元朝建立了行省制度。
朱元璋建立明朝之初，也是承袭了这一行省制度。各行省长官叫做平章政事，统管民政、财政和军事。这个平章政事的助手则是左右丞。元朝时期的行省，具有相当的独立性，遇到一些特殊情况的时候，可以根据具体情况执行，不需要事先上报中央再执行。
但是朱元璋生性多疑，觉得行省就跟以前的一方诸侯一样，权力太大，怕尾大不掉。于是在洪武9年，改行省为承宣布政使司，将平章政事和左右丞等官职都废掉，原行省的参知政事改为布政使，其助手改为左右参政。
从名字就能看出，“承宣”布政使：朝廷有德泽、禁令、承流宣播，以下于有司。
换句话说，就是听皇帝的命令、代替皇帝说话。
不仅如此，老朱后来又把一个布政使变成了左右两个布政使。另外还设了提刑按察使和都指挥使。三使均为一省最高长官，并称为三司，一个管政府和钱粮、一个管监察和司法，一个管兵马，互相制衡。
这个时候的布政使，管着政务和钱粮藩库，所以下属尊称为了藩台，算是省长兼财政厅长兼粮食厅长。
而提刑按察使因为管着司法，所以下属尊称为臬台，算是省公安厅厅长兼省高院院长兼省检察长。
都指挥使一般专心搞军务，很少插手地方事务，算是省军区司令员。
巡抚，本意是“巡行天下，抚军安民”，就类似于皇帝的钦差，代替皇帝到下边转转，是个临时差遣。大明朝第一任巡抚就是皇太子朱标，他在洪武24年被朱元璋派去陕西巡边。
永乐年间，朱棣曾派了26个人前往各省巡察，于是逐渐有了巡抚制度。
宣德到景泰年间，各地先后出现了一些问题，地方官的权利范围内未必搞的定，比如督理税粮 ，总理河道，抚治流民，整饬边关等等，于是中央就派出专员前往解决。不过大多数是去解决军事问题的。
这个巡抚，此时还不是定制，主要还是中央派下去的兼职，组织关系、老婆孩子都在中央，地方事务办完了，他们也就回原单位上班了（大多是在都察院）。巡抚一般都是兼个都察院右都御史的衔，所以很多下属都会尊称巡抚为中丞（御史中丞），但一般是尊称为抚台。
但是到了成化之后，巡抚逐渐跟外官一样，去地方赴任还得带着家眷。尤其是成化22年起，废止了巡抚回京议事的制度，等于说间接把巡抚地方化了。
嘉靖年间，巡抚则完全地方化了。但并不是所有的巡抚都是各省的最高长官。
第一类，则是十三个省的最高长官，布政使此时完全成为了巡抚的副手。于是，巡抚成为了省长，主管全省的政务，还有一部分军务。而布政使则降为常务副省长，但还是分管民政厅和财政厅。
第二类，某些边区，比如辽东甘肃，还比较乱，朝廷需要加强管辖，于是派出巡抚镇边。这属于半军事半行政区域。
第三类，某些山区，尤其是那种多省交界、地形险恶的三不管地区，朝廷为了加强管理在这里设置一片特别区。明朝很多流寇，最喜欢往这种地方钻了。明末的名将卢象升，就曾当过郧阳巡抚，在这个地方解决了很多流寇。
第四类，战区。比如大同、登莱这种战略要地，有时候会根据战况设置巡抚。天启年间为了防止金军从海上侵扰，在登莱设置巡抚。
到了清朝，巡抚则逐渐演变成了地方定制，不再是中央临时特派员，而是地方的封疆大吏。
所以，每个时期的巡抚的级别和职权都不太一样，需要具体问题具体分析。
明代总督的设置初衷和巡抚差不多，都是为了应对地方事务，临时派遣中央特派员下去解决问题。一般是下去解决军务和粮务的。因为有些问题，比如嘉靖年间的东南倭寇之患，一群日本浪人到处骚扰沿海，不是一个省就能解决的，需要多省协调。于是朝廷任命胡宗宪为直浙总督，管理南直隶、浙江以及福建三省的军务。
明朝很多总督都是给个兵部尚书衔派下去的，所以下属们往往尊称总督为部院、部堂。曾经喜欢金戈铁马的明武宗朱厚照给自己加戏，自任“总督军务威武大将军总兵官太师镇国公”，于是总督一职又被迫改为总制。但是他弟弟朱厚熜登基之后，觉得臣子怎么能用“制”这个字呢？又改回总督。因此，很多下属私底下拍马屁，还是会尊称总督为“制军”或者“制台”。
到了清朝之后，总督和巡抚一样，都是专职地方官，成为了封疆大吏，手握一省或多省的军政大权，甚至还有个别总督同时兼任着巡抚。
另外还有一些专职总督，比如漕运总督、河道总督，主要职权并不在地方军政，而在漕运、河道等业务上。
知府，就是州府这个级别的最高行政长官。府，类似于今天的地级市。知府就是地级市的市委书记兼市长。
明初，朱元璋把全国100多个府分为三等，纳粮20万石以上为上府；20万石以下为中府；10万石以下为下府。三个等级的知府，级别是不一样的。这就类似于今天，上海重庆这些直辖市，市长是正部级（市委书记都是副国级政治局委员兼着）；成都武汉这些区域中心城市，市长是副部级；普通地级市的市长则是正厅级。
后来，由于布政使的品级下降了，所以所有的知府均为正四品。在古代，普通老百姓这辈子是压根见不到皇帝的，中央领导也几乎见不到，督抚布政使这些省领导也是很难见到，他们主要打交道的官员就是知府和知县，也就是他们眼中的父母官，所以民间把知县尊称为县太爷。而太爷往上就是太尊了，于是高于知县的知府大人，就被民间尊称为太尊。
府尹也是知府，但，是最特殊的知府，是首都或陪都的知府。类似于今天的北京市市委书记兼市长。因为管辖着京畿重地，所以地位和级别自然比一般的知府要高。
综上所述，一般情况下，总督＞巡抚＞布政使＞府尹＞知府
