这里是组织简单介绍，因为近期拓展世界观，新加入的组织会经常更新。
对抗精灵部队（アンチ?スピリット?チーム）
陆上自卫队的特殊部队。通称AST（Anti Spirit Team）。以武力歼灭精灵为主要方针所设立的单位，相对于以对话作为宗旨的拉塔托斯克。由于一般的物理性兵器皆不足以对抗精灵，为此队员皆装备CR-Unit（战术显现装置搭载组合、Combat Realize Unit），使一般人也具有足以担当一线的战斗能力，可以说是现代魔法师、人造魔法师这类的存在。但是，CR-Unit也只被使用在少数的人身上，所以也有像折纸这样规则外的高中生担任AST的队员。
拉塔托斯克（ラタトスク）
诉求与精灵对话，以和平的手段解决空间震所产生的灾害为目标所集结成的神秘组织。以空中舰艇佛拉克西纳斯〈フラクシナス〉作为活动据点，其根源为被称作圆桌会议的高阶干部所组成，五河琴里为司令官，以保护精灵为号召募集各式各样的志愿者。据琴里的说法，其乃为了支援士道而集结成的组织。
DEM社
（信息未知）
利牙“Shape teeth”
由一方通行和岩崎骏太两人组织的精灵组织，设立原因为保护精灵并且教育精灵控制灵力，对抗拉塔托斯克的秘密目标，防止精灵被五河士道封印。
目前人员：一方通行（“反射者”）、岩崎骏太（“空间改者”）、时崎狂三
第一秩序（First Order）
第一秩序，或简称为“秩序”（Order），是一个在恩多战役约三十年后活跃着的军事政治组织。第一秩序是新共和国的极端分子和帝国残余的组合体。
此前并未对地球产生影响，但发掘了地球文明的斯诺克，决定统治地球。
