在超空间引擎被开发出来，人类进入太空时代后，潜艇似乎失去了存在的意义，直到夕张把在一次实验中发现潜艇可以以常规速度和超光速两种模式潜行，而且常规速度状态的潜艇免疫一切攻击，同时可以利用一些仪器收集正常空间的信息并且发送情报，而后，没有指挥官的潜艇舰娘们纷纷成为了ONI（海军情报局）的下属，而一些无名潜艇也可以在作战中成为指挥官的得力助手，潜艇这种人类联合国独一无二的舰艇在历次战争中立下了汗马功劳，她们如同幽灵一般，在正常空间与超空间游走，给敌人带去一波波直击心灵深处的恐惧。
现在潜艇改装的模板有三种，重型的“鲣鱼”，中型的“鲢鱼”和轻型的“鲽鱼”。
“鲽鱼”级潜艇长560米，最宽处40米，武器有固定前射的4组光矛，4个32发射手导弹荚舱，一门以0.25倍光速发射100千克弹丸的电磁炮，4座30毫米转管机炮（限定常规空间使用），在超空间鱼雷发明后拆除了2组光矛加装了3具超空间鱼雷发射管（前2后1，可在潜航中使用。）
防护方面有中和能量场，斥力立场，纳米船板。
因为这种潜艇改装对舰娘本身要求不高，所以大部分无名潜艇舰娘都会选择这种改装模板。
“鲢鱼”级长728米，最宽处52米，初始武器配备了5座固定射击方向光矛（前4后1），一门以0.27倍光速发射105千克弹丸的电磁炮，6处32联装射手导弹发射荚舱，1座双联装76毫米机炮与6座30毫米转管机炮（常规空间使用）改装后拆除了大部分光矛，只留下前后各一座，其余的位置被超空间鱼雷发射管替代。
防护方面沿用了之前的防护水平。
“鲢鱼”级对舰娘素质要求率要高，一般特别优秀的无名舰娘可以进行相应的改装，而大部分二战时期服役过的潜艇进行改装后即可熟练使用。
“鲣鱼”级
“鲣鱼”级潜艇长866米，最宽处68米，配备12座固定发射方向的光矛（前8后4），2门以0.27倍光速发射88千克弹丸的电磁炮，4座48联装射手导弹发射荚舱2座76毫米舰炮，6座30毫米转管机炮，改装后只在艇首保留2组光矛，其余全部改装为超空间鱼雷发射管。
防护方面依旧，“鲣鱼”级的改装方案只有一些极其优秀的潜艇舰娘才可以进行，她们不是在二战之间立下汗马功劳，就是那些被魔方唤醒的现代潜艇舰娘，她们稀有，功勋卓越，战场上依靠可怕的潜航能力与战斗本能让她们成为了无数种族舰队眼中的恶魔。
