碧蓝历3001年，碧蓝航线为了迎战赤色中轴，创立了碧蓝航线指挥学院，简称:碧蓝学院。这所学院为碧蓝航线提供了大量优秀的指挥官，为碧蓝航线立下汗马功劳。
然而到了3020年，情况就变了，在主角逗比三人组入学后一年，塞壬突然宣布投降，连带赤色中轴加入碧蓝航线，所有人都一脸懵逼，除了主角队。因为这个就是他们搞出来的（后文会讲，不在赘述）。然后这个学院就成了一个插科打诨的搞笑场所，每次演习都会有突**况的神奇的地方。
我们的故事就从那三个人的入学开始讲起，准备好了吗？
欢迎来到，碧蓝学院
（本文所有出现时间都是碧蓝历的时间）
