故事发生在2004年,我们人类所了解的世界表面看上去并未发生太大变化,但是世界各地不断传来『太空野兽Space Beasts异生兽』攻击人类致使人员伤亡报告.
为了暗中解决这个问题,人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织『Terrestrial Liberation Trust行星解放机构』,简称『TLT』,其下日本支部被称为『TLT—J』.而『TLT—J第三基地:自由堡垒』直属特种机动作战部队就是『夜袭队NR（Night Raider）』,他们的任务就是秘密消灭日本境内关东地区的所有『异生兽』.
但随着敌人『异生兽』的不断学习进化,致使拥有骄人战绩的『夜袭队』陷入苦战.但『光之巨人Ultraman Nexus奈克赛斯奥特战士』突然登场并打破了这种僵局,作为『奈克赛斯奥特战士』的『适能者Dunamist』[姬矢准]出现在这场人类与『异生兽』的战斗之中,他利用相位的褶曲,制造出属于自己的战斗空间『美塔领域Meta Field』,在变身巨大化后,将『异生兽』拉入这个与世隔绝的次元异空间内进行战斗.
『TLT—J第三基地:自由堡垒』『夜袭队』A组的新队员[孤门一辉]与A组[和仓]队长及其他A组队员一起处理着繁忙作战任务.可自从他逐渐深入队伍内部各种问题后便对自己任务及周围环境产生疑问.
组织内究竟隐藏着怎样的秘密?副队长为何如此仇恨『奈克赛斯奥特战士』?『奈克赛斯奥特战士』的原形到底是什么?
[孤门]通过对事件的不断深入探索,逐渐挖掘出『适能者』[姬矢准]的沉重过去......
