7月17日，在与御坂美琴的决斗当中，其假装战败的拙劣演技激怒了美琴，结果被美琴追了一夜。
7月18日，在洋装店发生"第七迷雾"之时，上条当麻使用幻想杀手化解掉了介旅初矢的"虚空爆炸"，救下了御坂美琴、初春饰利、硲舎佳茄等人。
7月19日，为了将跟自己飞起非故的不良少年们诱离御坂美琴身边，彻底让自己化身成一个小丑，故意让不良少年们追逐 。在大铁桥，遭遇到御坂美琴再次挑战，结果纵使美琴使出了全部绝招进行了两个多小时的攻击，也始终无法对上条造成伤害，还造成了周边大停电。
7月20日，暑假的第一天，上条当麻遇到了遭遇追杀失足挂在宿舍阳台上的英国清教修女茵蒂克丝，并得知魔法的存在。使用具有能力幻想杀手的右手将茵蒂克丝的修女服"移动教会"破坏。为保护茵蒂克丝与前来追讨的清教魔法师史提尔·马格努斯和神裂火织交手，在过程中得知茵蒂克丝被追杀的真相。7月28日，通过自己右手的力量破坏了禁锢茵蒂克丝的魔法"项圈"。但在拯救"自动书....记"模式下使出"龙王的叹息"的茵蒂克丝时，被"龙王的叹息"的余波"光之羽"击中头部而失去记忆。可是，上条对茵蒂克丝隐瞒了自己失忆的事，并以茵蒂克丝的看护人身份和她居住在一起。
8月8日，被史提尔·马格努斯卷入到"三泽塾"事件当中。在与炼金术师奥雷欧斯·伊萨德的对决中，虽然被切断了右臂，却在史提尔的暗中帮助下，依靠完美的虚张声势大作战骗到了奥雷欧斯，把他逼上了自灭的道路 。救出了原石少女姬神秋沙和茵蒂克丝。
8月21日，连续两天遇到御坂妹的上条，在小巷子里看到御坂妹被杀害，还有不断出现在眼前的许多御坂妹。为了查明真相，上条来到美琴的宿舍房间，在那里他得知美琴被卷入的事件内容，于是上条连忙去街上寻找美琴，并在大铁桥上找到了她。因为担心美琴的安危，试图阻止她打算牺牲自己拯救"妹妹们"的危险行为。如果要阻止实验的进行，只要将"一方通行是最强超能力者"这个实验的大前提推翻就行了。上条凭借这个令人意外的想法，说服了美琴让他去解救"妹妹们"。最后，凭借自己右手的特殊力量，上条当麻打倒了号称"学园都市最强"的一方通行，"绝对能力者进化计划"被冻结。
身为Level 0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此统括理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。上条带着跟茵蒂克丝一起来到海边旅馆"海神"，跟父母和表妹团聚。8月28日，在其父上条刀夜无意间所引发的"天使坠落"事件中，一度被当做"天使坠落"的施术者，受到了神裂几乎全方位的验身，并险些被逃狱死刑犯火野神作杀死。在由被大天使"神之力"替换的米夏·克洛伊洁芙(莎夏.克洛伊洁芙外貌)吸出刀毒后又遭米夏的逼问。29日，起初认为火野神作是施术者，但当得知上条刀夜才是施术者后，在由神裂压制企图通过杀死上条刀夜解除术式回归天上的大天使"神之力"的同时，由土御门元春远距离毁掉位于上条家的魔法阵而解除了"天使坠落"，使得大天使回归天上。
8月31日，暑假的最后一天，与暑假作业正在决战中的上条先是在为摆脱伪海原光贵(艾扎力)纠缠的御坂美琴恳求下和美琴假扮情侣，并在击退企图杀死上条的魔法师艾扎力后与之定下"守护美琴与她周遭世界"的约定;傍晚又与为获取茵蒂克丝脑内魔导书将其绑走的魔法师暗咲逢魔交手，在得知其绑走茵蒂克丝的目的是为心仪女子解除诅咒后对其施以援手，并强突学园都市的大门引起骚动。
9月1日，初遇风斩冰华，并击退了打算通过杀死茵蒂克丝或风斩冰华来引发魔法阵营与科学阵营间战争的魔法师雪莉·克伦威尔。
9月8日，在史提尔和天草式十字凄教的协助下成功解决了"法之书"事件，打败了250名战斗修女组成的罗马正教所属雅妮丝部队，救出罗马正教修女奥索拉·阿奎纳。
9月14日，在"树形图设计者"的残骸夺还事件中，搭救由于受到迁怒而险遭结标淡希杀害的白井黑子。在追击结标淡希时，发现结标已经被某个神秘人物(=一方通行)出手打倒，随即喊来救护车将惨兮兮的结标移送到医院。
9月19日，大霸星祭首日，和御坂美琴做出"惩罚游戏"的约定。为阻止罗马正教传教士丽多薇雅·罗伦婕蒂企图发动灵装"使徒十字"支配学园都市的阴谋，与土御门元春、史提尔一起追捕其同党欧莉安娜·汤姆森，并解决了"使徒十字"事件。9月20日，大霸星祭的第二天，从佐天泪子和索绮特的对话中得知暗部组织"人员"及黑幕木原幻生的真正目标是御坂美琴后，迅速赶往第二学区的研究设施"才人工房"解救御坂美琴。
9月25日，大霸星祭最后一天，(在学园都市上层安排下)上条抽中了北意大利旅行的双人票，于是上条跟茵蒂克丝两人来到意大利。在27日抵达意大利后，在基奥贾遇到了正在搬家的奥索拉。在搬家结束后突然被罗马正教的"女王舰队"袭击。最后，在奥索拉、茵蒂克丝和天草式大家的帮助下，打败了了罗马正教主教彼亚吉欧·普索尼，破坏了其灵装"限刻的十字架"与"亚得里亚海女王"的核心，拯救了包括雅妮丝·桑提斯在内的二百五十名雅妮丝部队修女。因此事件，上条当麻被罗马正教视作威胁，在"神之右席"的压力下，被罗马正教教皇下令格杀。
9月30日，接受了御坂美琴的惩罚游戏，与美琴一起签下了"随身天线服务"的双人契约，手机存储了彼此的电话号码。在此后的"九三〇事件"，为保护以科学天使"保险丝·风斩"形态失控的风斩冰华，打败了罗马正教最暗部"神之右席"的前方之风。
10月3日，从被学园都市上层委托狙杀御坂美铃的"武装无能力集团(Skill Out)"枪下将御坂美铃解救，并打倒了滨面仕上。
10月初，世界各地发生罗马正教徒反学园都市的示威游行。在世界一片混乱之时，上条得知此事的源头是名为"C文书"的灵装，于是跟土御门元春乘坐由统括理事会成员亲船最中准备的超音速飞机一道前往"C文书"所在的法国观光城市阿维尼翁。在阿维尼翁当地，上条和天草式十字凄教的五和重逢，并一起调查"C文书"。在五和执行破坏连接阿维尼翁与梵蒂冈的魔法管道的术式好让C文书失去效力时 ，遭到左方之地的奇袭。由于土御门元春和目标"C文书"的学园都市机甲部队的介入，左方之地打算回收教皇宫殿的"C文书"后回到梵蒂冈 。因为上条知道就算"C文书"回到梵蒂冈也能使用，于是跟五和追到教皇宫殿要将"C文书"破坏。在跟左方之地的交手中，凭借先前土御门元春和五和的提示，看出了左方之地"光之处刑"术式的弱点，在将其打败后破坏了"C文书"。
10月中旬，五和给上条带来后方之水即将来袭的消息。虽然有五和及天草式的护卫，但在第二十二学区地下街跟水的初阵中，上条为了守护五和自己承受了水压倒性的一击，受伤昏迷。在醒来后从医院偷跑出来再次来到战场。最后，由于水身为圣人的臂力被同时神人的神裂封住，原本用来甩掉她的"神之右席"圣母特殊术式又被上条的右手消除，天草式全体藉由五和所放出的"圣人崩坏"将水击破 。
10月17日，由于连接英国与法国之间的欧陆隧道爆炸事件，上条陪同接到"禁书目录召回令"的茵蒂克丝一起飞往英国。因为有过搭乘超音速客机的痛苦回忆，所以两人故意错过土御门元春安排的那班超音速客机 ，而是搭乘空中巴士365飞往英国。在飞机上，上条全力阻止了意图劫机的法国恐怖分子，使飞机安全抵达了英国。在位英国效力的欧莉安娜的协助下，追击传递"正统卡提纳"的"新生之光"成员蕾莎，但不久旋即卷入了英国二王女凯丽莎的政变。翌日凌晨，在英国三王女薇莉安和"清教派"的帮助下潜入白金汉宫下地铁站，成功诱使二王女所持的"卡提纳·正统"仪典剑暴走。在此后的反攻中，在英女王伊莉莎施以术式"联合的意义"释放卡提纳的力量、茵蒂克丝使用"强制咏唱"暂时夺取"正统卡提纳"控制权之际，借助后方之水的臂力高高跃起将"正统卡提纳"击碎。但随后茵蒂克丝由于被袭来的右方之火夺取了"禁书目录"的远距控制灵装而失去了意识，为了解救茵蒂克丝，上条只身前往右方之火的老巢俄罗斯。10月19日，第三次世界大战爆发。
10月30日，四处搭便车来到俄罗斯的上条遇到了追逐而来的"新生之光"成员蕾莎，并一同潜入右方之火的要塞。当探知右方之火将亲自袭拿作为召唤大天使"神之力"媒体的莎夏·克洛伊洁芙后奔赴伊利沙里纳独立国同盟，打算抢先找到莎夏，但莎夏还是被接踵而至的右方之火掳走。
在上条赶赴右方之火的要塞时路遇因番外个体的精神袭击而失控的一方通行，在打败展开黑翼的一方通行后，将失去意识的一方通行、最后之作和番外个体送到了伊利沙里纳独立国同盟。再次潜入其巨大要塞"伯利恒之星"，右方之火为获得"伯利恒计划"必需的上条当麻的右手，将上条其诱进要塞并发动"伯利恒之星"升上高空。上条在莎夏·克洛伊洁芙的指引下破坏了召唤大天使的仪式场。
在"伯利恒计划"的最后阶段，右方之火斩断了上条的右臂，将其血肉分解融入他的"第三只手"，试图通过幻想杀手作为媒介发挥出蕴含在他体内百分之百的力量。但是上条当麻再次长出右臂，伴随人们心中的善意最终战胜了恶意(右方之火的力量来源)，右方之火的"第三只手"急速失去力量。最后，上条将右方之火打败，将其"第三只手"破坏。向仅以意识存在的茵蒂克丝坦诚了失忆的事实，在破坏了茵蒂克丝的远距控制灵装后，使她的意志回到体内。
将最后的救生船让渡给右方之火，并拒绝了御坂美琴的援救。为阻止"伯利恒之星"坠落造成巨大灾难，在史提尔·马格努斯的情报支持下，通过破坏"伯利恒之星"的上升用灵装改变其轨道朝向北冰洋。当重新找回身体的大天使"神之力"飞向北冰洋补充肉体之际，上条再次扭转"伯利恒之星"轨道，迎面冲向了大天使，阻止了灾难的发生。最后，上条同"伯利恒之星"坠入北冰洋，一度被认为已经死亡，但实际上是被黄金结社"黎明晨光(又译:绯色日照)"的魔法师救起。
