪著的容器，好像發生了動靜。
容器裡面的東西....好像閃了一下。
門，靜悄悄地關上了。
雖然傑洛是將敵人一個又一個地打倒，可是對方的數目卻好像是完全沒有減少似的，還是以驚人的數量向傑洛進攻。
「呼、呼、呼....」傑洛才剛將一堆單眼兵打完，已經是累透了，在回氣的時候，還自言自語道。「打都打不完的，他們是蟑螂嗎！？」
「傑洛先生！快逃吧！吱！」傑洛帶在身邊的小鳥巴威叫主人快點逃走。
「叫我逃？」傑洛皺了一下眉頭。
「當然了！吱！您現在根本不能戰鬥！」巴威口頭上是說著關心傑洛的話，不過自己倒是先一步飛走。「我先走一步啦！等會見！」
「喂！你又自己一個逃嗎！？」傑洛真的是超級不爽的。
眼看前方的敵人有如泉水一樣湧了過來，雖然巴威提出的這個方法基本上是違反了傑洛的原則，但現在為了生存，只能用這第三十六計了。
沒辦法了，逃吧！於是，傑洛就在第二回合可以開始之前，先朝向反方向逃走。然而，那些機器兵卻沒有放過傑洛的打算，一直追在後面發射飛彈。
「死纏不放，真是煩死了！」傑洛一邊拿出手鎗向追著自己的敵方開火，一邊繼續向前逃。
傑洛想找一個可以躲藏的地方回氣，可是，現在身在一片一望無際的荒野，何來洞穴之類的躲藏地點？現在只能用最快的速度向前衝，希望這樣可以擺脫敵方追殺。
話是這麼說，不過衝刺的機能好像有點問題，為了不將其弄壞，只好用最快的速度跑了。
雖說身體是受了重傷，但如果只專心地向前逃跑的話，以傑洛的腳步是可以擺脫敵方的。
「雪兒小姐！雪兒小姐！」一名身穿綠色舊衣服，頭上戴著綠色，上頭有個紅色三角標誌的帽子和一副普通護目鏡的思考型機器人跑進一間研究室，向正在做研究工作的雪兒招呼。
「咦？寇爾波，你還未換新的服裝嗎？」雪兒回頭道，見寇爾波穿的還是以前在舊基地工作的衣服，於是問道。
「我喜歡這一套嘛。」寇爾波回答道，接著就說正題了。「雪兒小姐，厄爾畢斯的就任典禮快開始了，妳要去嗎？」
「等我再做一點研究再去吧。」
「好的，那我先走了。」
說完，寇爾波就退出去了。
「這小東西，真是不可思議啊。」雪兒說話之際看了一下試管內部，正被自己研究著的東西。
而那試管內正在半浮半沉的小東西，好像想訴說什麼，發出有如嬰兒的叫聲。
「啊啊，如果覺得被束縛的話很抱歉，但也請忍耐一下下。」雪兒向那東西發出溫柔的微笑。「因為我的研究到底能不能成功，就要看你了。」
「不過，說真的啦！我還是覺得不太好耶！」在旁的默林說道。
「咦？默林這話怎麼說呢？」雪兒好奇的問道
「....不知道耶，不過不單是我就連阿瑞斯和芙蕾雅都對他什麼沒好感耶。」默林一副不了解原因似的說。
「是嗎？雖然你們都這樣說，不過放心吧！在精靈試管中他是作不出事情來的。」雪兒很肯定的跟默林說。在旁的默林也只好這樣想了並希望不要真的有事發生。
「呼～到這裡應該可以喘一下氣了吧。」傑洛好不容易才能停下來休息，這時巴威卻已經不知去向了。「嘖，巴威已經逃遠了嗎？以電子妖精來說，這傢伙真怕死呢！」
電子妖精是為了幫助人類以及思考型機器人而製造出來的一種特殊電子程式，他們具有自我的意識，也擁有可以溝通的能力，然而，以目前的科技能力，只要使用他們一次就會消失了。
巴威這隻電子妖精，是傑洛在半年前在一個廢墟戰鬥時，無意中找到的，是隻能夠探測陷阱、也能夠令人有暫時的浮動能力的小鳥型妖精。因為傑洛認為他可以幫自己深測敵方陣形和地形，所以就將他帶在身邊。
只是現在傑洛覺得，帶走巴威實在是個天大的錯誤。這妖精在每次戰鬥都會逃走，等到安全時才出來，這樣子怎麼可能會幫助到自己呢？
「唉～算了。反正有沒有他也一樣啦。」傑洛擦了一下之前戰鬥時染在自己臉上的機油，有點無奈地說道。就在這時候，他看到前方又有新的士兵了。「呿！真是陰魂不散！咦？」
突感後方有東西直衝過來，傑洛反射性地跳起。接著，只見有一隻像是巨夾的東西在自己的下面飛過，把前方的士兵都打倒了。
剛著地的傑洛雖然在心中吃了一驚，但現在不是吃驚的時候，因為那巨夾好像被什麼吸住似的，又朝向自己衝了過來，傑洛自然不會傻傻地站著被打，立即再次跳過巨夾。
回頭一看，身後的一座老舊建築物突然被打碎了，在其碎石裡面出現的，是一隻非常之巨大的蠍子機器，而那巨夾原來是蠍子的鉗子！
「唉....」傑洛看著這隻比自己大上好幾十倍的蠍子時，不對眼前的危機感到恐懼，只是感到無聊地嘆息。「無論是如何死纏不放也好，總該有個限度吧....」
不管怎樣說，這次應該是躲藏不得逃走不能了。沒法子了....就只有戰鬥了！
雖然是相當的無聊兼無奈，但傑洛還是拿緊他那能源用得七七八八的手鎗，因為他現在打肉搏戰實在太勉強了，所以只能用保持距離的攻擊方式。問題是，傑洛的手鎗只有一發儲力彈的能源。這樣的話，如不能一發擊倒它，麻煩就大了。
不過現在已經不容傑洛再想下去了。因為蠍子開始發動攻擊了！只見它那尖尖的尾巴擺動了一下，就由上方向傑洛刺下來了！傑洛連忙向後退一步，那攻擊就在他的面前打落，一擊就將傑洛前方的地面給打出一個大洞來。
傑洛看著那個大得離譜的洞，心想如果被這玩意擊中的話，無論自己有多硬也會身體穿孔。不行，得速戰速決。
「死吧！」傑洛大喝一聲，最後的一發飛彈就射出來，向那蠍子的頭部作出直接攻擊！
眼看這一擊就快打中蠍子的頭時，那巨鉗竟然擋在前面，代頭部受了攻擊！
「嗄？」傑洛見狀是露出了像是抽筋的表情。這可是我唯一的一發子彈啊！沒辦法了，現在只好用劍進行肉搏戰了。
然而，當打定主意的傑洛拔出光束劍時，才發覺連劍的能源也用得差不多，只足夠發出像防身用短劍的大小，也是只能作出一次攻擊。
「這....是開玩笑吧....」傑洛的表情看起來比之前更加的無奈了，上次跟複製艾克斯對打時，都沒有走頭無路到這種地步，這次真的要完蛋了嗎？
就在這時，蠍子口中發射了三發子彈，而且鉗子也在同時衝過來，是雙重攻擊！
傑洛急忙一躍跳過先到的子彈，然後在著地的瞬間再向前跳，一口氣避過那衝來的巨鉗！
機會來了....傑洛看到蠍子的頭部大開，就跑到其前方，拿起那像是匕首的劍，一下子朝向其插入。
可是蠍子沒有坐以待斃，它竟然在同一時間，用自己的尾刺攻擊！
到底....誰會先被擊中呢？
