【新·第三章·剧情概览】
劫后余生的梅丽发现，本应死去的阿娜奇迹般的生还了，并且少女身上的伤口以不可思议的速度愈合。
然而，苏醒的阿娜却失去了一路上的所有记忆，甚至忘记了一年来和梅丽结下的深厚友谊……这正如艾菲莉亚和格莱德在死而复生后遭遇的精神折磨一样。
另一方面，格莱德告诉梅丽，他是追寻着一位精灵隐士留下的线索而来到此地，阴差阳错的救下了众人。
带着无数疑惑，梅丽驾着马车连夜行进，终于抵达了最后的目的地，并在破落不堪的无人小镇里找到了一家与红旅酒馆陈设极为相似的旅店——北极喵。
在北极喵旅店的年轻老板娘卡琳娜的引导下，梅丽和伙伴们穿过破败小镇中央广场的地下隧道，来到了一个奇妙的地下遗迹内部，令梅丽惊讶的是在地底百米深处竟然有光照和植物。一番追寻才从生活在避难所的老人口中得知，此地是教皇与一位吟游诗人一同修复的远古避难所。
卡琳娜带着梅丽一行人来到避难所中的小镇，在她经营的“酒馆”中，梅丽惊讶发现卡琳娜无论言行还是表演节目都和艾菲莉亚如出一辙，并且三言两语中都暗示她自己自幼便师从一位吟游诗人“师傅”。
兄妹俩在通过了卡琳娜设置的一番考验后，卡琳娜决定把有关吟游诗人真相的『钥匙』交给梅丽。那是隐藏在魔幻牌里的一段密码，借助这段密码，梅丽和格莱德得以进入避难所遗迹的最深处……
在避难所最深处，梅丽和格莱德经历了神秘人设置的一连串问题。最终见到了保守一切真相的守密人——出现在兄妹俩眼前的，正是教皇支离破碎的真身！
原来，这里是上个纪元先民探究生命奥秘，寻找人类未来出路的『永生祭坛』，先民正是在这里制造出了人类的完美形态——精灵——的序列，然而过于完美的精灵反而成了激化旧纪元一切矛盾的导火索，最终导致了世界在战争中化为灰烬。
梅丽的这场旅行从一开始便是教皇对她的考验，他希望梅丽一路了解线索，慢慢自己拼凑出整个事件的真相，在有所思考后来到自己面前。
在这里，教皇对兄妹俩坦露了身世，他是一位来自上个纪元的休眠者，在阴差阳错之下，他本该死去的残破身躯被封入了『永生祭坛』的机械中，并承担起了在末世之后复兴人类的『使命』，却没想到他的导师早已履行了同样的使命，在大陆南方建立起了那提亚王国。而教皇建立的避难所，却成了那提亚王国掠夺的对象，由此开始了长达百年的战争。
梅丽问起教皇与吟游诗人决裂的原因，教皇平静的说明了理由：
原来二十五年前他曾与艾菲莉亚合作，希望精灵帮他寻找一件足以制止战争的上古神器，然而这件上古神器实际上却是上个纪元文明毁灭的元凶——灭世武器『北极星火箭』。教皇希望以一枚灭世武器此来作为制衡大陆的终极手段，从此彻底终结战争。
但吟游诗人无法认教皇荒谬的理念，她选择了“背叛”，并尝试毁灭眼前的遗物。最终事与愿违，导致了一场席卷大陆的放射性风暴。从那以后新生的婴儿便开始大规模患有先天疾病，梅丽、阿娜、特蕾西娅、爱丽丝……都是那场灾难的牺牲品。
随后，教皇追上了疯癫的艾菲莉亚，用利剑结束了她的生命；并开始寻找治愈辐射病的方案，却意外发现了创造人偶骑士的方法……
如今，时间令一切复原。最重要的是，他在梅丽身上测试的『激素』起效了，这意味着梅丽的血清就是弥补当年过错的关键。
最终，为了格莱德、艾菲莉亚、阿娜、特蕾西娅、爱丽丝等伙伴们的安危，梅丽选择了相信教皇。
