高一那年夏天，森岛帆高离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手，在这里，他结识了须贺先生和夏美小姐。
不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高还邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女天野阳菜。
第一次遇见是在肯德基饭店，帆高每一次在此进食时吃的都是最便宜的玉米粥，有一次仅15岁却隐瞒年龄、做着女服务员兼职工作的的阳菜偷偷送给帆高一个汉堡，这是帆高吃过的最丰盛的晚餐。可是，当阳菜的真实年龄被揭穿后，她的兼职工作被迫辞职。
父母双亡，与弟弟天野凪相依为命的阳菜不得不找一份高薪工作，为此，她一直隐瞒着自己的15岁年龄，包括帆高，她都刻意谎称着自己将接近18。
帆高第二次遇见阳菜是在大街上看见两个男人正缠着她，当时阳菜只是想找一份高薪工作，风俗店老板看上了她，一直在诱惑她来自己的店工作，帆高从阳菜的脸色上看出了她的不情愿，他本能地帮阳菜摆脱了那两个男人，带着她跑到另一个街道，但在十字路口被绕小道的另一个男人抓住了，最后两人都没走成，帆高还遭到那两个人的毒打，他为了自卫和救阳菜，掏出了之前在角落里捡到的手枪，陷入迷茫中的他开下了第一枪，差点打中，趁那两个人没反应过来，他们成功逃脱了，但帆高也因此被警察盯上，并背负上“私带手枪”的罪名，到后来甚至成为了通缉犯。
他们逃到了一座废弃大楼的顶端，从刚才到现在，天一直下着大雨，对他们而言，这场雨就像是演电影一样，用于渲染他们此刻的心情和命运，帆高遭家暴而离家出走，阳菜父母双亡，与弟弟相依为命，两个最可怜的人相遇并相爱仿佛是上帝刻意的安排，他们没有任何力量来反抗现实和命运，其最终结果很可能是BE，所谓悲剧就是把美好的东西毁灭给人看，以BE来阐述一种深刻的道理，背后却充满深沉的哀叹和迷惘。
“等等就会放晴了喔。”
阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道，仿佛雨水原来，阳菜拥有改变天气的奇妙能力，她和帆高也交上了朋友，此后帆高和阳菜一直取得密切的联系，他们的这份友情逐渐发展为了爱情。
帆高在发现了阳菜身上的超能力后，生活拮据的他们为了赚钱，阳菜开始做起了“100%晴女”的工作，仅仅一次祈祷就能让连下大雨的东京瞬间晴朗起来，这种能力她用了许多次，因为晴天使大家开心，满足了客户的欲望，他们的生活也渐渐好转起来，阳菜是货真价实的晴女！
自从一年前，阳菜便于这个天空连接在了一起。
这背后却隐藏着一个令人冰冷的残酷秘密，阳菜每使用一次超能力都只能使天气暂时恢复晴朗，而且每使用一次她的身体就会变得更加透明，而且使用太多会导致天气的负面效应使天气不断下雨。
因为阳菜利用晴天来赚钱，不得不使用很多次天气之力，使她的身体越来越透明，在严重的情况下，天气会变得出奇的恶劣，必须献祭阳菜，才能彻底换来东京的晴朗。
但阳菜一直都没有告诉帆高真相。
更糟糕的是，帆高“私藏手枪”“离家出走”的事迹被传到了警局，他的父母也贴上了寻人启事，警察正在到处寻找他。
……
这不，直接找到了阳菜的家里来了，阳菜知道发生在帆高身上的事情，为了隐藏帆高，她刻意对警察说了谎，警察又扯到她和凪两个孩童在没有监护人的情况下单独生活是有问题的，应该被送到咨询所抚养。
“可是！”阳菜大声说：“我们没有给任何人带来麻烦！”
警察暂时离开了，帆高和阳菜得知明天警察会和儿童咨询所的人再来一趟，不仅是帆高遇到了危机，阳菜姐弟也面临问题，他们的心一团糟。
“怎么办，我们要分开了！”帆高衣兜里的手机突然阵阵作响，掏出来一看，发件人是雇佣他工作的须贺先生。
“帆高，不得了了，警察……”
须贺先生的车就停在外面，他把退职金给了帆高，建议帆高赶快回去。
“你明天回家吧，这样的话，一切都会回到原来的轨道，挺简单的，搭上渡轮就行了。”须贺先生掏出钱包，用手数着钞票。
“对所有人来说，都是最好的。”他往帆高手里塞了几张一万日元的钞票，然后看向帆高的脸，帆高露出惨兮兮的表情，快哭出来了吧，须贺从刚才起就一直没有喊他的名字。
“变成大人吧，少年！”
……
帆高打开公寓的门，房间里一片狼藉，阳菜姐弟俩正往背包里塞行李，阳菜仍盯着手中的活，说道：
“这里已经待不下去了。”
“可是，你们要住哪里。”
“不知道，可是……”
“哪里都可以！”凪爽快地说：“只要和姐姐在一起就行！”
阳菜怜爱地瞄了他一眼，目光又落在手头上，对帆高说：
“帆高，你还是在被送去教育前返回老家吧，毕竟你还有地方可回。”
连阳菜也说出了和须贺先生一样的话，接着，他又向帆高咧了咧嘴，露出像是在安慰小孩子般的笑容说：
“我们会没事的！”
帆高沉默了半天，混乱的心思还是清晰了：“不！我不回去！”
姐弟俩停住手，望着帆高，帆高想起还有自己该做的事情，他的腿脚停止了颤抖，他要守护这两个人。
“一起逃吧！”帆高使劲呼出气喊道。
当天到了傍晚，雨越下越大，入夜后更是异常猛烈，大楼底下一截被烟雨遮掩，顶上一截隐没在浓雾中，中间像是漂浮着的一大块废墟，仿佛是天空的水龙头坏了，雨水像河水一般川流不息，冲洒着这个城市。每个电台都在播送气象信息，八月竟然出现了寒潮，东京市内的气温跌至十摄氏度以下，以及巨大的气旋，反季节的气温甚至已经能危害体弱者的健康，还要拿出外套。
“目前的异常天气在今后数星期内仍将继续！”
“这种极为危险的异常气象可谓史无前例。”
帆高陷入忧虑之中，白天他转述了气象神社的神主说的话：“天气巫女是人柱。”这便是这场大雨的起因，帆高回想起了阳菜说的话，自从那以后，阳菜便与这个天空连接了。
他们曾尝试坐地铁，但所有的地铁因为这场大雨全停了，帆高等人不得不回到街上，找一个酒店度一晚。
“你们几个，等一下！”两名穿制服的警官抓住了帆高、阳菜和凪三人，此时他们正在闹市区。
“这种时间怎么只有几个孩子在外面晃荡，很危险啊！”
阳菜不得不撒谎说：“我们就要回家了，我是大学生，他们是我的弟弟！”
“你是姐姐啊，请出示你的学生证！”
“我现在没带着。”阳菜刚说完，一名警官就和帆高对上视线。
“你是高中生吗，背这么大的包？”警官打量着帆高：“可以把帽子掀开一点吗？”
帆高二话不说，冲了出去，但背着沉重背包的他一下子就被交警抓住了。
“妨碍公务！”传来一声怒吼的同时，阳菜也冲过来，奋力推开了警官，警官冒出了怒火，举起了警棍，阳菜迅速交叉双手，叫道：“拜托了！”
紧接着，伴随一声震耳欲聋的轰鸣，一道闪电击中了远处的货车，货车被冲击得飞起，下一瞬间，货车发生爆炸，这吸引了警官的注意，他们仨暂时摆脱了警察的追捕。
……
在一栋豪华的别墅中。
“你说，这到底是怎么回事？”少年问道。
“盛夏落雪……连着几周降雨……流动的天空鱼……对流层上的生态系统，今天是不是有点太邪乎了？”
“确实有点，会不会这天气跟那个神话有关啊？”
“你当是拍电影呐，这么巧呢！现实和电影的区别大得无法想象。”
“说的也是，但万一真的……”
“不会这么巧吧！”少女用温柔的语气说道，
“我们昨天还去过气象神社，神主说什么天气跟老天爷的脾气有关，你相信么？”少女惊愕道。
“不相信，天气不过是云层的流动和水循环罢了，而且只有对流层存在天气，但这……”
“……”少年沉默不语了一会儿，又开始说：“我们是不是该做些什么啊？”
“你想用IF珠改变天气？”
“那还能干什么啊？”
“没这么急吧，我们之前不是在电视上看到有关晴天女子的消息么。”
“那个传闻……感觉有点巧，但又给人一种真实的感觉。”
“话说，那个晴天女子为什么不祈祷了？”
“可能出了某种意外吧。”少年继续说：“唉，不知为何，晴天开始变得如此珍贵，最近一段时间一直都在下雨，感觉有毒！！”
“虽然我也有点不相信，但我们也不会坐以待毙。”少女的语气从温柔变得坚定，仿佛救世主一般，但并不是要拯救世界。
“我们要不要出去走走。”
“雨雪交加的怪异天气……你确定？”少女调侃道，实际上她和少年的想法一样，尽管天气恶劣，但还是有一种莫名的感觉让他们想出门。
“宅了这么多天，反正我是闭不住了，再说，出去一趟指不定就遇到晴女了，到时候问问她不就完了。”
“好吧，听你的哦！”
少年和少女骑上了带有CP色彩的自行车，并在上面绑上了雨伞，没有人知道，在这对少年少女身上曾发生过更加令人震撼的事情。
