故事发生在距现在不远的未来,我们人类所了解的世界表面看上去并未发生太大变化,但是世界各地不断传来『太空野兽Space Beasts异生兽』攻击吞食人类致使人员伤亡报告.
为了暗中解决这个问题,人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织『Terrestrial Liberation Trust国际解放机构』,总部位于北美,简称『TLT』,其下日本支部被称为『TLT—J』.而『TLT—J第三基地:自由堡垒』直属特种机动作战部队就是『夜袭队NR（Night Raider）』,他们的任务就是秘密消灭日本境内关东地区的所有『异生兽』,而组织对于所有目击『异生兽』的幸存者则会消除他们的记忆,在黑暗中维护人类社会秩序.
但随着敌人『异生兽』的不断学习进化,致使拥有骄人战绩的『夜袭队』陷入苦战.但『光之巨人Ultraman Nexus奈克赛斯奥特战士』突然登场并打破了这种僵局,作为『奈克赛斯奥特战士』的『适能者Dunamist』[姬矢准]出现在这场人类与『异生兽』的战斗之中,他利用相位的褶曲,制造出属于自己的战斗空间『美塔领域Meta Field』,在变身巨大化后,将『异生兽』拉入这个与世隔绝的异空间内进行战斗.在面对新型战场环境下,『TLT』研发出的特殊科技战机合体后也可进入本空间内进行作战.
『TLT—J第三基地:自由堡垒』『夜袭队』的新队员[孤门一辉]与[和仓]队长及其他队员一起处理着繁忙作战任务.可自从他遇到[姬矢准]后便对自己任务及周围环境产生疑问.
组织内究竟隐藏着怎样的秘密?队员们的过去又是如何?『奈克赛斯奥特战士』和『异生兽』的原形到底是什么?这一切事件的根源又是……?
[孤门]和[姬矢]在不知不觉地不断接触中建立深厚的友谊,并一步步开始揭开这一切现实中的谜底……
在这里个人的恋情犹如花朵般脆弱,只需空荡残破的现实放在眼前,一切都会随之凋零.这里没有什么甜美的爱情故事,只有黑暗的人性现实,一切皆为空虚,唯有死神等待,黑暗才是人心中最可怕的隐藏者……
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