战争结束了，三十年的残酷厮杀在一次规模宏大的的大决战之后结束了，人类和他们创造出来的文明的守护者——舰娘终于击败了深海舰队，那个诞生于未知和仇恨，只为了摧毁一切而生的可怕敌人。
但是胜利者丝毫感受不到获胜后的喜悦感，他们熟悉的世界变得千疮百孔，在空前的危机面前团结起来的人类几近灭绝，众多城市变成了废墟，海底堆满了军舰的尸骸，近地轨道被击碎的卫星像一条小行星带覆盖着苍穹，遭受深海核打击的土地残留下来的辐射和核冬天将整个生态圈变得扭曲，为了战争而创造的舰娘勉强在这种恶劣的环境下延续下来，残存的人类则一点点地被这恶劣的大自然吞没。少数幸存者为了保持最后的象征性延续进行了Project-R的改造计划，他们脱离了人类的身份，被遗留下了人类的外表和大部分特性，却失去了传承种族的能力，为了纪念那段和深海作战的残酷的岁月，他们成为了“提督”，融入了新的战舰少女构成的社会的一部分。而这个统治整个地球的政权有了一个新的名字——镇守府联盟。
清除战争的创伤并不比战争本身简单，舰娘们在人类文明的废墟中让这颗饱受疮痍的星球重新恢复过去的面貌，在这一过程中一件突发事件迫使舰娘们提前将目光投向太空————在战争刚刚结束的时候，几艘带着深海标志的宇宙飞船从太平洋深处起飞，无视地面的一切防空手段升空，随即航向虚空消失在了所有传感器的探测范围之外，虽然这一事件之后地球上再也没有深海的踪迹了，但是这次事件提醒着舰娘们危机尚未完全解除。
在那之后又过了三十余年
“经过了五年的时间，属于镇守府联盟的第一艘航天战舰，具备夕张.白井博士从深海海底基地逆向出来的FLT科技，首次实现跨星系航行能力的巨舰——经过秘书舰议会的讨论决定将其命名为富有历史意义的弗莱彻级战舰——这里是现场记者凌波.御琦为你进行报道。”
在这个星球再一次繁荣起来之后，人类文明的传承者终于有机会开始踏足虚空，在地面的举行造船厂基地建造起来的第一艘航天飞船在众多镜头面前腾空而起，在平定这个星球的蔚蓝大海之后，为了彻底终结深海的威胁，也为了探索新的世界，战舰少女们开始踏上了新的征程。
