11月5日，同"黎明晨光"的首领蕾薇妮雅·柏德蔚回到学园都市，粉碎了黑夜海鸟对芙蕾梅亚·塞维伦的致命一击。与一方通行和滨面仕上等人会合后，同他们聚集在自己的宿舍房间接受柏德蔚的魔法知识讲解。在追踪他而来的"无线电探空仪要塞"飞抵学园都市上空之际，经由一方通行得知了诱导空中要塞的发信机的放置地点，滨面仕上则驾驶挖掘机破坏了覆盖在发信机上面的水泥地板，就这样在他用幻想杀手将发信机破坏后，要塞直接通过学园都市，坠入千叶外海。
因为自己被"捣蛋鬼"盯上而担心导致学园都市遭到池鱼之殃，所以自己不能置之不理 ，同时也为了得知幻想杀手的本质 ，上条接受柏德蔚的劝说，跟柏德蔚、一方通行、滨面仕上、御坂美琴等人于11月10日前往美国夏威夷，阻止魔法结社"捣蛋鬼"在那里引发的事件。在夏威夷，与独自行动的美国zongtong罗伯特·卡崔联手。在阻止"幕后黑手"奥蕾·布鲁雪克夺取"起爆剂"失败后，佣兵集团"三叉戟"和"捣蛋鬼"混合部队开始利用火山爆发产生的火山灰使夏威夷群岛孤立之机，对夏威夷发动袭击。在保护奥蕾的独生女琳迪免遭zongtong幕僚洛丝莱因·克拉克赫特挟持的同时，又引出"捣蛋鬼"魔法师莎洛妮亚·A·以黎维卡并将其打倒。在莎洛妮亚倒下后，佣兵集团"三叉戟"也解除武装投降，奥蕾的"美国宗教国家化计划"破产。虽然夏威夷群岛事件平息，但事件却导致二十七个学园都市协助机构和学园都市对立，科学阵营的内战一触即发。感觉到受到柏德蔚背叛的上条，打算独自扛下责任，靠自己的双手来挽回这次失败。
11月13日，在木原加群的引导下前往东欧的巴盖吉城"善后" ，打倒了"捣蛋鬼"魔法师玛莉安·史琳格奈亚。但是，"捣蛋鬼"的首领欧提努斯为测试他右手性能究竟到什么程度，出现在上条面前。上条在右臂被欧提努斯握断的瞬间就因为失血过多而休克，而从他右手手腕断面射出的"看不见的力量"也被粉碎。但是他的右手从切断到自行恢复，只花了十分钟就完成了 。
一端览祭前日，被欧雷尔斯带回到学园都市的上条当麻，担心被幽禁在"没有窗户的大楼"中、欧提努斯用来制造"主神之枪"的材料芙罗兰·克洛伊杜尼，无论落到"捣蛋鬼"还是欧雷尔斯阵营手里都不会有好下场，协助背叛"捣蛋鬼"的魔法师雷神索尔营救芙罗兰·克洛伊杜尼。索尔透过木原加群留下的后门，演算出"没有窗户的大楼"的装甲板无法抵消的冲击波波形，后依该波形施以攻击试图破坏装甲板。然而，芙罗兰因为受到外界的刺激，自己破坏了"没有窗户的大楼"的装甲板来到外界。为了让欧雷尔斯势力原理捣蛋鬼，并利用双方彼此提防动弹不得之际，乘机先找到芙罗兰·克洛伊杜尼保护她，跟索尔一起向双方释放假情报。其中，上条当麻负责设下能迷惑欧雷尔斯势力的陷阱。上条透过跟踪撤离的"捣蛋鬼"魔法师玛莉安·史琳格奈亚，找出了追击玛莉安的蕾薇妮雅·柏德蔚 。本打算透过刻意战败，将写入学生手册的假情报传递给对方，却因为警备员的介入，侧腹被实弹打穿而陷入生死交关的窘境 。不过，诱饵情报成功传达，成功将欧雷尔斯阵营跟"捣蛋鬼"隔开。
一端览祭开幕日，从医院溜出来后在第七学区·多层天桥找到了芙罗兰·克洛伊杜尼，却因为失血过多而晕倒，好在以向"捣蛋鬼"复仇为目的灰姑娘为他紧急止血并输入生理盐水后恢复了精力 。拜托欠下他人情的灰姑娘制作出最后之作脑的"赝品"给芙罗兰，最后中止了芙罗兰捕食最后之作脑的"机能"。另一方面，为阻止蕾薇妮雅·柏德蔚向芙罗兰出手而向她发出挑战，在被上条识破力量源泉的蕾薇妮雅被打倒后，欧雷尔斯阵营选择撤退。
《新约》第7卷中，上条当麻上了土御门元春的当，被扔进了"男宾止步"的"学舍之园"，并接受了"阻止以灵装发动大规模术式"这项"使命"。在学舍之园，上条不但被当成大变态，还在逃离众多凶暴女学生的途中被御坂美琴发现，就在以为走投无路的瞬间，由第五名的超能力者食蜂操祈操纵的女学生向他伸出了援手。推测土御门所说的有关"明王之坛"的话都是谎言，当上条看见土御门舞夏死亡的新闻后，在食蜂操祈操纵的女学生的协助下脱离"学舍之园" 。刚打开原先背了防止追踪而关掉的手机电源，就有云川芹亚以匿名邮件送来的土御门元春所在之处的情报，于是顺着指示前往第三学区贝积继敏的办公室，阻止他杀害贝积继敏。在制伏土御门元春，得知"人力资源"计划后，本应该保护土御门舞夏，但因为不知道她在哪里，于是决定前往"人力资源"的核心芙蕾梅亚·塞维伦身边，攻击"人力资源"的黑幕本身 。当恋查(＃028)要杀害滨面仕上和黑夜海鸟时，出手相救，并接受滨面的委托去保护芙蕾梅亚 。在主题公园"博览百科"，与垣根帝督联手迎击恋查(＃029)。正当恋查(＃029)的优势无法动摇之际，却因为体内被注入名为药味久子的AIM思考体，内部逐渐崩坏。上条为了要救恋查(＃029)，要用右手消灭她体内的药味久子 。然而恋查(＃029)在败北之际为了保护药味，用自毁的方式来让药味逃出自己的体外 。
由于亲眼目睹了夏威夷群岛与巴盖吉城的惨状，因此上条认为不能放着魔神欧提努斯率领的"捣蛋鬼"不管 。在反"捣蛋鬼"联合势力全力搜索"捣蛋鬼"的根据地的这段时间，作为破坏"主神之枪"的"王牌"在学园都市待命。当得知"捣蛋鬼"的根据地"海上坟场(日文:船の墓场)"就设置在邻近学园都市的东京湾后，为阻止"捣蛋鬼"和学园都市双方在东京爆发激烈冲突，将东京变为第二个巴盖吉城，打算在双方正式冲突前快攻解决"捣蛋鬼" 。跟蕾薇妮雅·柏德蔚、蕾莎、御坂美琴、云川鞠亚等人搭乘超音速客机前往东京湾时，飞机被"捣蛋鬼"魔法师弗蕾雅创造的"地底恶龙"解体，不光落到东京闹市区，还跟大家失散。在透过地铁想东京湾移动过程中，遭遇弗蕾雅的攻击。在命悬一线之际，遭到赶来的御坂美琴粗暴的搭救。最后，在茵蒂克丝的强制咏唱的介入之下，解放了弗蕾雅母女。虽然上条等人赶到了"海上坟场"，但是还是没能阻止欧提努斯成为魔神。于是，世界被欧提努斯毁灭……
新约⑨在被彻底毁灭的空无一物、一片漆黑世界里，只剩下上条当麻和欧提努斯。欧提努斯为打垮他的精神，创造出无数令上条绝望的世界。在欧提努斯最后创造的幸福而完美的世界里，所有人都获得了幸福，这让他承认了欧提努斯拥有拯救世界的力量，不仅自己也失去了跟欧提努斯战斗的动机和理由，还认为自己活着在只会危害这个只有和平和笑容的世界。欧提努斯的安排完美到让他走投无路，差点自杀。但是，在御坂网络的"总体意识"的激励下，决定向欧提努斯挑战。在跟欧提努斯的较量中，上条在不断被欧提努斯杀死的同时也一点一点分析和记住了她的战斗模式，在经历了10031次杀戮后 ，已经练到身体不需要靠脑袋反应而顺着习惯动作 。此时的上条不仅能够避开欧提努斯的攻击，还藉由迎击并破坏了"主神之枪"。但是，虽然上条能跟持有"主神之枪"的欧提努斯一较高下，却最后还是败倒在以"妖精化"术式为中心获得负面可能性的欧提努斯。光靠上条一个人，没有欧提努斯的协助，上条无法将世界恢复原状 。要想说服欧提努斯，上条只能站在她面前，将话语送到她心里 。上条用败北换来的，是欧提努斯对"创造出来的东西(世界)"感到毫无兴趣，想要回到"原来的世界" 。在上条当麻死掉后，无处可去的幻想杀手力量全都转移到欧提努斯身上。回到"原来的世界"只是手段而非目的，欧提努斯真正希望的有个"理解者"(=上条当麻) 。于是，欧提努斯明明知道将会被全世界的人攻击，依旧在她"原来的世界"和上条当麻"原来的世界"二选一当中，选择了将世界恢复到后者。
回到原本世界的上条，无法坐视欧提努斯在未经审判的情况下，死于名为正义的狂乱中，决心要拯救欧提努斯。而这时的欧提努斯，身体因为欧雷尔斯他们施展的"妖精化"，内部持续崩坏，正逐渐迈向死亡。从全世界手中拯救欧提努斯的方法--就是"让魔神欧提努斯失去力量"。为了让魔神变回人类，必须从位在丹麦古城的"密米尔之泉"里取回魔神的一只眼睛。于是，上条跟欧提努斯来到丹麦，打算让她在放弃力量后再投降。在从约灵到目的地伊埃斯科城堡的"密米尔之泉"的路上，为了拯救欧提努斯，上条与全世界为敌，过去曾是可靠伙伴的各方领袖、超能力者、魔法师，全都成为袭击上条的"强敌"，他的伤痕也一道道增加。但在"密米尔之泉"，一路看下来的欧提努斯有了"我真的有资格得救么?"的念头 ，出于自己的意志，她选择拒绝让上条拯救，拒绝再让上条继续背负罪孽，决定使出魔法来自我牺牲。最后，在欧提努斯的"弩"没有射到最后一发前，上条就从欧提努斯背后破坏了"妖精化"的光椿。但因为在那个时间点，魔神欧提努斯已经死了九成九，剩下的部分则擅自重新组合成身高只有十五厘米的欧提努斯 。
11月底，在云川芹亚的建议导下，来到第二十一学区的地热发电厂·原形人工湖"吉欧大地"，粉碎了蜜蚁爱愉的计划，再次拯救了食蜂操祈。
12月1日，为了只有15厘米大小的欧提努斯买娃娃屋充当她安全的住所，而和欧提努斯、茵蒂克丝来到第十五学区的巨型综合商业大楼"类钻"。在那里邂逅了伪装成第六位超能力者蓝花悦来这里寻找失踪友人芙兰达行踪的加纳神华，还遭到魔法师圣日耳曼的袭击。因为担心急于保护友人的滨面仕上轻率地刺激圣日耳曼，再次与滨面爆发冲突，但没能拦下。为了让滨面友人安全逃离，甚至打算自己当诱饵。在滨面仕上的帮助下，两人进到芙兰达在大楼上层高级住宅区的"秘密基地"，发现了芙兰达的秘密。当得知圣日耳曼怂恿加纳打算使用灵装"安之盾"向他"复仇"时，上条从滨面的保护下逃脱，用芙兰达为加纳准备的生日礼物将他唤醒。在滨面仕上、麦野沉利、绢旗最爱等人的合力下保护加纳，并在茵蒂克丝、欧提努斯及加纳的帮助下戳破圣日耳曼的"谎言"和"演技"，最后将对圣日耳曼的最后一击让给了加纳神华。
12月3日，在防犯演习中扮演犯人的上条当麻，跟"魔神"之一的僧正相遇。僧正想让上条担任由"魔神"彼此争夺资源带来的世界扭曲--"命运"的计分者和管理各种"魔神"之力的鞘 ，许诺给他支配世界命运的力量。但上条在回绝了僧正的提案，还骑着"巅峰单车"载着美琴上演大逃亡。好容易摆脱了僧正的追逐，却又碰上了"魔神"奈芙徒斯和娘娘，她俩希望藉由上条的手阻止失控的僧正 。最后，在美琴的帮助下，在第二十三学区启动质量加速器，将操纵土的僧正发射到天空......傍晚，跟潜入学园都市一举歼灭娘娘等"魔神"的上里翔流遭遇，却卷入了柏德蔚姐妹之争。上条打算帮助即使牺牲自己也要拯救妹妹的蕾薇妮雅·柏德蔚，而上里翔流则站在即使放弃生存也要拯救姐姐的派翠西亚·柏德蔚这边。在双方的冲突中，上条创造出同时保住两边的选项。最后在"上里势力"的田妻暮亚和"魔神"奈芙徒斯的帮助下解救了被"修格斯样本"寄生的派翠西亚。事件解决后，在跟具有"理想送别"力量的上里的单挑中，虽然幻想杀手被上里的理想送别排除，但里面的东西却将上里打成重伤。
12月4日，因为学校被僧正彻底破坏，上条等人不得不到附近的学校借用教室，结果不仅在那里再次碰上转学到该校的上里翔流，还在5日与上里的义妹去鸣接触。在上里被伪装成学生会长的木原唯一夺走了其右手和"理想送别"的力量后，上条又成为她的目标。最后，木原唯一被接触到并操纵对魔法式驱动铠甲的御坂美琴轰飞。
在随后的几日，学园都市受到(木原唯一统帅的)"Element"和(上里势力府兰制造的)热浪袭击，学园都市的学生都被困在学校的"避难所"。12月8日，为净化游泳池的水为饮用水，上条等人冒着被"Element"袭击的风险被派往供水局去取净水微生物的软泥。在遭到"Element"袭击之际，得到装备对魔法式驱动铠甲的御坂美琴的帮助，并接到常盘台中学接受治疗。常盘台的情报误认为"水晶塔"是"Element"的司令塔，但实际上"水晶塔"是木原唯一锁定敌人的诱饵。在他和美琴等人摧毁"水晶塔"的同时，常盘台中学也遭到木原唯一的攻击。最后是上里势力的去鸣击溃了木原唯一，并将上条转移到她们的据点跟上里翔流会合，一起讨伐木原唯一。
