據傳為龍人:離龍為悼念水龍族族長:虹翎所創，距今已有數百年歷史。其間持續作為隱藏於社會及政府機關後管制異常現象的機關。於抗戰期間秘密由中國崑崙山遷往台灣北投山區。其內部分工分為數項。
1.水龍神主
水龍神主作為水龍神社的最高管轄者，統御全神社一切事物，擁有絕對話語權。為終身職，直至退隱或身死。其職由三位水龍神巫女選拔而出。
2.水龍神巫女
作為水龍神主之候選人，每二十年將選出三位作為候選人評估。經過身、意、心三項試煉後，由清心水龍玉決定最終人選。
3.一級巫女
為水龍神社之特許派出人員，管理神社一切對外事務。戰鬥、外交、會議等。其職由二級巫女選出。經三年審查合格後由水龍神主擇優者勝任。
4.二級巫女
為水龍神社之主機人員，責司神社之內部事務。諸如結界維繫、外交接洽、行程安排等。管理一切細項運作。外派者則作為整體治安維護及異象事後清潔善後之用。
5.三級巫女
為水龍神社之下級人員，做為學員性質之巫女。宜至各單位實習各項內外事務，輔佐一二級巫女完成任務。三級巫女經一年一度之選拔大會及考試，擇前三勝任。
6.侍女
為水龍神社之侍務人員，責一切水龍神主、水龍神巫女及高級來賓之生活事務。通常為神社所收留之幼子，若無特異能力之人擔任。
7.劍使
作為獨立於神社之外的特派人員，享有一切一級巫女之特權。為契約制型態。神社發派各項外派任務交由劍使執行，然劍使有權拒絕委託任務。
目前唯有劍使:巽，由於契約關係，不得拒絕一切任務委派。
