朱芳阁分一阁四大主院，五庭两门，门规由历代阁主颁布，一切以阁主的命令为尊。
一阁：洛神阁，阁主的住所，只有阁主能进，未经允许，以入侵者的罪名处四。
长老院，各个长老的住所
议事堂，长老和阁主开会的地方
葬天阁，处罚非法弟子以及关押罪犯的地方
而四大院分别是：
娥眉院，院内只招女弟子，不招男弟子，主修炼丹和灵师，每次招生只招8岁以上的女弟子，凡是娥眉院的，都得遵守三样规则，一，没到18岁，必须保持处子之身，二，凡是未满18岁的，都不能以真面目示人，否则逐出娥眉院，三，本阁功法，不得擅自传授他人。
珊郸院，主修暗器，男女不论，论暗杀，它称第二，没人敢称第一，是是刺客的首要考虑目标，而珊郸院同样要遵守三样规则，一，做任务时，宁可错杀一千，也不放过一个，二，不违背朱芳阁门规，三，说到做到，讲究诚信。
万剑院（随便取的），主修剑和枪，刀，剑为主，枪为副，刀为辅，天下剑法，不破不立，无招胜有招，嫉恶如仇，同样有三个规则，一，不滥杀无辜，二，尊老爱幼，三，一举一动不违背社会道德。
柳芳院，主修练体，女弟子很少，主要以男弟子为准（不代表没有女生），入门弟子，都得经过妖兽血锻炼身体，练就刀枪不入之身（仅仅只是入门），同样要遵守三样规则，一，尊师重道，保持本心，二，不背叛同门，三，遵守强者生存，弱者淘汰的森林法则。
五庭分别为：藏书庭，流芳庭，万花庭，葬天庭，桦芙庭。
两门是：
外门主要是杂役弟子和外门弟子，杂役弟子要经过一年一度的外门选拔比赛，只要通过比赛，就能顺利普生外门。
内门，就是进入四大院的挑选比赛，各大院的坐镇长老设好“考题”，让各个外门弟子挑选，每院名额有限，只有十个可以进入四大院，每五年一次，在“选拔”的同时，各个长老都会在长老院观看比赛流程，主要看看有没有好的苗子，凡是看上的都会收入“亲传弟子”系列，每个长老的名额只有三个。
