魔神间的和平组织，真·格雷姆林Germlin，处于隐世中。作为最顶级的魔法师，魔神的愿望与恐惧以幻想杀手的形式表现出来。欧提努斯成为魔神，开始用自己的力量在自己的世界叠加了几次相位。后来她定居在现世，也就是以后上条当麻出生并承载幻想杀手的相被称作银之星的男人打算建立一个盘踞在任何相位彼端、不依赖任何宗教的科学的世界。
古代距今至少约4000年前，一位埃及法老与陪葬的奴仆一起被葬在某个金字塔里，他们不希望自己的生命被浪费掉，于是汇集了知识和资源，导致了魔神奈芙蒂斯的诞生。
距今至少约4000年前，娘娘放弃了她的生命而成为了异端的尸解仙，最终成为魔神。公元一世纪神之子受审判，被罗马人钉在了十字架上而死，然而，死后的神之子于三天后复活并升入天堂。
7月29日，圣彼得被处死了。不过他已经做好了准备，他选择了现在会成为梵蒂冈这个国家的地方，在坟墓上竖立起了（死前准备好的）使徒十字，建立了十字教的中心。公元四世纪出于对圣彼得的敬意，君士坦丁大帝下令在圣彼得的坟墓上方建造圣彼得大教堂。公元八世纪伦巴第国王把权力交给梵蒂冈。公元九世纪由于威尼斯的权力不断增长，罗马正教准备创造出亚得里亚海女王舰队用来摧毁这个城市，以及它的影响和文化。
公元829年商人把圣马可的遗体带到威尼斯从而扩大了威尼斯的势力和影响。后来，他们建造了圣马可大教堂来盛放圣马可的遗体。亚得里亚海的女王终于制造完成，然而因为担心威尼斯的毁灭会导致经济危机，所以并未使用。
公元十二世纪1182年：雷蒂丽·坦格洛德出生，后来成为女预言家。
1189-1192年：第三次十字军东征发生，是雷蒂丽最有可能参加的一次十字军东征。雷蒂丽·坦格洛德吃下了她救的一一个士兵给她的魔法果实后变得不死。
公元十四世纪1309年：阿维尼翁教廷事件开始，教皇从教皇国迁到阿维尼翁。梵蒂冈到阿维尼翁的地脉被建立。
1346-1350年：黑死病肆虐欧洲，造成数百万人死亡。1378年：阿维尼翁教廷事件结束。中世纪文献记载了可以从各种形式的魔女审判中存活下来的名为芙罗兰·克洛伊杜尼的女性的记录。
公元十六世纪1519-1521年：埃尔南·科尔特斯率领一支远征队为西班牙探索和殖民墨西哥。阿兹特克人把他误认为是羽蛇神，便创造了魔神特兹卡特利波卡来对抗他，来源于此的确切事件尚不清楚，但阿兹特克帝国落入西班牙，特兹卡特利波卡最终加入了真·格雷姆林。1546年：米开朗基罗接受聘用，参与了圣彼得大教堂的建筑工作。
1549年：方济各·沙勿略抵达日本，在九州岛开始传播罗马正教，未来的天草式十字凄教将在那里形成。
公元十七世纪1603年：德川幕府上台，日本开始进入江户时代。由于它对包括十字教在内所有外国势力的迫害，天草式十字凄教潜入地下活动。
1642-1646年：英国内战爆发。卡提尔正统在它的力量失控后丢失，使得革命得以成功。
公元十九世纪1821年：伊能忠敬绘制的《日本沿海舆地全图》出版，上面绘制了日本的47个涡点，完全颠覆了偶像理论。
1868年5月3日：明治维新开始，江户幕府统治时代结束。然而，天草式十字凄教的存在并没有因此公开。1870年：雷蒂丽·坦格洛德访问巴黎，和另外两个人一起拍了照片。
1875年10月12日：亚雷斯塔·克劳利出生。
公元二十世纪1900年4月：为了改变未来的女儿莉莉丝的命运，亚雷斯塔·克劳利对黄金黎明采取了行动。他在获取了马瑟斯的血样后，在布莱斯街战役中占领了布莱斯街36号结社的设施，并用马瑟斯的血伪造了一份上面有马瑟斯的命令文件，从而引发了维斯考特与马瑟斯派系之间的战争。
在随之而来的冲突中，亚雷斯塔暗中击倒了结社成员，最终在布莱斯街承载着幻想杀手的箭的帮助下杀死了维斯考特和马瑟斯。随着箭在最后之战中被摧毁，幻想杀手改变宿主，被亚雷斯塔击倒的黄金黎明的魔法师们被诅咒着，有的死去有的则苟活下来，而他们的所有抉择都注定要失败，黄金黎明魔法结社解体，继任的组织随后兴起，但没有一个达到黄金黎明的水平。
1904年：亚雷斯塔·克劳利在埃及之行中以自己的妻子为媒介，与圣守护天使艾华斯取得了联系，艾华斯所传达的知识随后被编入《法之书》。亚雷斯塔不知道，艾华斯此时采取措施，确保了他那仍然在子宫中并注定会在几年内死去的女儿莉莉丝的本质在另一个相位被带到安全的地方。
1909年：在非洲之旅中，亚雷斯塔试图穿越生命之树之间的深渊时，与大恶魔科隆尊取得了联系，亚雷斯塔并不知道，它是被马瑟斯召唤来为了把自己引向毁灭的恶魔。恶魔突破了他的束缚，暂时占据了亚雷斯塔的身体。但是他的学徒维克多·诺伊伯格履行了他的职责赶走了恶魔，后来科隆尊从非洲去往英国，藏在纸莎草山中，并继续掌控着萝拉·斯图亚特。
1917年：亚雷斯塔·克劳利出版了被称为《Moonchild月之子》的原典。
1920年：亚雷斯塔·克劳利前往意大利的西西里岛开展他的活动。[24]
艾华斯口授的《法之书》的传言显现出来。
亚雷斯塔宣称欧西里斯的时代的结束和荷鲁斯时代的开始将会随着《法之书》的撰写而一同到来。
1926年：H.P.洛夫克拉夫特出版了短篇故事《克苏鲁的呼唤》，创造了一个克苏鲁神话的虚构世界。受到启发的魔法师们将克苏鲁神话也纳入了魔法的体系中。
1929年6月7日：意大利王国和罗马教廷批准了《拉特兰条约》，正式确立了梵蒂冈城的王权。
1947年美苏冷战开始。随后两国均开始投入财力进行超能力的研究，以用于军备扩张。
12月1日，亚雷斯塔·克劳利被官方记载为死亡。实际上，冥土追魂在英国乡间将其救起，并向他说起遥远的日本，即之后五行机关和学园都市的所在地。
20世纪70年代美国的星门计划启动。
1990年海湾战争开始，钢铁破坏者MX被投入使用。1991年海湾战争结束。
1995年星门计划被取消。未知年份被称作僧正的僧人准备坐化，希望成为佛陀以拯救他人。然而，受到了阻碍的僧正最后成为了魔神。一个古埃及的派系准备牺牲无辜的少女以证明来生的存在。然后奈芙蒂斯出手毁灭了这个派系，并告知她反对牺牲。以前是虚假的圣日耳曼的身份和传说，被赋予了“生命”。就像其他毫无灵感所以前往其他国家寻找灵感的魔法师一样，亚雷斯塔·克劳利也前往了非洲。到达沙漠后，他把埃及神的名字，即伊西斯，奥西里斯和荷鲁斯，纳入他时代的概念，逗笑了Nephthys。他同时也召唤了一个谁也没有听说过的大恶魔。四个天使与对应的相应的四大元素发生了错位，世界陷入崩坏危机，以至于天使坠落这种术式能够被发动。亚雷斯塔·克劳利正式建立学园都市，之后搬入没有窗户的大楼，并将芙萝茵莱伊·库洛依托涅囚禁于内。某年10月9日，学园都市以城邦身份获得独立。雅妮丝·桑提斯的双亲被害，然后被罗马正教收留。木原幻生使用了他的孙女作为体晶的第一个试验品。冥土追魂批评了木原幻生为了达到SYSTEM使用体晶的行为。约20年前雪莉·克伦威尔参与了英国清教与学园都市合作的能力者兼魔法师融合计划，负责向名为艾利丝的能力者教授魔法，二人成为朋友。实验以失败告终后，英国骑士派的反对势力前来摧毁设施，艾利丝为帮助雪莉逃走而被杀害。一位美国好莱坞电影制片人设计并制作了一个巨大的人工岛作为电影的背景。在电影拍摄的最后，拆除船员们所做的成果被视为一种浪费——因此，这个岛屿没有被摧毁，而是作为一个海滨度假胜地和主题公园再次发挥作用。14年前的5月2日御坂美琴出生了。约10年前吸血鬼被姬神秋沙吸引到她所在的村庄，将整个村庄全部转变为吸血鬼，之后整个村庄被姬神的“吸血杀手”能力引致全灭。14岁的第三王女薇莉安被罗马正教为数不多的组织之一西班牙星教派所绑架。英国皇室拒绝援救薇莉安，因为他们希望以此作为借口攻打西班牙星教派。骑士团长因为身份无法干涉，威廉·奥威尔决心进入战场——因为他不是骑士，而是佣兵。骑士团长想帮助威廉，但威廉把他打晕了，这样骑士团长就可以保住自己的位置，从内部改变英格兰，防止类似这样的情况再次发生——这是威廉做不到的。上条当麻因不幸体质而被流言蜚语困扰，父亲上条刀夜因而将其送到崇尚科学的学园都市。受其到来影响，风斩冰华诞生。5-6年前一方通行的能力先后造成同学和老师受伤，随后在逐渐升级的警备员镇压中毫发无损。之后他被送入特别班级，并开始寻求变得“绝对无敌”的方法。御坂美琴被研究人员哄骗，交出了DNA图谱。五年前，魔法结社从天而降的诸神之门组织了一个计划，带领15名成员掌控梵天神箭。 这个计划带来了灾难性的后果， 14人死亡，只有乌雷亚帕蒂·艾克西卡有限地掌握了Astra。3年前在罗马正教担任魔道书记录官的奥雷欧斯·伊萨德，秘密来到英国清教分享捕猎魔女的方法，与茵蒂克丝相遇。雷蒂丽·坦格洛德策划星轨之门的猎户座号宇宙飞船失事，以发动令自己死去的魔法阵，但由于莎特奥拉·塞昆齐亚的愿望诞生了鸣护艾丽莎，其歌唱引发的奇迹令机上88人全部生还，被媒体称为88人的奇迹。
计划失败后，雷蒂丽·坦格洛德收购星轨之门社，开始建造宇宙电梯恩底弥翁。[内容为推测 ]后方之水与另一个圣人作战，这场战斗的结果尚不得而知。春天，木原加群的学生被由木原病理指使的凶手所袭击，木原加群出于自卫杀死凶手，但之后无法原谅自己并想要复仇，离开学园都市，受玛丽安·史琳格奈亚教导学会魔法，改名贝尔西加入格雷姆林。8月2日，企图召唤太平洋上的克苏鲁神话沉没的R'lyeh城市，以诱使魔幻阴谋集团黄昏等待唤醒的灵感
Darkstreet，导致103名工人在豪华和锭矿开采船上登高2年前弃童枝先绊理转入先进教育局，与伙伴春上衿衣分别。
身为研究员的木山春生受木原幻生指派，担任包括枝先绊理在内的弃童班级的老师。神裂火织离开天草式十字凄教加入英国清教的必要之恶教会，建宫斋字成为天草式代理教皇。史提尔·马格努斯与神裂火织成为茵蒂克丝的监护人，并为她又一次消除了记忆。固法美伟加入了Big Spider。结标淡希进行坐标移动自己的测试，失误将脚卡在墙中，从此留下心理阴影，不能自如地传送自己。1-2年前食蜂操祈在才人工房接受研究时遇到编号为0号的御坂妹妹多莉，在研究员安排下与之成为朋友。多莉由于克隆人的寿命限制死去，食蜂也得知自己将在实验结束后被处理掉，于是她将整个才人工房的研究员全部洗脑，进入常盘台中学就读。1年前木原幻生的暴走能力的法则解析用诱爆实验成功，制成了体晶，但代价是木山春生的学生陷入昏迷。后来为拯救他们，木山开发了幻想御手用于支撑大量计算。春季，土御门元春进入学园都市成为间谍，并收养土御门舞夏为义妹。但他的间谍活动很快就被发现，不得不成为双面间谍以维生。7月，茵蒂克丝被消除记忆后发现自己身处日本，并被魔法师追杀中，开始了她持续一年的奔逃生活。秋季，风纪委员新生白井黑子与初春饰利在实习中相识，并与前辈固法美伟解决了绝对等速抢劫案。秋季至冬季，一方通行受邀参与绝对能力者进化计划，在不自觉中杀死了1号御坂妹妹。
上半年
上半年的剧情大部分都在《魔法禁书目录SS2》和《某科学的超电磁炮》漫画中，以《魔法禁书目录》开始作为分界线。
日期描述1月第三个星期五Skill Out中的驹场利德、滨面仕上、服部半藏半夜抢劫ATM机，在逃跑途中被黄泉川爱穗逮捕。半藏对黄泉川一见钟情（此时，对无能力者的追捕显著增加）。
1月或2月黑妻绵流被释放。
2月第一个星期五神裂火织在伦敦一个牛仔裤店主的店内遭遇剪牛仔裤狂魔瓦尔基里。
2月第四个星期五上条刀夜在意大利时，为了给上条当麻寻求幸运物而反复偶遇芭比娜及其导师丽多薇雅·罗伦婕蒂。丽多薇雅为刀夜的爱子之心感动，塞给刀夜大量魔法纪念品，间接促成了天使坠落；并决定与欧莉安娜·汤姆森合作利用使徒十字感化学园都市。
3月15日（第三个星期五）削板军霸从小混混手中救下原谷矢文并打倒了横须贺。
4月第一个星期五巴西的伊妮丝向媒体讲述自己的故事：一穷二白的她欲向仇家动手复仇，却被御坂旅挂阻止，并被其建议以家电回收为商机，从而白手起家致富。
四月第四周白井黑子进入常盘台中学，遇到了御坂美琴，白井黑子在学舍之园内的理发店理发，与老板聊起原石的事。
5月第二个星期五欧雷尔斯在米兰从人贩子手中救出100多个孩童。
5月11日御坂9982号在研究所内诞生，后受指派去处理数名妹妹的尸体。
5月第三个星期五小郭在寻找服部半藏的途中遇到了滨面仕上。滨面仕上在和小郭谈话时，开玩笑地怀疑他的朋友服部半藏可能是一个忍者的幸存后代。滨面的猜想是正确的。
6月第二个星期五“守护神”初春饰利在露天咖啡厅用掌机在黑客攻防战中战胜了工山规范。工山规范被捕。
6月17日上条当麻和御坂美琴的初次相遇：上条当麻误以为御坂美琴被小混混威胁，不小心口出狂言，结果御坂美琴电翻了除了上条当麻以外所有人。此后御坂美琴一直试图打败上条当麻。
6月某日白井黑子强迫御坂美琴的室友搬走，并让自己成为其室友。
7月1日御坂美琴去俄罗斯为学园都市的合作伙伴参加能力实演，后来该事件牵涉到了魔法结社预备军新生之光。7月的第一周在伦敦的一间酒吧里，上条刀夜和他的同事田中偶然遇见了御坂旅挂。一个原石少女在逃避追捕的时候遇到了刀夜、田中和旅挂。刀夜和田中通过劫持一架塞斯纳飞机并让它爆炸来伪造自己的死亡。7月的第二周云川芹亚联系了学园都市的统括理事之一的贝积继敏，他们就原石的处理进行了交谈。上条当麻被故障的喷水器淋得浑身湿透之后偶然遇见了云川芹亚。7月10日大能力者Level 4的量子变速能力者钏路帷子陷入昏迷。
7月11日第一次虚空爆炸事件发生。
7月16日幻想御手篇开始。白井黑子、初春饰利和御坂美琴处理一起由强能力者Level 3发火能力者发起的抢劫案。
7月17日被误认为是新来的风纪委员后，御坂美琴帮助一名风纪委员寻找找硲舎佳茄的包，她误认为这个包与虚空爆炸案有关。所幸虚惊一场，她把包原封不动地还给了佳茄。上条当麻遇到了要求和他在河岸决斗的御坂美琴。战斗结束后，美琴追了当麻一晚上。固法美伟和另一位风纪委员在Green-Mart检测到重力炸弹后想要撤离。但此时炸弹被触发了，对想要保护腿受伤的女孩的同行的风纪委员造成了严重伤害。
7月18日钏路帷子被怀疑与虚空爆炸案有关，引起了第七学区的警报。在Seventh Mist的虚空爆炸案中，上条当麻救了御坂美琴、初春饰利和硲舎佳茄。但是其他人都以为是御坂拯救了大家。御坂对“自顾自耍帅”的上条很不爽。
7月19日初春饰利感冒了。御坂美琴和白井黑子见到了脑科学专家木山春生。在Benny’s餐厅，上条当麻无意中扰乱了御坂美琴尝试从不良少年的团伙中得到幻想御手信息的计划。从她手中救出那些小混混后，上条当麻在铁桥面对御坂美琴。上条当麻和御坂美琴的这次相见造成了全市范围的停电。随着停电，茵蒂克丝失足进入了学园都市。为了从史提尔·马格努斯和神裂火织的追捕下逃脱，她从一个屋顶跳到另一个屋顶，结果掉在了上条当麻宿舍的阳台栏杆上。
下半年
下半年剧情包括了目前几乎所有小说正传剧情和外传漫画剧情。
日期描述7月21日接下来的三天里，上条当麻和茵蒂克丝躲在月咏小萌家避难。佐天泪子从贩卖幻想御手的偏光能力者和他的团伙手下保护了钢盾掬彦，但是反而让自己也陷了进去。为了击败偏光能力者，白井黑子摧毁了一栋建筑，救了泪子和掬彦。害怕的同时泪子觉得自己无能，和同学明美、小睦和真子一起分享了幻想御手程序。
7月24日经过思考，御坂美琴对于击败上条当麻这件事重新充满了信心。由于使用幻想御手，明美陷入昏迷，感到害怕的佐天泪子跟初春通电话后也陷入昏迷。在冥土追魂的帮助下，查出了幻想御手的创造者是木山春生。木山把初春饰利当作人质拖延了一段时间，她试图用幻想御手网络代替树状图设计者进行一些计算。御坂美琴和木山对战。木山春生的战败导致幻想猛兽被释放。
御坂美琴用超电磁炮击杀了幻想猛兽，初春配合御坂将木山给予的治疗文件上传到全学园都市内播放，而木山春生也被逮捕。泪子和其他幻想御手的受害者从昏迷中苏醒。幻想御手篇结束。
上条当麻和茵蒂克丝出发去澡堂。在途中两人分开，上条当麻被神裂火织袭击了。知道了茵蒂克丝的记忆清除以及她和神裂、史提尔之间的关系后，当麻试图强迫神裂放弃她的打算。但最终他被击败了，昏迷了三天。7月25日由于晚归，御坂美琴和白井黑子被罚打扫泳池一天。
7月27日上条当麻昏迷三天后醒来，明确了自己想要保护茵蒂克丝的愿望。史提尔·马格努斯和神裂火织到达月咏小萌家，将在午夜执行记忆消除。
7月28日在二人离开的时候上条当麻无意中触发了茵蒂克丝的自动书记模式，使她开始暴走。上条当麻告诉了史提尔和神裂火织他们被教会欺骗的事实，三人开始合力对抗茵蒂克丝。凌晨0:22，上条当麻偏转茵蒂克丝的强大攻击时，树状图设计者被毁。上条当麻在保护茵蒂克丝不被她自己攻击的余波伤害时失忆了。上条当麻在医院治疗时，为了不让茵蒂克丝伤心，他在失忆这件事上向她撒了谎，称自己没有任何后遗症。英国清教和学园都市达成了一项合作协议。
7月某日魔法结社有翼者归来派遣艾扎力潜入学园都市调查监视上条势力，并确定其是否有害。如果确认有害，艾扎力需要利用他的皮肤术式引起内讧而从内部瓦解上条势力。8月某日菱形干比古的妹妹菱形蛭魅去世了。不久后，埃斯特·罗森塔尔尝试复活她，结果诞生了名为梼杌的灵魂，但其实际上是罗森塔尔家族的第四代头领伊萨克，占据了她的身体。后来，一个自称是恶魔的人通过梼杌联系了菱形干比古，告诉他如何通过10000次的死亡来实现他创造完美魔像的夙愿。伊萨克利用了菱形干比古对他妹妹的感情。
8月1日统括理事会和其他国家的几位领导人正在第三学区的会议大楼开会，一名恐怖分子试图袭击那里，他们计划用一辆载有装满危险液体燃料联氨的、本是牛郎星Ⅱ号附加模块的卫星引导车冲击建筑物。在初春饰利、黄泉川爱穗、山岳扬子和警备员们的共同努力下，灾难得以避免。御坂美琴和白井黑子继续追捕肇事者。
8月第一周Big Spider篇开始，并在当周结束。黑妻绵流和蛇谷次雄被捕后，Big Spider解散。
乱杂开放篇开始。
8月8日吸血杀手篇开始。罗马正教的十三骑士和远程轰炸术式葛力果圣歌队，在与奥雷欧斯·伊萨德交战后被击败。8月9日吸血杀手篇结束。
奥雷欧斯在此篇章的事件后被宣布死亡。但事实是，他的记忆和外表被史提尔·马格努斯毁掉，并被送往其他地方重新开始生活。姬神秋沙得到了来自英国清教的凯尔特十字项链，用来封印她的能力。{注|魔法禁书目录|小说|原篇|2|终章}}
乱杂开放篇结束。木山春生的学生们从昏迷中苏醒。泰瑞丝缇娜·木原·莱夫雷恩被拘留。
8月10日妹妹篇(超电磁炮漫画)开始。御坂美琴知晓了关于"偏僻地点出现了现金卡"的都市传说。傍晚，御坂美琴遇到布束砥信，被布束吊起兴趣调查得知被废除的超能力者克隆计划。在她走后某一名御坂妹妹赶到删除了数据。
8月15日御坂美琴在陪小孩子玩之后遇到了御坂9982号。两人交流后分开，御坂美琴继续调查克隆人来历，得知了绝对能力者进化计划的具体情况。20:00，绝对能力者进化计划第9982次实验开始。最后在赶来的御坂美琴的注视下9982号被一方通行杀死。御坂美琴情绪失控攻击一方通行却遭受惨败，在众多妹妹的解释下一方通行放下失去信心的御坂美琴离开。
8月16日彻夜未归的御坂美琴遇到了布束砥信，交流后二人分别以自己的方法阻止计划。
8月16日-8月18日御坂美琴变装在外不断摧毁和实验有关的设施，直到剩下两所为止。暗部组织ITEM受到雇佣参与事件。
8月19日御坂美琴和ITEM的芙兰达相遇激战，在战胜之时同属ITEM的泷壶理后和麦野沈利加入战局，御坂美琴艰难摧毁设施后逃脱。麦野沉利得知计划后收手。布束砥信进入另一家机构并试图给妹妹植入情感程序，结果由于没有20001号的上位密码导致失败，并被ITEM的绢旗最爱抓走。
8月20日妹妹篇(禁书目录)开始。御坂美琴调查另一家机构时认为计划已经结束，之后相遇上条当麻。一段时间后见到了御坂妹妹10031号得知计划没有停止。之后当麻遇到了10032号。
8月21日御坂美琴疯狂摧毁与妹妹相关的研究设施，在意识到该行动无用之后想要篡改树状图设计者的计算数据，但发现树状图设计者已经被毁。此时在监控中看到了御坂10031的死亡直播，她万念俱灰。当麻发现了死掉的御坂妹妹10031号和众多御坂妹妹。他潜入御坂美琴宿舍调查，并最后在一座桥上遇到了御坂美琴。御坂美琴此时为了使妹妹不受残害决心孤独赴死，失去了判断能力的她和上条当麻在桥上大战。为了拯救自暴自弃一心寻死的御坂美琴同时为了让学园都市放弃整个绝对能力者进化计划，上条当麻独自跟一方通行战斗，并且成功击败了他。而后一方通行使用的等离子攻击也被妹妹们合力消除，自此上条当麻完成了“以无能力者Level 0之躯战胜超能力者Level 5”的成就。御坂开始倾心于上条当麻。以一方通行为中心的绝对能力者进化计划被取消。8月24日艾扎力袭击了海原光贵但是并未杀掉对方，他使用海原的外表跟踪御坂美琴，目的是得到美琴的外貌而在上条的伙伴中挑拨离间。但是实际上他喜欢上了御坂美琴。
8月27日由于想要通过战胜打败过一方通行的人来获得地位的小混混发起的袭击越来越多，在上面的催促下，上条当麻被迫带着茵蒂克丝暂时离开学园都市以减少骚乱的发生。由于元素的扭曲，上条刀夜在各种巧合中无意间触发了天使坠落术式。结果，大天使加百列借用了莎夏·克洛伊洁芙的身体出现在地球上，使用的名字叫米夏·克洛伊洁芙。婚后光子转到常盘台中学，结果在找她的宿舍的时候迷路了。御坂美琴后来利用光子摆脱了追踪她的艾扎力。然后光子和美琴一起闲逛，光子完全不知道美琴的Level 5身份，而对她的如此大的名气感到不解。
8月28日天使坠落篇开始。8月30日天使坠落篇结束。上条当麻回到学园都市在某医院治疗。8月31日白天，艾扎力被上条当麻打败，上条当麻和他定下誓约，要“守护御坂美琴和她周遭的世界”。艾扎力承认了他的任务失败，从而背叛了有翼者归来。一方通行初遇最后之作。经过一些波澜之后，背叛学园都市的研究员天井亚雄抢走了最后之作试图启动她脑中的病毒用来控制位于世界各地的妹妹以打击协力机关，从而颠覆学园都市。一方通行在芳川桔梗指出的两条道路之中选择了保护最后之作，用自己的能力初始化了最后之作的人格代码清除了病毒。为了保护最后之作，一方通行被天井亚雄射中头部。在此之后他凭着自己的意志利用能力维持着自己和因与天井亚雄互相开枪濒死的芳川的生命。魔法师暗咲逢魔为拯救心仪女人的性命而入侵学园都市，劫持禁书目录，意图获取原典《抱朴子》的知识，后被上条当麻击败。当麻跟随他潜出学园都市救了他心仪的女人。
9月9月，是包括学园都市在内的全世界政治实体向太空发射火箭的频率最高的月份。一是因为织女星1号被破坏后，世界各国都在争先恐后地想要获取树状图设计者残骸；二是为了金星探测竞赛，它被学园都市当作是向太空发射材料的一种方式，是秘密建造恩底弥翁太空电梯计划的一部分。
在9月1日到9月14日之间的某个时间点《某科学的一方通行》的故事开始了，一方通行在医院休养的时候见到了埃斯特·罗森塔尔。9月1日学园都市的新学期开始了。魔法师雪莉·克伦威尔攻击了学园都市，尤其是第七学区地下购物中心，试图挑起魔法与科学的战争。事件后虚数学区·五行机关的核心AIM生命体风斩冰华和上条当麻与茵蒂克丝成为了最好的朋友。
9月2日生化智能计划的参与者菲布理珍妮姐妹被布束砥信带走参与新的治疗。
9月3日御坂美琴、白井黑子、初春饰利和佐天泪子被随机选中参加学园都市的为期七天的交换项目。他们被带到位于美国加利福尼亚沿岸的人工岛——学艺都市，后来被卷入了与阿兹特克魔法师有关的阴谋。
9月6日天草式十字凄教与雅妮丝部队发生了第一次小规模交战，来保护奥索拉·阿奎纳和所谓的《法之书》解读法。法之书篇开始。
9月8日奥索拉·阿奎纳害怕自己所拥有的“《法之书》的解读法”被他人滥用所以逃走，上条当麻遇见了她，并决定介入法之书事件。
9月9日上条当麻在史提尔·马格努斯以及天草式众人的帮助下拯救了奥索拉，而“《法之书》的解读法”也被证明是错的。“学园都市-英国清教”与“罗马正教-俄罗斯成教”的对立局面初步展开。雅妮丝部队被罗马正教当作替罪羊。她们被认为是有罪的人，后来被送到女王舰队当作劳动力。法之书篇结束。天草式十字凄教和奥索拉·阿奎纳加入英国清教。
9月9日之后奥索拉·阿奎纳事件发生后的几天，天草式参加了一次加入必要之恶教会的考试。必要之恶教会陷入了“待唤醒之黑暗”、英镑成员国和皇家天文学研究机构的个人阴谋中。
9月10日某魔法与科学的群奏活剧与魔法禁书目录 通往恩底弥翁之路的剧情开始。
9月12日某魔法与科学的群奏活剧与魔法禁书目录 通往恩底弥翁之路的剧情结束。
9月14日树状图设计者残骸篇开始。结标淡希和科学结社合作盗取树状图设计者的残骸，并重伤了白井黑子。后来因为被白井黑子指出本质而能力暴走，最终被上条当麻阻止。走投无路的结标淡希被一方通行击败。
9月15日树状图设计者残骸篇结束。剧场版:魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹的剧情开始。
9月的第三周御坂美琴试图使用黑客手段入侵"书库"，但被"守护神"阻止。大霸星祭(超电磁炮篇)开始。学园都市邀请了所有的Level 5参与大霸星祭致辞，但是最后只有食蜂操祈和削板军霸参加。
9月18日剧场版:魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹的剧情结束。
9月19日大霸星祭正式开始。大霸星祭(禁书目录篇)开始。御坂10032号代替御坂美琴参加了“气球猎手”比赛，对手是马场芳郎的学校。马场把她误认为美琴，小心地给她注射了有毒的纳米器件，并带走了失去意识的妹妹。食蜂操祈使用能力，转移了载着御坂10032的救护车，绑架了御坂10032。晚上6:30的夜间游行活动阻挡了发动使徒十字需要的灯光，挫败了丽多薇雅·罗伦婕蒂和欧莉安娜·汤姆森的计划。
9月20日大霸星祭(禁书目录篇)结束。丽多薇雅·罗伦婕蒂和欧莉安娜·汤姆森被英国清教逮捕。使徒十字不知所踪。为了保护她们，食蜂操祈清除了白井黑子、初春饰利和佐天泪子关于御坂美琴的记忆。木原幻生把御坂美琴和妹妹们相连接，作为他对美琴进行的Level 6进化实验的一部分。以Level 6出力3%程度的御坂美琴在第七学区范围内造成了很大的影响。食蜂与幻生对抗，最后通过自己的聪明才智毁掉了外装代脑。而上条当麻和削板军霸合作拯救了御坂美琴，上条当麻承诺要和美琴一起发现一个不一样的学园都市。而作为始作俑者之一的警策看取也被白井黑子打倒。警策和食蜂一起见到多莉的妹妹。大霸星祭(超电磁炮篇)结束。
9月25日大霸星祭结束时，上条当麻中了北意大利七天五夜游的大奖，亚得里亚海女王篇开始。
9月26日亚得里亚海女王篇结束。亚得里亚海女王被摧毁，彼亚吉欧·普索尼被英国清教逮捕。雅尼斯部队编入英国清教。罗马教皇批准了将上条当麻视为敌人的文件。天赋梦路篇开始。御坂美琴从帆风润子处听说并收到了能够记录并分享梦境的“印第安扑克”。
9月27日白井黑子与初春饰利调查能够预知事故发生的软件，预防了事故并找到了开发软件相关的预知能力者美山写影。
9月30日白天，御坂美琴与上条当麻按照约定进行“惩罚游戏”。930事件篇开始。夜晚，前方之风入侵学园都市，并给学园都市的有生力量造成极大打击。木原数多遵照亚雷斯塔命令去捕捉最后之作并给她注入能够让修斯·风斩显现的病毒，作为对前方之风的防御措施。木原数多篡改了最后之作的代码后，一方通行显示出觉醒的迹象，利用黑翼的力量杀了木原数多。学园都市使用了科学天使。罗马正教的魔法被揭露，不过被教会完成的能力者开发项目掩盖起来。一方通行因为多项罪名与高达8兆日元的赔偿欠款被迫进入学园都市暗部工作。930事件篇结束。罗马正教和学园都市间的敌对关系彻底公开。
9月30日之后，万圣节之前小说:魔法禁书目录SS 神裂火织篇和史提尔SS的剧情开始。
10月3日Skill Out武装无能力者集团的领导者驹场利德在被GROUP袭击时自杀，GROUP摧毁了他们令学园都市通信网络崩溃的计划，而一方通行按照驹场利德的遗愿制裁了部分激进分子。滨面仕上成为了驹场利德的Skill Out集团的新领导者。由于上条当麻、艾扎力、一方通行的介入，学园都市交给他的暗杀御坂美玲的任务失败了。滨面在之后成为了暗部的杂兵。服部半藏决定接任滨面的首领之位。以瓦希莉莎为代表的俄罗斯成教访问伦敦，与英国清教举行了会议，讨论即将爆发的学园都市和罗马正教的战争。
10月4日美山写影预知的火灾发生，白井黑子从火海中救出了美山的狗。美山无法继续预知事故。10月第一周由于C文书的影响，世界各地爆发了抗议活动。这是神之右席将俄罗斯成教拉拢到自己阵营的一种手段。
10月第一个星期五滨面仕上开始承担Item的下级工作.小郭与服部半藏战斗，想要复兴伊贺忍者。
10月7日C文书篇开始。学园都市举行了迎击武器展,并邀请了相关人员的家人到场参观。
10月8日又一场暴乱发生在阿维尼翁。上条当麻接受了亲船最中的托付前往法国阿维尼翁镇压反学园都市游行。上条当麻和五和会面确定了灵装“C文书”的存在并与左方之地交战。左方之地差点说出了幻想杀手的本质。学园都市强行入侵了法国阿维尼翁来抓捕一个违反国际法的宗教团体。入侵使旧城的居民被迫撤离，并通过超音速飞机切割空气的方式（大陆切割机）摧毁了那里的大部分建筑物，包括教皇厅宫殿，之后空投了一方通行。C文书篇结束。俄罗斯成教与罗马正教结盟。
10月9日暗部大战篇开始。因为学园都市将驱动铠部队调往法国导致内部防御空虚，学园都市之中的反亚雷斯塔势力开始行动。SCHOOL的领队，第二位垣根帝督因为获得了“超微粒物理干涉用吸附式操作器镊子”的情报，同时不满于自己的地位决心夺取第一位的位置，为此他通过名为“人才派遣”的中间人雇佣了第二个狙击手代替试图以狙杀统括理事会成员的方式造成混乱。从冥土追魂处获得电极图纸之后的一方通行挫败了他的野心。艾扎力调查了人才派遣的公寓遭受到了暗部组织BLOCK的袭击，他用魔法伪装成BLOCK的干部，了解到了BLOCK决定从另一边颠覆学园都市的阴谋。为了报意气之仇、由第四位带领的ITEM和试图平叛的亚雷斯塔的直属小队MEMBER也被卷入混乱之中。多方势力为了自己的欲望在学园都市各地角逐，出现了严重的伤亡。其中背叛ITEM的芙兰达被麦野腰斩，MEMBER近乎全灭，BLOCK调集而来用来颠覆学园都市的佣兵被艾扎力所引诱而来的“六枚羽”歼灭了大部分。而滨面仕上为了保护泷壶理后同麦野沉利正面交战成为第二个“以Level 0之躯击败Level 5之人”。持有镊子的垣根帝督在准备击杀初春饰利被一方通行阻止后直接与对方交战。他往自己制造的矢量导入了新世界的异常法则意图对抗一方通行失败。后因刺激一方通行被黑翼攻击得不成人形。SCHOOL退场。最后之作拯救了陷入疯狂的一方通行。GROUP调查到了名为Dragon的情报。暗部大战篇结束。
10月上旬“C文书”事件后，后方之水在梵蒂冈圣彼得大教堂杀死了利用无辜孩童和游客调整“光之处刑”的左方之地。之后后方之水同时向英国清教与学院都市高层寄出战书，并在发给英国清教的战书中附上了左方之地尸体的上半部分。
10月中旬某日后方之水篇开始。英国清教派遣原天草式十字凄教成员前往学园都市，保护近期可能遇袭的上条当麻。为拔除“造成世界祸乱的元凶”——上条当麻的右手，后方之水入侵学园都市，在第二十二学区地下街将正在散步中的上条当麻打成重伤，并限定上条当麻于一天之内切除右手并交给他。上条当麻被送往第二十二学区的医院。随后后方之水歼灭学园都市的无人装甲部队，与原天草式十字凄教成员发生激战。神裂火织出现在学园都市第二十二学区地下街，参与了与后方之水的战斗。重伤的上条当麻苏醒后，从医院中溜出，徒步前往发生激战的战场。中途遇上了来此地泡澡的御坂美琴，他谢绝了美琴的援助。在上条当麻与原天草式成员的共同努力下，后方之水被“圣人崩坏”术式击败，丧失圣母体质。在梵蒂冈圣彼得大教堂内，右方之火与罗马教皇发生矛盾，右方之火击败并重伤罗马教皇，成为罗马正教实质上的支配者。后方之水篇结束。
10月的第二个星期五遍布世界各国学园都市协力机关的御坂妹妹们集体出动攻打各国研究原石的机构。为了震慑学园都市，欧雷尔斯单枪匹马进入学园都市利用术式北欧王座打败了学园都市第七位也是世界上最大的原石削板军霸。御坂旅挂警告亚雷斯塔不允许利用他的女儿。
10月中旬某日英法海底隧道因不明原因发生爆炸，对交通运输造成严重影响，英法外交关系恶化。
10月17日不列颠万圣节篇开始。暗部逃亡篇开始。丧失圣母体质的后方之水会见了过去救助过的占星施术旅团老人，从他那里获得了根据圣乔治的传说打造的屠龙刀“阿斯卡隆”。英国清教发出“禁书目录召集令”，将茵蒂克丝召回英国协助调查欧陆隧道爆炸事件，上条当麻作为禁书目录管理人陪同前往。二人被土御门元春麻醉后送往机场登机。在上条当麻和茵蒂克丝乘坐的飞往英国的航班上，两名法国恐怖分子认为隧道爆炸事件是英国单方面所为，企图劫机来报复英国。中途被茵蒂克丝发现而准备将其灭口，后被上条当麻察觉。在史提尔·马格努斯的支援下上条当麻制服了所有恐怖分子。上条当麻和茵蒂克丝抵达英国伦敦，在白金汉宫内与英国王室等人参与商讨会议。上条当麻在欧莉安娜的协助下和原天草式成员在伦敦追击运送不明物品的魔法结社——新生之光。茵蒂克丝和二公主凯莉莎等人前往多佛港调查欧陆隧道爆炸情况。
暗部脱逃篇开始了。一方通行等GROUP成员前往镇压叛乱的暗部迎电部队。由于艾扎力的失手，迎电部队部分残党逃走并劫持了第三学区的沙龙包厢。一方通行前往追击残党，中途救助了一位被战斗波及受伤的孕妇。滨面仕上准备和绢旗最爱一起庆祝泷壶理后的出院，但接到了追击“迎电部队”残党的工作委托。在驾驶途中遭到了原因不明的“六翼”直升机的攻击，之后与绢旗最爱失散。从心理定规那里得知和泷壶理后约定前往的第三学区沙龙包厢被“迎电部队”劫持，决定单枪匹马进入大楼营救泷壶理后。绢旗最爱遭受想要为砂皿致密复仇的史蒂芬妮·葛洁帕雷斯的袭击，陷入苦战。一方通行进入大楼肃清迎电部队残党时，与潮岸的手下杉谷相遇。后与误会其要加害于泷壶的滨面仕上狭路相逢，二人有短暂交手，一方通行评价他为“好样的恶党”。滨面仕上被亚雷斯塔认定为“计划”的不确定因素，在带着泷壶理后逃出来后遭到了学园都市的全力追杀。学园都市先后派出了武装部队和改造后的麦野沈利追杀滨面仕上。滨面仕上在第二十三学区的战斗机实验场第二次击败麦野沈利。之后在绢旗最爱的指示下夺取此处的超音速战斗机并起飞，带着泷壶理后逃离学园都市。一方通行为了获取Dragon的真实情报，在被救助孕妇的男友帮助下，乘车前往亲船最中的住所，准备请求她来帮助对付潮岸。亲船最中最后答应了一方通行的要求，和Group的成员一起入侵第二学区潮岸所在的地下避难所。艾扎力通过易容术伪装成亲船最中，刺杀潮岸。却在此处遭遇前来追杀他的魔法结社有翼者归来的同伴，通过与原典再次融合的方式击败了自己的前上司提克帕托，救下了原同伴妥琪特莉。一方通行击败了潮岸的手下杉谷后，在此遭遇Dragon的真面目——守护天使艾华斯。一方通行使用黑翼却仍被艾华斯一击打成重伤。艾华斯告诉一方通行最后之作无法避免死亡的命运，除非一方通行前往俄罗斯寻找到“另一个世界的法则”。为了拯救最后之作的生命，一方通行半夜溜回黄泉川爱穗家中带走最后之作，带着最后之作登上开往俄罗斯的货运列车。暗部脱逃篇结束。
10月18日午夜零时，得到了新生之光所运送的卡提那一世的第二王女凯莉莎与骑士派发动政变，劫持了禁书目录，准备杀死王室派其他成员。前来阻止政变的神裂火织被骑士团长击败。上条当麻将被击伤的蕾莎托付给欧莉安娜后，只身潜入列车前往福克斯通营救茵蒂克丝，之后遭遇手持卡提那一世的凯莉莎，并被其强大的力量压制。右方之火趁英国叛乱之际盗走了被王室派所拥有的茵蒂克丝自动书记控制灵装。在第三王女薇莉安即将被处决之时，后方之水突然出现救下了薇莉安。让薇莉安逃走后，自己独自一人迎战骑士团长并将其击败，使天使之力的总量发生了变化。然后救下了被凯莉莎与骑士派所围困的上条当麻和茵蒂克丝。为防止卡提那一世失控，凯莉莎返回白金汉宫，将重点放在清除清教派的残余势力上。上条当麻获救后与天草式众人会合，回到伦敦后与茵蒂克丝等人一同潜入白金汉宫附近的地铁车站，意图控制卡提那失控时所用的特殊车厢，经由地铁强制干扰卡提那一世的力量。由于骑士团长被击败以及卡提那一世的失控，骑士派的人心开始动摇，凯莉莎解决了周围发生动摇的骑士。此时上条当麻等众人开始朝白金汉宫前进。众人开始围攻只剩凯莉莎一人据守的白金汉宫。一直隐藏行踪的第一王女莉梅亚发表了全国广播的讲话，指出了凯莉莎发动政变的真实目的。后方之水破坏了凯莉莎用于指令军舰发射导弹的通信基站。后方之水，神裂火织，骑士团长三位圣人级魔法师一起与凯莉莎交战。最后英国女王伊丽莎现身战场，使用大英博物馆保存的英国国旗发动术式“联合的意义Union Jack”，将卡提那的力量开始分散到了所有英国人民手中，人们纷纷前往白金汉宫参加战斗。完成术式解析的茵蒂克丝使用强制咏唱夺取了卡提那一世的控制权，上条当麻抓住机会再后方之水的助力下飞身一拳破坏卡提那一世并击败凯莉莎，英国政变宣告结束。右方之火突然出现在被击倒在地的凯莉莎面前，准备袭击她时被上条当麻阻止。右方之火使用控制灵装使茵蒂克丝承受了巨大的负荷之后消失。上条当麻为了拯救茵蒂克丝，决定前往俄罗斯对抗右方之火。与罗马正教勾结的俄罗斯成教司教尼古拉·托尔斯泰打算将莎夏·克洛伊洁芙交出去。莎夏的上司瓦希莉莎让莎夏独自一人逃走，自己一人留下与俄罗斯成教“歼灭白书”部队战斗。逃跑中的莎夏遇到了前来解救她的前方之风，二人一起逃往临近俄罗斯的伊利沙里纳独立国同盟。不列颠万圣节篇结束。
10月19日俄罗斯向学园都市宣战，第三次世界大战爆发。上条当麻、一方通行、滨面仕上三位主角同时分别踏上前往战场中心俄罗斯的道路。第三次世界大战中上条当麻再次与蕾莎相遇并遭受了对方的色诱袭击。二人一路相伴前往了伊利沙里纳同盟。前方之风利用亚得里亚海女王术式袭击右方之火失败。一方通行抢走了与魔法有关的羊皮纸，开始接触相应的法则。在之后，他的内心被袭击而来的番外个体通过行为和语言摧残，以展开黑翼的姿态同上条当麻战斗并被打倒。滨面仕上和俄罗斯人保卫自己的小镇。右方之火的伯利恒计划逐步推进，伯利恒之星升空。上条当麻登上伯利恒之星对峙右方之火，一方通行同风斩冰华对抗神之力，滨面仕上同第三次袭来的麦野沉利周旋。上条当麻打倒了右方之火，成功破坏了茵蒂克丝的远程灵装。史提尔·马格努斯在此之前一直成功拖延住进入自动书记模式的茵蒂克丝的行动。一方通行心灵得到了完全的蜕变背后的黑色之翼化为白色之翼，一方通行抵抗住了足以破坏大陆的攻击。滨面仕上通过提及过往的方式激起了麦野沉利对Item的回忆，二人摒弃前嫌重新成为新生Item的成员。滨面、泷壶、麦野配合解决了学园都市的追兵，滨面通过拷问的方式获取了有关素养判定的情报。
10月30日第三次世界大战结束。上条当麻坠入北冰洋，十字教三大势力未能在北冰洋2℃的海中发现生还者。欧雷尔斯拯救了濒死的右方之火。英国清教确定了亚雷斯塔·克劳利的存在11月一种神秘的力量出现在了上里翔流的右手之中，上里翔流在此情况作为基础上与各**孩发生联系，后来这些女孩成为了“上里势力”的一员。
11月5日新入生篇开始。黑夜海鸟等人率领“新生”想经由袭击芙蕾米娅·塞维伦来诱使滨面仕上和一方通行的联手，煽动学园都市高层将他们定位为“无法估量的膨胀势力”，并以此作为借口消灭他们。在雷维尼亚·巴德薇和她的结社的帮助下，上条当麻再次回归成为主角并在最关键时刻救场。新入生篇结束。上条当麻、一方通行、滨面仕上合作阻止了由科学魔法并行的魔法结社，格雷姆林制造的无线电气象要塞的飞行。
11月10日夏威夷篇开始。以巴德薇为领袖的黎明晨光、在第三次世界大战之后倍感危机以总统罗伯特·卡崔为首的美国、使用魔法师和三叉戟与美国传媒大王合作的格雷姆林三方势力在夏威夷交锋。上条当麻等人起到了拨乱反正的作用，挫败了格雷姆林的阴谋。世界各地与学园都市合作的二十七家机关在本次事件后对学园都市干涉他国内政的行为产生了较强的怀疑，因此决心独立出来成为一个联盟。夏威夷篇结束。
11月13日天择者混战篇开始。在巴格吉城，由原学园都市合作二十七机关组成的联盟科学守卫者举办的天择者格斗大赛吸引了无数的奇人异士前往。而上条当麻被既是木原又是魔法师的原学园都市研究者现格雷姆林成员木原加群引导前往巴格吉城。学园都市投放了三名木原用于镇压巴格吉城。木原加群不顾一切向使用了未元物质的同族木原病理复仇，最后自己与仇人一道身死道消。格雷姆林派来的魔法师和木原们各有损伤。最年幼、由于毫无个人风格导致需要学习其他木原资料的小女孩木原圆周调取了未曾谋面的上条当麻的资料。格雷姆林的领导者，作为以人之身穷尽魔法之能的魔神欧提努斯出现，捏碎了上条当麻的右手与“里面的力量”。欧雷尔斯出场救下上条一命。在学园都市的暴力镇压下，科学守卫者最后还是屈服于学园都市。天择者混战篇结束。
11月中旬一端览祭篇开始了。上条当麻和格雷姆林的"战斗代理人"魔法师托尔利用了木原加群在学园都市留下的后手，突破了没有窗口的大楼，并救出了芙罗兰·克洛伊杜尼。学园都市进入了一级警报状态。上条透过跟踪撤离的格雷姆林魔法师玛莉安·史琳格奈亚，找出了追击玛莉安的雷维尼亚·巴德薇。本打算透过刻意战败，将写入学生手册的假情报传递给对方，却因为警备员的介入，侧腹被实弹打穿而陷入生死交关的窘境。不过，诱饵情报成功传达，成功将欧雷尔斯阵营跟格雷姆林隔开。一端览祭开幕日，从医院溜出来后上条在第七学区·多层天桥找到了芙罗兰·克洛伊杜尼，却因为失血过多而晕倒，好在以向格雷姆林复仇为目的灰姑娘为他紧急止血并输入生理盐水后恢复了精力 。欠下他人情的灰姑娘制作出最后之作脑的“赝品”给芙罗兰，最后中止了芙罗兰捕食最后之作脑的“机能”。当巴德薇被上条击破之后，欧雷尔斯一行人退出战斗。一端览祭篇结束。人力资源计划篇开始了。发明出浓淡电脑的松定博士试图违规离开学园都市被警备员逮捕。上条当麻被土御门骗入学舍之园，所幸得到食蜂操祈搭救全身而退。与此同时，土御门在整个学园都市范围猎杀与自己的义妹之死有关的人物——通过拷问学园都市统括理事会成员药味久子他得出结论前去攻击另一位理事贝积继敏你知道的太多了，并利用术式打败了迎击的云川芹亚，恰好赶来的上条得知了事情的全部。药味久子的人力资源计划稳步展开，她派出了恋查028试图杀死芙蕾米娅·塞维伦，从而引发全学园都市拥有足够力量改变“上面的计划”的英雄们的暴乱，进而让英雄们自相残杀。但是她的计划被上条当麻暂时挫败。学园都市的七名超能力者全体出动镇压暴乱，各自想法不同的超能力者们协同起来抵抗了大量的“英雄”。垣根帝督独角仙-05和上条当麻对抗恋查029。人力资源计划失败。木原唯一因为恣睢行事受到了木原脑干的批评。人力资源计划篇结束。
11月下旬某科学的心理掌握的故事开始——两天之后，魔神欧提努斯将会彻底掌握主神之枪。魔神欧提努斯篇开始。世界各大政治体的领袖秘密于纽约会面，探寻解决格雷姆林组织造成的问题的解决方法，促成了反格雷姆林联盟的结合。格雷姆林进攻东京，因为日本政府的无能，反格雷姆林联盟和学园都市决定各自迎击来袭的格雷姆林成员们。上条等人对抗了一些魔法师。欧提努斯在最后一刻完成了主神之枪，整个世界被擦除，只留下上条当麻与欧提努斯。欧提努斯担心幻想杀手会给自己造成麻烦，所以暂时没有杀死上条当麻，而是通过使用主神之枪的伟力让上条当麻在无数个世界之中轮回，进而以“没有上条当麻的、绝对完美的世界”逼迫上条当麻自杀。在被连续击杀10000次之后，上条当麻与欧提努斯达成了相互理解的关系。为了让世界还归原样，欧提努斯放弃了主神之枪，进而受到妖精化的影响无法动用魔神的能力。上条当麻决心为了一个少女的笑容，对抗60亿人类。在欧提努斯运用最后一点力量把自己和上条带往丹麦之后，全世界范围内针对上条当麻与欧提努斯的追捕开始了。学园都市一方面向七位超能力者下达了针对一人一神的暗杀委托，同时也动用了SSTO-S5机关与Five_Over。美国政府动用了军队，而十字教方面则直接派出魔法师进行追杀。反对欧提努斯的欧雷尔斯势力也有人动身前往丹麦。击溃了由木原唯一暗中操纵袭来的一方通行、对抗罗马正教汇集20亿信徒权能的术式、解决了俄罗斯成教的七宗罪术式、打败了追杀而来的黑侏儒玛丽安之后，上条当麻被美国士兵抓获。在与美国总统罗伯特·卡崔的对话中上条当麻通过言语让对方进入了深沉的思考，并逃得一命继续前进。被用来追杀上条当麻的Five_Over被御坂美琴解决，御坂美琴和上条当麻在雪原上大战一场，最后上条当麻用自己的意志克服了困难同时向御坂表明了自己的决心得以继续前进。与茵蒂克丝合作的雷维尼亚·巴德薇用出了仿冒的主神之枪，但随后分别被上条当麻击溃。接下来上条当麻在欧雷尔斯一方的西维娅和女武神手上受到了严重伤害，被欧雷尔斯亲手救下。欧雷尔斯和欧提努斯之间曾有一段非同寻常的关系。在之后上条当麻拖着残破的身体打败了全能模式的托尔。欧提努斯拒绝了自己被拯救的这个事实，动用最后的力量与上条当麻大战——而后，力竭在上条当麻的怀中化为满天星光。当上条当麻再次醒来时，他发现欧提努斯的“残渣”化为了一个15cm的少女守候在自己身边。世界各大政治体一致决定判处欧提努斯“目睹人类的幸福”作为刑罚。亚雷斯塔趁机将魔神们所处的相位的坐标以科学的方式表现出来，只身前往单挑诸多魔神，最后全身被烧伤三分之一回到现世。魔神欧提努斯篇结束。
11月下旬晚期心理掌握篇开始。食蜂操祈于回忆自己同上条当麻之间一年半之前的过往之时察觉到了某些错误，进而怀疑自己的记忆是否出错。历经诸多周折之后，她确定自己和上条当麻的回忆是真实的。为了调查，食蜂操祈在肆意调用派阀成员之后前往第二十一学区的人工湖。在那里她遇见了与自己能力相同的蜜蚁爱愉，二者爆发争斗。食蜂操祈本以为蜜蚁爱愉为了无谓的超能力排名与自己对抗，却没想到使用了磁控显示器、Five-Over_Mental Out.OS的对方是为了争夺上条当麻而来。蜜蚁爱愉背后的势力意图将食蜂操祈制作成3000种心理掌握能力的输出端口。在即将失去神志之时，食蜂操祈目睹上条当麻的到来，并希望上条能够拯救蜜蚁。木原脑干针对学园都市内部拒绝与理事会合流的科学家们的暗杀行动宣告结束。自此，一共有72名不合作分子被木原脑干彻底歼灭，木原脑干宣称科学与魔法的大战即将开始。
12月理想放逐的力量显现于上里翔流的右手。12月1日圣日耳曼篇开始了。第六位在全学园都市的范围内散发自己的学生证，大量无关人员可以把自己的头像贴在第六位的学生证上证明自己是第六位，芙兰达的朋友加纳神华就这么做了。他决定进入朋友提到的，位于第十五学区的百货大楼钻石天井。上条当麻为了给欧提努斯购买新的人偶屋进入了钻石天井，而Item的成员们也聚集于此。名为圣日耳曼，自称超过魔神的魔法师在暗中行动，封锁了钻石天井。圣日耳曼以安妮之盾为媒介诱惑加纳神华并与其一道行动。后他的诡计和所用魔法被茵蒂克丝看破，被决心夺回自己和朋友尊严的加纳神华彻底击败。加纳神华看到了芙兰达准备给每个朋友的礼物。魔神即身佛僧正、哭泣之女神奈芙蒂斯、尸解仙娘娘通过无限等分自己力量而现世。亚雷斯塔揭晓了他之前孤身前往隐世的目的是为了在诸多魔神体内打入对应的参数以起到削弱魔神的效果。魔神僵尸被杀。圣日耳曼篇结束。
12月3日魔神僧正篇开始了。上条当麻收到了意味不明的暧昧信件，正以为自己走桃花运时在学校天台与魔神僧正正面对峙。僧正要求上条当麻成为魔神们的仲裁者执掌第七道，为此可以赋予上条当麻强大的力量实现自己的欲望。上条当麻拒绝了僧正的提议，并被僧正追杀。上条利用AcroBike顺便带走了御坂美琴。上条御坂二人在学园都市游走，与此同时秋川未绘正保护着液体钻石不受他人侵害。为了帮助上条当麻，右方之火再次登场，随后被僧正击飞。御坂被僧正锋利的言辞而受到心灵上的伤害，而她凭借聪明才智动用质量加速器将僧正送往高空直击阿洛海德彗星。在此情况下的僧正仍然未死，被木原脑干利用A.A.A.补刀。僧正死亡。但木原脑干与亚雷斯塔的交谈中双方都惊愕地发现有另外的人清理了全体魔神。名为上里翔流的、拥有理想放逐World Rejecter力量的少年放逐了娘娘，而奈芙蒂斯逃得一命、魔神僧正篇结束。
理想放逐篇开始了。自认你知道的太多了失败而气急败坏的上里翔流于夜晚之中准备向上条当麻开战，却被“红与黑的怪物”所阻拦。二人分别带走了怪物之中隐藏的雷维尼亚·芭德薇、派翠西亚·巴德薇。为了拯救被修格斯样本附身的妹妹，雷维尼亚使用了危险的魔法化身成为了“红”之怪物。奈芙蒂斯舍弃生命拯救了派翠西亚，而上条当麻和上里翔流之间因奥帝努斯和右手之中不同力量产生的分歧愈发明显，双方在夜空之下互殴，上条当麻本被击溃，但随即“里面的力量”跃动而出打败了上里翔流。上里翔流被木原脑干猎杀，但他指出了修格斯样本正是未元物质的变体，并用警棍把脑干打的濒死。木原唯一发誓为老师复仇，理想放逐篇结束。
12月4日去鸣篇开始了。木原唯一利用磁控显示器将自己伪装成化生院明日香，隐藏在上里翔流身边准备复仇。因为僧正对某高中造成的破坏，上条当麻被迫转向另一所中学甚至与上里翔流成为同学。被称作“屠戮者”的去鸣来到学园都市，接连挑衅了滨面仕上、御坂美琴。御坂的心又一次被伤害。木原唯一在木原圆周的帮助下获取了木原脑干的思维方式。
12月5日注意到御坂的异样上条当麻从上里翔流处得知去鸣的存在。他准备配合上里把她引诱出来，却在关键时刻被上里背叛，并被整个上里势力追杀。挑衅一方通行成功的去鸣一路逃窜和上条一起逃出生天。在寻找材料来修复去鸣的身体时，他们了解到他的同学计划使用焚烧炉来丢掉他们的东西。秋川未绘发觉了假化生院明日香的不对之处，担心正体被人送进了焚烧炉，并向上条等人求助。——但实则无此事发生，上条当麻和去鸣自认被上里翔流将军进而责问对方之时，上里翔流却表示自己不知道什么“学生会长”。木原唯一切下了上里翔流的右手，利用弱毒性圣日耳曼病毒改变自己的大脑并用修格斯样本缝合伤口，成功掌握了理想放逐。持有理想放逐的木原唯一开始追杀去鸣和上条当麻。为了保护上条当麻御坂被击飞，意外进入木原脑干存放对魔术式用驱动铠的仓库。御坂和A.A.A.同步，击退了唯一。这种接触被亚雷斯塔视为威胁，他决定离开他的安全地带主动征伐。上里翔流失去了右手之后反而确认了身边少女们的真心实意，作为大将决心夺回自己的右手。亚雷斯塔抑制住了发狂的木原唯一并亲口陈述御坂美琴比起她的复制体毫无作用现在成为了计划的威胁等同上里翔流，远在万里之外的萝拉·斯图亚特则确定了某些东西。12月5日至12月7日的某个时间点木原唯一在学园都市中释放了名为Element的怪物。为了保护学园都市，乌丸府兰利用微波制造了55°C的热浪——这让学园都市的人们被迫躲起来亦或是为了生存拼命获取资源。
12月6日上条当麻在上学的路上遇见了蓝发耳环，并得知大家已经从上里造成的错觉之中醒悟。去鸣篇结束。12月7日Element篇开始了。在大热浪中，上条当麻和同学们多次执行任务找到了水。为了保持在新学校的地位，他们还接受了去第七学区寻找净化泳池里面的水的微生物的任务。
12月8日在凌晨，上条等人前往对应地点寻找微生物，被Element攻击，上条当麻被穿着A.A.A.的御坂美琴所救。御坂美琴将上条带往常盘台中学接受治疗，复原之后的上条参与对水晶塔的攻击行动，而木原唯一带领Element袭击了学舍之园，留守的食蜂操祈受伤。上里势力救走了上条当麻。
12月9日上条略微复元后，上里势力攻向木原唯一所隐藏的没有窗户的大楼。在最后的冲突中，木原唯一利用埋在没有窗户的大楼的底部的火箭引擎逼迫上里翔流使用理想放逐，上里翔流把上里势力托付给上条当麻之后被放逐前往新天地。为了拯救上里翔流，在木原唯一的指示下，100名少女将追杀上条当麻，至死方休。Element篇结束。上里归还篇开始了。营巢部队宣布“学园都市48小时恢复秩序”开始。在木原唯一的指示下，只身拯救上条的乌丸府兰和上条当麻被当成叛徒追杀。上里翔流亲临新天地，和全体魔神们再会。差点成为魔神玩乐对象的上里翔流被娘娘和奈芙蒂斯拯救。Element被歼灭的学园都市之中秩序正在缓慢重建，灾难之中的不同聚落点使用了名为Sphere的装置进行SNS式的信息交换。府兰和上条得到了丰山硫华和御坂美琴的帮助以便拯救上里。在调查第11学区有关A.A.A.的地点时御坂受到了亚雷斯塔的诅咒。
12月10日在把御坂送入冥土追魂的医院后，上条等人继续行动：他们决定在营巢部队驻扎之处实施延迟爆炸以调开对方的大部队并接触A.A.A.的核心。上里势力也将营巢部队视为了眼中钉。在战斗中乌丸府兰的间谍与魔法师身份暴露。离开第二十一学区后，乌丸府兰和丰山硫华成功地救出了上里翔流，上里翔流再度拿回理想放逐，木原唯一生死不明。魔神们仍然在新天地之中无止境地争斗。
12月11日营巢部队宣布“学园都市48小时恢复秩序”结束，大量的市民回到家中。亚雷斯塔决定亲自出动捕捉府兰，试图通过各种方式获得情报。但他被土御门元春连开多枪，土御门称其并未在大热浪之中保护土御门舞夏，在确信亚雷斯塔未死的情况下，土御门和府兰决定成为同盟，计划寻找上条当麻以避免亚雷斯塔的报复打击。上里归还篇结束。亚雷斯塔篇开始了。上条当麻决定帮土御门和府兰逃出学园都市，但正在过程当中土御门舞夏被亚雷斯塔名为“业Karma”的诅咒击中。为了拯救舞夏，上条等人回到没有窗户的大楼。在没有窗户的大楼中，上条当麻受到名为米娜·马瑟斯——在历史上的近代西洋魔法结社黄金黎明曾留下写意一笔的女性，而真实身份是阅读式透特78原典——的指导，一路沿着历史长河感受亚雷斯塔的人生，体验同等的悲欢离合。与此同时，御坂美琴在食蜂操祈的帮助下重新分析了A.A.A.。确认了这套装置连接向没有窗户的大楼之后，想要在上条当麻的记忆里留下一笔的食蜂操祈同御坂美琴合作，发出了液体被覆超电磁炮Liquid Proof Railgun做到了第一位控制地转偏向力都做不到的事——击穿没有窗户的大楼。上条当麻直面亚雷斯塔，亚雷斯塔召唤了艾华斯以毁灭全部相位，但在上条的意志、御坂食蜂组成的一人少女攻击、米娜·马瑟斯对上条的援助下，艾华斯消失，“业Karma”也完全崩溃。最后时刻，亚雷斯塔被亲自领兵入侵学园都市的劳拉·斯图亚特利用达摩克利斯之剑袭击。劳拉称自己的真实身份是大恶魔科隆尊，并占据了亚雷斯塔第二个女儿的身体。劳拉自称将彻底掌控学园都市，但随即收到了通知英国受到了大量不明生物的袭击——这些生物都是亚雷斯塔十亿三千万种可能性之一。亚雷斯塔拯救了从大楼坠落而下的上条当麻。亚雷斯塔篇结束。演算战斗服篇开始了。亚雷斯塔将没有窗户的大楼发射往外太空以延缓科隆尊的行动。阻挡科隆尊的米娜·马瑟斯被艾华斯所解放回到了学园都市，艾华斯同时通过AIM扩散力场将莉莉丝的本质送往学园都市。为了夺取学园都市，科隆尊将乌丸府兰制成了第二个灵媒——命名为A.O.弗兰西斯卡——试图通过她来夺取学园都市的书库Bank，A.O.弗兰西斯卡使用了演算战斗服。为了制造诱饵，她给滨面仕上也穿上这套战斗服，并使用了拟态捕食者来进行攻击。滨面在受到警备员及A.O.弗兰西斯卡的追捕的情况下捡到并保护了莉莉丝，最后在Item成员的帮助下把莉莉丝送往冥土追魂的医院。米娜·马瑟斯击败了追捕A.O.弗兰西斯卡的一方通行。
12月12日上条当麻和亚雷斯塔加入了与A.O.弗兰西斯卡的战斗之中。科隆尊本想利用茵蒂克丝的自动书记模式，但米娜通过魔导书阻止了科隆尊的行为。艾华斯发布神谕之后，亚雷斯塔歼灭了拟态捕食者并以极其精妙的手段剥离了乌丸府兰。在战斗之后，一方通行发现了银发少女亚雷斯塔即是统括理事会理事长，决定杀掉亚雷斯塔，但上条当麻阻拦了他。在大热浪中失去能够牵制学园都市高层的素养判定之后，为了保护自己和身边人的滨面也切入了冲突中心决心向亚雷斯塔献上忠诚，三位英雄将前往英国。科隆尊打败了艾华斯并把没有窗户的大楼送往外太空后，但艾华斯其实是假装失败以把科隆尊拖往新天地。在被魔神肆意玩弄之后，科隆尊带着奈芙蒂斯和娘娘回到了学园都市——这时学园都市已经被亚雷斯塔上传的病毒导致机能近乎完全停止。亚雷斯塔把科隆尊踩在地上，狠狠宣战。演算战斗服篇结束。
科隆尊篇开始了。亚雷斯塔以学园都市完全停摆为代价，制造出了驱魔印记“西旗”，成功将大恶魔封印在学园都市，籍此争取时间，前往英国伦敦寻找科隆尊的弱点。
12月12日之后米娜保护着莉莉丝在包括埃及的几个国家之中流窜，而与此同时上条当麻和亚雷斯塔一行人渡过多佛海峡成功来到了英国。亚雷斯塔等人采用了使用不包含魔法性质的热气球飞越高空，为了解除英国的封锁结界她把上条当麻丢了下去，上条被逮捕并被送入伦敦塔。滨面仕上和泷壶理后因故自行行动，他们开着车带着娘娘和奈芙蒂斯漫游英国，同时还救下了雅妮丝部队的成员阿嘉妲修女。在伦敦塔，被奥帝努斯救出的上条当麻破坏了英国的三重四色结界，之后亚雷斯塔进入伦敦以圣人的超高速战斗方式击败了由科隆尊制造的恶魔逆源质拼图545所控制的骑士团长和神裂火织。为了阻挡亚雷斯塔，英国方面使用了名为神威混淆的灵装试图以此还原想象中的埃及，但由于大部分参与保卫英国的人并不理解这件灵装的用法导致了大部分神威混淆还没有被真正发动就被毁坏。最后一件神威混淆在骑士派领袖之一的米拉格斯·霍格莱斯的命令下，被欧莉安娜·汤姆森送往驻扎在大英图书馆的雅妮丝部队。但是，最后使用这件灵装的是奥索拉·阿奎纳。一方通行审讯了米拉格斯·霍格莱斯。战斗逐渐聚焦在了伦敦的地下。亚雷斯塔被神威混淆的力量直接击倒，剩下上条当麻直面被神威混淆武装的奥索拉。在理解了神威混淆发动的原理之后，上条当麻跟奥索拉达成了理解，破坏了神威混淆并拯救了奥索拉。抵达威斯敏斯特大教堂后，亚雷斯塔尝试在墓地里面寻找马瑟斯的尸体，以便利用他和科隆尊之间的联系。然而在确定马瑟斯的墓地之中的那具尸体并非本人之后，亚雷斯塔的面前出现了马瑟斯和其带领的、被认为本该消失在历史长河的黄金黎明的成员们。在亚雷斯塔与黄金黎明的对抗中，上条当麻和一方通行作为亚雷斯塔的教学成果选择和亚雷斯塔一起对抗黄金黎明。自称为黄金黎明成员之一、亚雷斯塔的老师阿伦·本内特的冥土追魂带着被治好的木原脑干前往驻扎在埃及的米娜身边，协助其为莉莉丝制造一具肉体。离开威斯敏斯特大教堂后，上条和亚雷斯塔等人受到黄金黎明成员的追捕。在之后众人意识到黄金黎明并非历史上的真身，而是科隆尊制造用来猎杀克劳利的塔罗牌原典。亚雷斯塔被迫使用了学园都市的科技来改变局势。在英国皇室前往苏格兰的路上，本该守护英国的马瑟斯等人决定攻击皇室以防止位于爱丁堡城堡的马瑟斯之墓受人染指。上条当麻参与了黄金黎明和皇家卫士的战斗。在亚雷斯塔结婚的教堂前马瑟斯和克劳利单打独斗，但是亚雷斯塔随着感情驱使身体之中凝结出了圣痕，亚雷斯塔使用了地脉的庞大能量擦除了全部黄金黎明的成员。远在异国的米娜·马瑟斯感受到了丈夫的逝去。亚雷斯塔找到了马瑟斯的尸体准备消除其与科隆尊之间的契约，但是科隆尊在自己所使用的灵媒方面撒了谎，灵媒的真身并不是亚雷斯塔的女儿。亚雷斯塔身受重伤，马瑟斯的尸体被焚烧。御坂美琴和食蜂操祈通过A.A.A.到来。试图阻拦科隆尊的上条当麻被对方的Magick直接抹杀，亚雷斯塔动用神子的力量将上条复原同时绕过御坂直接命令A.A.A.砍下了上条的右手。
