阿泰尔的父母都是刺客——他的母亲是基督徒，父亲奥马尔则是穆斯林。
阿泰尔的母亲在生下阿泰尔后就死了。阿泰尔十一岁时萨拉森大军围攻马斯亚夫，他的父亲奥马尔潜入萨拉森营地，试图警告对方，但在回来时却不慎引发警报，不得不杀死了一个贵族。在萨拉森人的紧逼下，奥马尔以自己的生命为代价，换回了萨拉森人手中的俘虏艾哈迈德·索菲安和萨拉森人的撤军。阿泰尔亲眼看着他的父亲被杀，这件事也对他的一生造成了极大的影响。
被换回的艾哈迈德·索菲安其实就是向萨拉森人透露奥马尔身份的叛徒。他对奥马尔的死亡感到自责，后来偷偷来到阿泰尔的房间向他忏悔，然后在他的面前用匕首自刎而死。
阿泰尔立刻来到了阿尔莫林处将事情经过告诉他。阿尔莫林则让他不要告诉别人——包括艾哈迈德的儿子阿巴斯·索菲安。后来，阿泰尔和阿巴斯都在阿尔莫林处接受训练。阿泰尔将阿尔莫林比自己的亲生父亲看得更重，虽然他知道阿尔莫林对自己的爱‘十分微弱而且虚伪’。阿泰尔和阿巴斯后来成为了好友。
看到阿巴斯由于他父亲的死而感到悲伤后，某日阿泰尔决定将艾哈迈德自杀的真相告诉他。听到此事后，阿巴斯在床上转过身去，并未说话。第二天，两人之间一直保持着沉默，直到阿巴斯找到他们的教练拉比伯，希望他们能用真正的剑而不是木剑进行训练。从那一刻起，阿巴斯才展示出自己对阿泰尔的愤怒，他认为阿泰尔在说谎，污蔑自己的父亲，朝他疯狂地进攻。
两人最终都摔倒了泥中，阿巴斯手中的小刀正架在阿泰尔的脖子上。他大声地宣称阿泰尔在撒谎，引起了附近村民和刺客的注意，最后还传到了阿尔莫林那里。为了让他平息下来，阿泰尔只得承认自己撒谎，然后两人在马斯亚夫的地牢下被关了一个月的禁闭。阿尔莫林认为阿巴斯的错误更大，便让他多训练了一年，阿泰尔则先 一步晋级为了刺客。
阿泰尔24岁那年，圣殿骑士在卧底哈拉斯的帮助下，成功地攻占了马斯亚夫。阿泰尔从外地赶回马斯亚夫救援时在山下的村子里遇到了阿巴斯。虽然阿巴斯觉得他们已经无法救出阿尔莫林，应该赶紧撤退，但阿泰尔还是独自一人冲了进去。他让阿巴斯率领剩下的刺客从侧翼伏击圣殿骑士，将他们引入山谷中，并警告他不要‘出错’。
阿泰尔从村庄里一路杀上了马斯亚夫，中途救下了不少村民。来到城堡门口时他见到了圣殿卧底哈拉斯。哈拉斯将门关上，准备去处决包括阿尔莫林在内的俘虏。阿泰尔从城墙上爬进了城堡，他又沿着城墙边缘偷偷来到了哈拉斯上方，跳下将他杀死，救下了阿尔莫林。
自此后，阿泰尔赢得了阿尔莫林的尊重，成为了刺客大师。听到此事后，阿巴斯来到阿泰尔身旁，朝着他的脚边吐了口口水，而阿泰尔只是朝他冷笑。这是阿泰尔第一次展示出骄傲的迹象——几年后他将为此付出极大的代价。
1190年阿泰尔从某次旅途中回来时发现阿勒颇附近的一个村庄正遭到攻击。在路上他遇到一个濒死的士兵，得知进攻者是圣殿骑士。阿泰尔一路上杀死了许多圣殿骑士，终于在一个弓箭手的嘴里得知了他们的计划。圣殿骑士的当代首领巴西利斯克下令进攻此处，试图从某个兄弟会成员的最终得到某些宝贵的信息。阿泰尔处理掉了弓箭手，然后继续前行。他最终杀死了一个圣殿队长。这时，一个刺客告诉他阿尔莫林正在找他。
阿尔莫林给了他一个新的任务，让他去寻找一个名为圣杯的古老圣物并让他准备前往大马士革，刺杀塔米尔。
离开刺客事务处后，阿泰尔来到了马戏团，试图寻找塔米尔所说的三把钥匙。他找到了法耶拉并问她是否拥有其中一把但却遭到拒绝，她让一个叫做巴德尔的壮汉帮助她。阿泰尔击退了巴德尔，但是舞女却趁机溜走。阿泰尔连忙追上，但追到一座桥前时桥却忽然崩塌，将他困在了一端，而法耶拉则逃之夭夭。
阿泰尔最终在一口井边找到了法耶拉，她却主动的将钥匙交给了阿泰尔。原来，她早已通过卡片预见了阿泰尔的到来，之前的一切只是她在考验阿泰尔而已。她又请求阿泰尔去杀死一个叫做阿拉特的人——阿拉特就在附近的一个澡堂里。阿泰尔从下水道中潜入了澡堂并将阿拉特杀死。法耶拉也将阿泰尔指向了第二把钥匙的所在——苏尔。
来到苏尔后，阿泰尔找到了哈米德。哈米德告诉他一个叫做罗兰·纳普勒的人将第二把钥匙的拥有者关在了他的医院里。阿泰尔潜入了一个布满圣殿骑士的下水道，，找到了正在审问钥匙拥有者的罗兰并将他杀死。钥匙的拥有者起先认定阿泰尔也是圣殿骑士，但他看到了阿泰尔的左手，知道他是刺客，便将钥匙给了他。哈米德还告诉阿泰尔，下一把钥匙就在耶路撒冷，就在巴西利斯克的手中。
在到达耶路撒冷之后, 阿泰尔遇到了当地的拉菲克，卡达尔，并向他询问巴西利斯克的地点。卡达尔说，巴西利斯克在战场的勇猛的表现使他得到了国王的青睐，因此他经常受到国王的接见。卡达尔还告诉阿泰尔，国王打算举办一场宴会，阿泰尔便去偷听市民们的谈话，希望知道宴会的地点。
阿泰尔在卡达尔的帮助下，来到了一个城市花园中，在这里他找到了一个叫做艾曼的人。虽然艾曼极力反抗，在阿泰尔的威逼下，他还是透露了宴会的地址。阿泰尔来到那里后，从附近的一条暗道潜入了宴会的主会场。在见到巴西利斯克并取得钥匙后，阿泰尔就逃走了。
阿泰尔来到了一座塔楼的下方，在上面遇到了塔楼的主人，一个叫做‘大师’的人。他虽然看上去像是刺客，但实际上是一名高级圣殿骑士。阿泰尔杀死‘大师’的守卫和学生后，见到了大师本人。在塔楼的顶部，大师希望阿泰尔能够加入圣殿骑士，阿泰尔拒绝后就将他杀死，并从他的手中得到了前往沙之宫殿的地图。
阿泰尔到达沙之宫殿并来到上层区域后，便开始继续在宫殿中搜寻，并不断的干掉巡逻的卫兵。穿越过破碎的架构和下落的残骸，他最终到达了圣杯的前庭。在那儿，他看见了圣杯的圣物箱，此箱是金子打造的，放在一个石柱上，石柱的四周有桥延伸向四个不同的方向。阿泰尔小心翼翼地走向中心，注意着桥下的火。阿泰尔在里面发现了巴西利斯克，并随后得知圣杯的真实实质：她并非什么宝物而是个女人。然后宫殿倒塌，阿泰尔险些被埋于碎石中。
他好不容易站起了身，却被眼前的一幕惊得目瞪口呆：一阵强力的沙尘暴正在他背后摧毁着碎石，缓慢的向他逼近。他立即起身逃跑，不时地注意避开落下的碎石所造成的障碍。在一阵冲刺和与逃跑卫兵的争斗之后，阿泰尔终于逃出了那块地方。他回想起巴西利斯克在宫殿里跟他说的话，想起巴西利斯克曾提及他在泰尔城有些事，阿泰尔随即起身前往泰尔城。
在又一次到达泰尔城时，阿泰尔又一次遇上了哈米德，他问阿泰尔是否知道巴西利斯克的所在地。阿泰尔告诉他，巴西利斯克深藏在一个泰尔城堡垒里。于是，哈米德给阿泰尔指出了另一条路，在这条路上阿泰尔需要穿越一些在可致死水上的横梁和箱子。
阿泰尔不得不走这条路，不过在他出发前，哈米德告诉他在那堡垒里囚禁着两名兄弟会成员。阿泰尔将此事记于心，便出发了。他小心地穿过横梁和平台，避开了那水。在穿过漫长的道路和一些卫兵的阻拦后（可见阿泰尔技高一筹），阿泰尔最终成功潜入了堡垒中。
随后，他找到了哈米德丢失的手下——一个跟他一起被擒，另一个则被关在堡垒的另一侧。在释放了第一个手下后，阿泰尔穿过了各种阻碍到达了另一个手下所在处。在释放了两名手下之后，阿泰尔可以继续向要塞进发了。
当阿泰尔到达要塞时，一群圣殿骑士挡住了他。他们问他能不能打过挡在他面前的圣殿骑士军，结果就被阿泰尔解决掉了。
随后，阿泰尔便继续深入探索要塞，一路上手刃卫兵，穿越障碍。接着，他看到阿德哈被拖下Tyre城的港口，她高喊着阿泰尔而后者便冲去救她。
此时，巴西利斯克出现并要与阿泰尔一战。阿泰尔接受了此战。经过一番鏖战，阿泰尔最终更胜一筹，战胜并击杀了巴西利斯克。结果这时阿德哈所在的船离开了码头。阿泰尔试图救她，但未能赶上。巴西利斯克的船起了火，阿泰尔迅速的逃离了现场，但船已离港，阿泰尔只能看着它离开。
数年后阿泰尔才再次找到阿德哈，但为时已晚，他只能为她复仇。在一阵愤怒和冲动下，阿泰尔杀掉了所有和阿德哈之死相关的人，但此事并未给他带来任何的愉快，因为这样既不能缓解他的悲痛也不能使她回转。
在1191年初，阿泰尔和马利克·卡达尔·阿-赛义夫兄弟一同前往所罗门神殿执行任务，从圣殿骑士手中取回一个宝物。在穿过地下墓穴后，阿泰尔违反了刺客教条中的两条，但高傲地无视掉了对他的警告，对他身为高级刺客充满自信。
最后，在看到刺客组织的宿敌之一的罗贝尔·德·萨布莱后，阿泰尔又违反了一条教条，使兄弟会处于险境中。在暴露行踪又尝试击杀圣殿骑士的大首领失败后，阿泰尔被轻易的阻挠并从神殿丢出，使马利克、卡达尔独自留于神殿中面对圣殿骑士。阿泰尔逃离了神殿和耶路撒冷，返回总部报告他的失败。
在回到马斯亚夫时，阿泰尔遇上了拉乌夫，他告诉阿泰尔阿尔莫林正在等着任务进行的情况。在要塞大门，阿巴斯和阿泰尔相互指责了一番后，阿泰尔便前去告知阿尔莫林他未能取回圣殿骑士的宝物，阿尔莫林狠狠的斥责了阿泰尔。不久，马利克便带着宝物回来了，虽活着却是孤身。他的左臂严重受伤，一回到就大声斥责阿泰尔导致了卡达尔的死。还没来得及干别的事，圣殿骑士就攻打到了马斯亚夫。
圣殿骑士们占领了村庄，屠杀着村民，围攻着城堡。阿泰尔和一些刺客奔去保卫村庄。阿泰尔击杀了许多圣殿骑士，但后面有些难以抵抗，便和拉乌夫及一些刺客逃回要塞。随后，阿泰尔和拉乌夫与其他刺客们一同领导起要塞的保卫战。他来了一发信仰之跃，潜行到圣殿骑士军后方，释放出一连发的树桩，碾压着圣殿骑士军，迫使他们撤退。
袭击结束后，阿泰尔在所罗门神殿的行为问题被再次提起。阿泰尔因违反三条教条，未能取回圣殿骑士宝物，导致一名兄弟死亡和另一名兄弟残疾，并且要为在圣殿骑士袭击中死亡的人负责，故被认定为教条的叛徒。阿尔莫林在整个刺客组织的人面前宣布了这一裁决，并用一把匕首刺进了阿泰尔的腹部。
阿泰尔从“死者之眠”中醒来，并问阿尔莫林为何他还活着。阿尔莫林告诉阿泰尔，他只是想让他见见他所应该见到的东西。随后，他剥夺了阿泰尔的等级和装备，以此作为另一种惩罚，同时又给他救赎的机会。
再次以新手的身份开始后,阿泰尔被指派去除掉马斯亚夫里那个让圣殿骑士进来的叛徒。阿泰尔成功的完成了任务，回到阿尔莫林处，并得回他的袖箭和长剑作为奖励。由此，他再次成为刺客组织的正式成员。此时，阿尔莫林给他一笔交易——以九个人的性命换取他自己的性命。
阿泰尔开始了他的追寻，启程离开马斯亚夫前往大马士革追击他的第一个目标：塔米尔。到那儿后，他先去当地的刺客分部获取刺杀的许可。拉菲克拒绝了他，要求他先获取一些关于他的目标的情报。
阿泰尔穿过城市贫民区，询问了线人、偷取了信件和地图、探听了关于他的谈话，最终得知了他的所在之处。带着这些情报，他返回分部，并获得了刺杀的许可，以及一只白羽毛，这只羽毛将被用于蘸取死者的血，以证明任务完成。
在市场区，阿泰尔目睹了塔米尔杀死一名商贩，然后在他视察商铺时阿泰尔击杀了他。返回分部后阿泰尔即启程返回马斯亚夫去见阿尔莫林。阿尔莫林将阿泰尔救赎之路上的第一步奖励给他，并把他一个装备给还。阿泰尔随后就启程前往其他地方，艾可和耶路撒冷，去追击他的下一个目标。
到艾可后，阿泰尔和分部首领会面，收集了一些关于他的目标，驻院牧师骑士的首领，加尼耶·德·纳布卢斯的情报。得知加尼耶在该市贫民区的驻院牧师医院里，并且还买卖其他城市的人口到艾可来供他做实验后，阿泰尔潜入了该医院。
在那里，阿泰尔看到加尼耶手中的一名囚徒正想逃跑。那人逃跑失败被捉住了，加尼耶便下令断了他的腿以防他再逃跑，然后把他重新带回了医院。之后，加尼耶继续他的日常病人巡查，最后被阿泰尔刺杀。
临死前，加尼耶说他曾用伊甸园苹果来施行他的实验，但丢失了苹果后，实验进程减慢了。他坚信他确是在帮助那些他正在用于实验的人，使得阿泰尔也在质疑他自己对于加尼耶实验的看法。
到了耶路撒冷的分部后，阿泰尔受到了马利克，该分部新领导的冷酷接待。随后，马利克不情愿的派遣阿泰尔去进行调查，然后在他回来时以同等方式接待了他。在阿泰尔获得许可和羽毛后，阿泰尔便进入了他的目标塔拉勒的奴隶建筑群，但遭到埋伏。
击败伏击者后，阿泰尔一路追踪塔拉勒，最后赶上了他，将袖箭刺入他的脖子结束了他的生命。然后阿泰尔返回分部、返回马斯亚夫向阿尔穆林报告，并得回另一件装备。之后阿泰尔启程去击杀新目标。
阿泰尔回到大马士革去刺杀被称作“商贾之王”的阿布尔·努库德。在经过一番调查之后，阿泰尔从拉菲克那儿获得羽毛，就前往一个正在进行聚会的商人宫殿。
阿泰尔潜入并在阿布尔·努库德开始他的讲话前到达了宫殿。阿布尔·努库德斥责他的客人们不耐烦和心不在焉，然后道出了那送上的酒已被下毒。一些与会者开始倒下，阿布尔·努库德下令叫弓箭手射死其余的人。
穿过惊恐的人群，阿泰尔攀上宫殿墙壁，杀掉了部分弓箭手，然后成功的登上目标头上的屋顶。随后阿泰尔一跃而下，杀掉了“商贾之王”的保镖，一路冲向阿布尔·努库德并杀死了他。此举再次引起该市的全面警备，最终阿泰尔甩掉了追捕他的侍卫，回到分部，报告了任务成功的信息，之后便返回马斯亚夫。
阿泰尔接下来的任务是刺杀蒙费拉的威廉，他是艾可市的摄政王也是狮心王理查的中尉。阿泰尔仍是先与分部首领会面，并到该市的富人区收集情报，得知他将在那天觐见理查德王。
在威廉和理查德在城市堡垒墙外争吵的过程中，阿泰尔慢慢靠近，待理查德王离开后，就潜入了城堡。待威廉训斥完并遣散他的手下后，阿泰尔从高处跃下，杀死了这个蒙费拉的侯爵。然后跟往常一样，阿泰尔离开该城市，前往耶路撒冷去击杀他的下一个目标。
在耶路撒冷，阿泰尔发现了他的第六个目标：马吉德·阿丁，他是该市非法的统治者，还自己扮成法官、陪审团、行刑者。在马吉德·阿丁的一次公审中，阿泰尔穿过人群，登上马吉德·阿丁所在的审判台，杀死了马吉德·阿丁，并救下了一名将被处死的刺客。逃脱追捕后，阿泰尔返回马斯亚夫。
得到作为奖励的等级和装备后，阿泰尔要求阿尔莫林告诉他这些目标之间的联系。阿尔莫林说，这九个目标都是圣殿骑士成员，然后马利克从罗贝尔·德·萨布莱那儿抢回的宝物具有控制人心的力量。听闻这个事实，阿泰尔若有所思，之后再次前往艾可和大马士革。
阿泰尔的第七个目标出现在了艾可。这个目标名叫席班德，是条顿骑士团的大师，并对杀死了他那些圣殿骑士兄弟的刺客存有多疑之心。向分部报告并做调查之后，阿泰尔来到了该城市的港口，看见席班德错误的将一名过路的学生当成刺客杀掉，然后回到了他的船上。
阿泰尔穿过港口和停靠的船只，来到席班德的船上，并将他杀掉。城市警备再次响起，阿泰尔成功逃脱。在把那只蘸有席班德的血的羽毛交给拉菲克后，阿泰尔回到马斯亚夫。
在大马士革，萨拉丁的首席学者朱巴尔·哈基姆，开始焚烧城市里的书，试图将该市的历史付之一炬。阿泰尔来到分部，收集了情报，拿到了羽毛，就开始前去刺杀朱巴尔·哈基姆。
朱巴尔·哈基姆被许多追随者簇拥着，他们都穿着一样的衣服；幸亏阿泰尔获取到了相关情报，得知朱巴尔·哈基姆样貌如何，将在何处出现。于是不多时，朱巴尔·哈基姆便同他的圣殿兄弟们一样，加入了死者的行列。阿泰尔逃脱了城市守卫的追击后便回分部向拉菲克报告情况。
回到马斯亚夫，阿泰尔就只剩下一个目标——圣殿骑士的领导者了。阿泰尔和阿尔莫林相谈，说那伊甸园苹果实为一种诱惑之源。阿尔莫林说，罗伯特虽也像刺客那样寻求和平，但却是通过苹果的力量来实现。阿泰尔即认为罗伯特之死方为结束圣殿骑士对统治之追求的唯一途径。
看来罗伯特已经到了耶路撒冷参加马吉德·阿丁的葬礼，以表现出一种穆斯林和十字军间的合作与友谊。在为此次袭击收集了情报后，阿泰尔和马利克碰面。马利克此时觉得阿泰尔已经改变不少，于是也改变了对阿泰尔的态度。到达墓地后，阿泰尔藏身于人群中，不过不久就遭到圣殿骑士的伏击，看来他们早已预料到阿泰尔将会前来。阿泰尔一一击杀了这些圣殿骑士和穆斯林守卫。
冲突中，阿泰尔击败了罗伯特，摘下他的头盔，却惊讶的发现，那人只是个诱饵。阿泰尔一开始以为这是巫术，不过看着那女人站在自己面前，那番惊讶迅速的消失了。她告诉阿泰尔，罗伯特利用她为他争取到的这段时间前往了阿尔苏夫，希望能将穆斯林和十字军联合来对抗刺客们。
因为她并不是目标，所以阿泰尔未将她杀死，随后便返回分部将此事告诉了马利克。此时，马利克认为阿泰尔已经悔悟，他告诉阿泰尔最好还是先回马斯亚夫跟阿尔莫林报告事情的发展，但阿泰尔认为时间紧迫便拒绝了。
阿泰尔指责马利克躲藏于信条之后，逃避着不想看到的事情。随后，阿泰尔便启程前往阿尔苏夫。
到阿尔苏夫后，阿泰尔发现十字军和穆斯林军队的交战已经开始。阿泰尔在战场上杀出条血路，到达理查德王的军营，却被错当作是来谋害国王的。
阿泰尔否认了这一点，然后向十字军首领告发了罗伯特及其追随者的背叛。尽管罗伯特·德·萨布莱否认这一指控，但理查德王并不信服。
理查德王决定将决定权交予上帝，下令双方对决以定真相。于是阿泰尔就与罗伯特·德·萨布莱和他的精英圣殿骑士交战，最终将他们一一击败。
罗伯特在弥留之际，向阿泰尔揭发了阿尔莫林实为圣殿骑士的事实，并指出阿泰尔只不过是他对苹果的追寻中一名不开窍的兵卒，同时也是将其他知晓此事之人除去的工具。随后，理查德王向阿泰尔为他的胜利道贺，并抒发各自对和平的看法。之后，理查德王准予阿泰尔离开阿尔苏夫，阿泰尔便前往马斯亚夫去探查关于他导师的真相。
来到马斯亚夫，阿泰尔发现村民们都处在一种恍惚的状态，他们说阿尔莫林是“将他们引向光明”的人。在登上前往马斯亚夫的山时，阿泰尔遇上了一些受阿尔莫林控制处于恍惚状态的刺客，他们袭击了阿泰尔。阿泰尔别无他法，只得将他们一一击败。然而，阿泰尔才刚得以喘息，又一波受控的刺客冲了上来，而且人数大大增多，阿泰尔险些招架不住。
幸运的是，马利克和一些刺客赶到，击杀了一些受控的刺客，其余的受控刺客见状四下逃走。阿泰尔让马利克去引开要塞外受控的刺客以便他能比较轻松地接近阿尔莫林。马利克便带着他的人手潜入了要塞。
阿泰尔面对着阿尔莫林的幻影。
阿泰尔在那被称作是“天堂”的要塞花园里寻了一会儿他的前主公阿尔莫林，就被苹果的力量擒住了。阿泰尔看到阿尔莫林就在他上方的阳台上，便要求他对这一切作出解释。阿尔莫林于是道出了他利用这从所罗门神殿里得来的苹果，通过解决掉头领的方式结束了十字军东征，随后又控制了人们的思想以获取他们的服从，从而保证绝对和平的事实。
说完这些话后，阿尔莫林便使用苹果的力量来创造出阿泰尔曾杀过的九个圣殿骑士的幻影，这些幻影杀向了阿泰尔。阿泰尔在将他们一一击杀后，再度为苹果的力量所擒。这回，阿尔莫林亲自对抗阿泰尔，并创造出数个自己的幻影来协助自己。阿泰尔小心提防着，成功的将幻影一一击破。
最终只剩下阿尔莫林本身了，他将阿泰尔再次擒住。接着阿尔莫林向阿泰尔说道，他虽和罗伯特那样寻求和平，但他想独占这只苹果，所以那个圣殿骑士必须死。阿泰尔质问阿尔莫林为何不用苹果之力像控制别人那样控制他，阿尔莫林说他试过了，但是失败了，阿泰尔的精神之力出乎他的意料。
随后，阿泰尔和阿尔莫林进行了最后的对决。经过一番鏖战，阿泰尔最终击败了阿尔莫林。阿尔莫林临终前表示阿泰尔不能也不该将那苹果毁灭。
阿尔莫林既死，苹果从他手中滚落出来，激活了自己。这时马利克和手下赶到，阿泰尔和他们观看着从那晶球里投射出的全息投影，那是一张世界地图，上面标记了其他一些伊甸碎片的所在地。
就在杀死了他的拉希德丁·锡南之后, 阿泰尔带着他的尸体走过城堡，为他的前任导师举行了一个简单的葬礼。但阿泰尔担心伊甸苹果能用某种方式将拉希德丁·锡南复活，因此，他决定烧掉拉希德丁·锡南的尸体。在阿巴斯到达以后，他对阿泰尔的行为感到十分愤怒（刺客认为应尊重逝者）。即使在阿泰尔尝试着解释后，一些刺客与马斯亚夫居民仍然感到愤怒。无论如何，这个组织被分成了两部分：一部分忠于阿泰尔，另一部分则认为阿泰尔为得到导师的位置而发动了一场政变。
一些刺客开始攻击阿泰尔，他们认为阿泰尔是个叛徒而且这个叛徒还烧掉了导师的遗物。当阿泰尔对付这些刺客时,阿巴斯偷走了伊甸苹果并跑出了城堡。阿巴斯爬上了瞭望塔，并使用了伊甸苹果，苹果不停地消耗着他与其他刺客的生命。
为拯救阿巴斯与其他刺客的生命，阿泰尔爬上塔楼并打败了阿巴斯，收回了伊甸苹果。在阿巴斯祈求宽恕时，阿泰尔凝视着那伊甸苹果，问这上古神器是否教给人类知识或带领他们走出困境。在这之后，阿泰尔恪守着信条，确保没有一个参与叛乱的刺客受伤或被杀。在处理完叛乱后，他又去安抚叛军，让他们相信拉希德丁·锡南是有罪的，是无法领导这个组织的。他的努力是成功的，阿泰尔最终赢得了刺客们的心。
在这个过程中，阿泰尔得到了整个组织的尊重，忠诚与信任。为了讲述他这一生所经历的事，阿泰尔开始撰写密函，将其作为一种讲述自己生平与感悟的日志。 在成为导师之后，他大幅地改变了那些刺客们世代遵守的行为准则与仪式。圣殿骑士开始将他们的行为变得隐秘起来，于是阿泰尔也将自己的组织变得隐秘：他放弃了刺客所有的堡垒，并让他们的行动转入地下。
将塞浦路斯从布沙尔和他的圣殿骑士追随者的手中解放出来后，阿泰尔打算将苹果封存在利马索的档案馆里，后来又觉得他带着会更好些，在接下来的几年里他不时地观察着苹果。
1193年，阿泰尔和玛丽亚在利马索结婚了，塞浦路斯人出于尊敬便腾出来一个岛来给刺客做基地。马尔科斯是婚礼嘉宾之一。在回到马斯亚夫后，他们的大儿子达里姆诞生。大概在1204年左右，阿泰尔开始在一些地方建立刺客组织，不过到了君士坦丁堡时，因为第四次十字军东征在民众里造成了骚乱，阿泰尔被迫撤离。
通过研究伊甸苹果，阿泰尔发现了一种金属，这种金属比那时所知的任何金属都要轻便和强力。他为自己打造了一套铠甲，随后又决定将配方毁掉以防落入坏人之手。和他的前导师不同的是，阿泰尔允许组织成员向自己的孩子表达爱。
阿尔莫林认为爱会使人脆弱，但阿泰尔认为爱能使人更愿意为正确的事业牺牲。随后在苹果的帮助下，阿泰尔得以重新设计了袖剑，使之带有一个可以发射小物体的装置。
1217年，铁木真迅速地自东方逼近，并阻止刺客组织的发展。阿泰尔怀疑他也有一块苹果碎片，于是阿泰尔、玛丽亚和达里姆（已是一名娴熟的弓箭手）启程前往蒙古。他们的儿子塞夫则留下照顾他的妻儿，而马利克则临时执掌刺客组织。
到了蒙古，他们和刺客高曲兰会合，一同前往术省的Xing-ging，而该地那时正被蒙古人围困。达里姆发现一个能很好观察蒙古军营的有利位置，并解决掉了可能发现他们的守卫，而阿泰尔和高曲兰则潜入营地内。然而，阿泰尔因年老丧失了部分秘密行动的能力，被一个守卫发现。
守卫击伤了阿泰尔，不过在他拉起警报前就被高曲兰杀掉了。高曲兰成功的将阿泰尔救出营地。随后，高曲兰和达里姆想了个计划迫使铁木真出营帐。铁木真在意识到危险后，企图骑马逃跑，不过他的马很快就被高曲兰射中。紧接着，铁木真就被达里姆射中而丧命。任务成功后，阿泰尔一家便返回马斯亚夫，而那时距离他们离开已有十年。
当于1228年他们回到马斯亚夫，他们遇上了来迎接他们的斯瓦米，这个曾经的学徒只对打架充满热情。阿泰尔问他为何不是按照信中要求的那样由拉乌夫来迎接。斯瓦米表示拉乌夫已经在他不在的时候死于高烧，而马利克已被关入监狱。由于没人来领导组织，于是成立了一个委员会，其中阿巴斯·索菲安为领导者。阿泰尔和玛丽亚不相信这种情况，又问塞夫去哪儿了，斯瓦米回答说他已经逃到了阿拉穆特。
达里姆便启程去阿拉穆特去接他的弟弟，而阿泰尔和玛丽亚继续向城堡进发。城堡似乎已处于半荒废状态，阿泰尔领导时的生气已然全无。他们被领到了城堡右翼的一个房间，虽然阿泰尔觉得他的住所应该是在大师之塔里。第二天，他们前往大师之塔前见委员会。半途中，斯瓦米出现并带领他们走完了剩下的路程。到了那里，阿泰尔发现委员会的成员多是组织里没有什么意志的人。
阿巴斯看来已经按着自己的意志操纵了整个委员会。阿泰尔向委员会告知了蒙古之行的情况，随后阿巴斯跟他说了塞夫的情况。他表示，塞夫已为马利克所杀，因为塞夫可能发现了马利克正打算把整个组织据为己有。阿泰尔闻言大怒，要求将组织的掌控权交还于他，因为这是信条的规定。阿巴斯微微一笑说，信条早已不是那样了。
阿泰尔和玛丽亚回到了他们的住处，阿泰尔开始反思他在马利克一生中对他制造的各种伤痛。玛丽亚说服他说，马利克绝不会背叛他的，于是阿泰尔决定潜入马斯亚夫地牢。他避开了巡逻的守卫，最终到了监狱所在处。让阿泰尔又气愤又松了口气的是，监狱守卫在睡觉，使得他可以轻松进入牢房。阿泰尔在牢房的角落发现了马利克，他已经瘦得皮包骨，头发、胡须很长。
阿泰尔将守卫击晕，然后将马利克的手臂搭在自己的肩上，将他带回了住处。在那里，马利克道出了阿巴斯早在两年前就发动了政变，使人杀死了塞夫，然后将罪名贯在他头上。马利克对自己没能做个好领导而感到愧疚，说要是阿泰尔在的话就不会有这些事了。阿泰尔和玛丽亚等马利克入睡后便前去与阿巴斯对质。
他们俩一起见到了阿巴斯，而斯瓦米不久之后也到了现场，他将一个麻布袋交给阿巴斯。阿巴斯看了一眼，就将袋子交给阿泰尔。阿泰尔打开一看，发现里面装着马利克的头颅——原来马利克独处之后不久就被斯瓦米杀害。阿巴斯当着其他人的面问阿泰尔为何潜入监狱，其他在场的刺客闻言纷纷对阿泰尔的动机表示怀疑。
阿巴斯说阿泰尔不在掌控组织的状态，要求阿泰尔把伊甸苹果交给他。出于某种原因，阿泰尔同意了，将苹果取出，斯瓦米上去取。当斯瓦米接近阿泰尔时，他悄悄跟阿泰尔说，塞夫死前，有人告诉塞夫，是他父亲下令将他处死的。阿泰尔闻言勃然大怒，将怒火传到了手中的苹果，斯瓦米一触及之，即双目圆睁，嘴巴大开，从里面喷发出金光。
玛丽亚见状向阿泰尔大叫说阿泰尔已经被怒火所吞噬，正用苹果控制斯瓦米。只见斯瓦米掏出匕首，准备刺向自己的喉咙。阿泰尔这时停了下来，结果斯瓦米便转而将匕首刺进了正站在阿泰尔身边的玛丽亚的脊椎，玛丽亚应声倒地，最后在阿泰尔的怀里咽了气。阿泰尔再次与阿巴斯对质，而其他在场的刺客害怕他再次使用苹果。
考虑到处境不安全，阿泰尔决定逃出城堡。他逃到了村庄遇上了儿子达里姆。随后他去了阿拉缪特，并在那里与儿子、前儿媳妇和孙子们生活了二十年。阿泰尔开始对自己的行为悔恨，并完全将注意力集中在了对伊甸苹果的研究上，创作了新设计，技巧和药品。过了一段时间，塞夫的妻儿离开了阿拉缪特，大概是去埃及的亚历山大定了居。
达里姆见他的父亲沉迷于悔恨和苹果，不久也离开了阿拉缪特，前往法兰西和英格兰去警告他们留意来自蒙古的威胁。一次，苹果告诉阿泰尔有六个文物，阿泰尔将它们找来并藏了起来。苹果告诉他这些是给某人的信息，但阿泰尔并不知道是给谁的。
大约1247年的一天，阿泰尔正在马斯亚夫附近的一个水泉边睡觉，这时一个名为穆赫利斯的商人叫醒了他。不久之后，一群由拜哈斯及两个同伙组成的匪徒袭击了穆赫利斯。年逾80的阿泰尔成功的击杀掉了一名同伙，但他很快意识到因为自己年事已高，自己格斗技已经严重衰退了。
不久，阿泰尔双腿受伤，跌倒在地，拜哈斯正想借此机会杀死阿泰尔，被匪徒倒挂地绑在树上的穆赫利斯荡了过去抓住拜哈斯，阿泰尔立即将他的剑刺进拜哈斯的肚子，而穆赫利斯在半空中抓住了下落的拜哈斯的匕首，用它割断了绳子，站到阿泰尔旁边，一起面对剩下的匪徒。
剩下的匪徒发现局势逆转，就上马逃走了。穆赫利斯把阿泰尔带回家，他的妻女为阿泰尔疗了伤。在接下来的两天里，阿泰尔面色极度苍白，直到第三天才终于恢复了过来。穆赫利斯三天来一直在和阿泰尔说话，希望他能恢复意识，他说阿泰尔大师不会让阿巴斯这样一个不合适的领导者来领导组织。
阿泰尔听到穆赫利斯提到他的名字便醒了过来，道出了自己的身份。穆赫利斯把组织当前糟糕的状况告诉了阿泰尔，阿泰尔就借助例子向人们介绍组织正确的行事方式。他到了镇上，平息了镇上发生纷争，让商人们给他做了新的工具和药品。就在他在村子里前行时，阿泰尔注意到有个影子——一个刺客在跟着他。当他到了喷泉那里，那个人站在了他背后，跟他说起了话。
那名刺客表示，他是仅存的数名忠诚于老规则的刺客之一，名叫塔齐姆·阿塞夫，是阿泰尔的朋友马利克的儿子。阿泰尔跟他说，他打算取得组织的控制权，将它恢复到以前荣耀时的状态，恢复到拜哈斯的父亲到马斯亚夫前的状态，于是让塔齐姆集结所有还忠诚于阿泰尔的刺客。随后，阿泰尔在城堡门口遇上了塔齐姆，以及二十多个刺客。
阿泰尔让刺客们不要杀人，他说，身为刺客应当遵守教条——不论是忠于阿泰尔还是阿巴斯，都不应该杀自己的兄弟。这时一个阿巴斯的追随者听到了阿泰尔的声音，于是跑来，打算杀掉他，阻止他的起义。阿泰尔年事虽高，但以很快的速度躲开了袭击，解除了这名刺客的武装，使其暂时失去了战斗能力。一同来的那些忠于阿巴斯的刺客，消极的战斗着，很快就都被捉住或击晕了。
第二波刺客接着到来，这其中有刺客弓箭手，他们把箭上弓，准备着射击。阿泰尔希望弓箭手们能看到阿泰尔的手下并不想开打，能放下弓箭。当阿巴斯和阿泰尔看到对方时，弓箭手们放下了弓箭，阿巴斯手下的刺客们发现事情转折，也投降了。投降了的刺客们打开了城堡大门，阿泰尔和阿巴斯终于面对面了。
阿巴斯依然憎恨着阿泰尔，不相信关于他父亲的事实。这时阿巴斯开始意识到局势已经向阿泰尔方面发展，害怕他的对手会不费一兵一卒就夺回组织，便叫自己剩余的手下攻上去。
阿泰尔抬起手臂指向阿巴斯，一股青烟从他手上飘起——他最终第一次使用了他的袖枪。阿巴斯应声倒地，阿泰尔到他面前蹲了下来。阿巴斯说他依然不相信阿泰尔说的关于他父亲的事，他会在他的往生里找出真相的。阿泰尔再次成为了大师。
两天后，拜哈斯的父亲率军来到，不过阿泰尔成功的将他说服，说双方一战只会两败俱伤，拜哈斯的父亲才撤了军。
阿泰尔开始在马斯亚夫里阿尔莫林的花园曾经的所在处修建一个图书馆，并将记载有他从苹果那儿得知的知识的数千本书藏于其中。他在阿拉穆特居住时所得的5个封印则被用作图书馆的钥匙。图书馆于1257年完工后，阿泰尔叫达里姆将威尼斯探险家尼科洛·波罗和马费奥·波罗邀请来，将自己一生的故事告诉于尼科洛，而尼科洛随后将这些故事以游记的方式传给他的儿子马可。
此外，阿泰尔开始解散马斯亚夫的刺客组织，因为他认为刺客组织应当向世界传播，他希望能在新的国家里建立刺客协会，而波罗兄弟应该可以在这件事中发挥作用。1257年年末之时，蒙古人围攻马斯亚夫，尼科洛和马费奥不得不因此离开了。启程前，阿泰尔将他的手札交给他们，并将在其他国家建立刺客协会的事托付给他们。此外，阿泰尔还把那5个封印交给了他们，他们随后会将这些封印藏在君士坦丁堡里。阿泰尔随后亲自将他们送出马斯亚夫，沿途用伊甸苹果击退了蒙古人。站在马斯亚夫的大门口处，阿泰尔最后将他前面找到的5个（共有6个）记忆之封交给尼科洛，叫他藏好，以免落入歹人之手。不幸的是，波罗兄弟在回家途中丢失了阿泰尔的手札。
随后阿泰尔返回马斯亚夫城堡，遣散了其他人，然后准备进入已经由达里姆清空的图书馆。阿泰尔在图书馆大门前与儿子道了别，关上了大门，便带着苹果进入了图书馆的最深处。他将苹果放在一个底座上，并将它封入墙中。他随后在图书馆中间的一个椅子上坐下（在走在椅子前的时候他已经虚弱的不得了了，这也是阿泰尔老死的开端），并将一段记忆封入他的第六块也是最后一块封印上。最后，阿泰尔安静的离开了人世。
