*总督府
反深海联合作战行动作战总指挥中心。
此前作为人类联合(Mortal Union)直属的一个鲜为人知的隐秘组织，活跃在反抗深海舰队的多次一线地区作战。在数次重要行动中凭借着令人印象深刻的组织纪律性和优异的战果而逐渐崭露头角，逐渐掌握了抗击深海舰队的主导话语权，在人类联合的协力下建立起了全球首个深海联合防御阵线——CBT阵线(CBT Front)。此后一直作为抵御深海舰队侵略的指挥核心为世界各地的反击力量提供支持。现今已在全球各地建立起数个深海联合防御阵线。
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*督府港区
反深海联合行动的特设作战指挥部，多数沿海修建，少部分由于深海舰队中要塞姬对沿岸陆地的侵占而设立在内陆。不同于战前时代的海港，督府港区内设有大量专门设施对舰姬的舰装进行收容和养护。
*提督
督府港区最高指挥官的统称，不同国别的舰姬对其分别有着不同的称谓。提督在港区有着最高指挥权限，相关职权由总督府直接赋予，经人类联合的承认。同时因为这份责任的沉重，成为提督的选拔工作是隐秘且极端严格的，需要经过多次重复的审核。
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*舰姬
总督府在对外招募提督时明确指出了舰姬的本质是由纳米机械制造出的人造兵器，所有舰姬的一系列建造、补给、修理、改造等工作必须由总督府派遣的专业技术人型完成。
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*秘书舰
提督从舰姬中任命的协力舰姬，负责港区事务的汇总报告。
*深海舰队(Abyss Fleet)
来源不明，目的不明，正体不明，通常以编队形式群体出没的未知「物体」。因其在海上的集群作战性质，通称其为「深海舰队」。
十余年前的「第三类接触(Close Encounters of the Third )」中突然以集群编队的形式出现在人类的领海范围，并对人类表现出强烈敌意。因其所具有的在当时对人类而言完全未知的科技水平，深海舰队在全球范围内对人类的领海控制造成了毁灭性打击。在全球范围内执行的「反深海联合作战行动」第一阶段中，人类通过巨大的代价获取了大量深海情报，并通过对打捞的深海个体的深入研究而进行的逆向推演，最终以「舰姬」的形式强化了作战兵装，展开了人类的反抗之路。
