邵云生于明朝正德年间，是皇帝后宫中的一位妃嫔。在宫里，邵云学会了刺绣等等妃嫔必学的技能，她对舞蹈和音乐也很有天赋。
1510年，还是个孩子的邵云目睹大太监刘瑾被凌迟处死，这充满血腥的场面使她终生难忘。
在邵云十几岁后，原本就不喜政事的正德皇帝看中了她，在接下来的十年中带着她四处游山玩水。邵云也因此见到了许多外国人。同时，她敏捷的身手也使正德着迷，正德私底下常派她去捉弄宦官和大臣，以此来找些乐子。
十三岁时，邵云靠她的才华和她与正德的感情成功升为皇妃。因为那猫般的优雅气质、未经缠裹的双脚和丰满的胸部，她总能在与好友张妃的竞争中胜出。不过正德帝始终没有临幸于她。
1521年4月，正德驾崩，朝廷内一片混乱，诸位官员为下一任皇帝的人选争吵不停。邵云意识到她晋升皇后的机会可能会因此丧失，除非新皇帝能喜欢上她。于是她就用自己匿踪潜行的天赋刺探出了维护自己地位的方法，也无意中发现了以八虎为首的圣殿骑士与刺客的斗争。不久后，她发现八虎正在策划控制新帝，而对于她自己来说，获取自由的方法就是加入刺客。因为八虎在朝廷中极具势力，所以邵云通过王阳明接触到了刺客组织，他们潜入皇宫将她救出。
邵云对救出自己的组织十分忠诚，王阳明作为她的导师，将毕生所学倾注其身。邵云晋升为新手刺客后，王阳明将足刃交付给了她。在1524年的大清洗中，年过半百的王阳明为躲避朝中八虎的追杀，决意辞官回乡讲学。王阳明走后，朱久元代其成为邵云的新导师。在朱久元的教导下，邵云成长为正式刺客，并执行了信仰之跃。
多年后，邵云和她的导师希望能够救出更多和邵云类似的妃嫔。但在冲入皇宫中后，邵云发现那些和自己一起长大的玩伴已被嘉靖下令凌迟处死，便和自己的导师逃出了宫中。
在逃离前，邵云发现了儿时的伙伴张妃，但张妃却坚持要留下来，因为她已是一国之后。她请她的这位老朋友安静地离开，她也并不在乎八虎和圣殿骑士的事。曾为妃嫔的邵云理解她的想法，便悄悄潜出了紫禁城。
在嘉靖的大清洗中，刺客组织受到了严重的打击。剩下的残兵败将也都被迫西撤。邵云和导师也不例外，他们比自己的兄弟们逃得更远——来到了意大利。邵云的导师希望能够找到意大利刺客的导师艾吉奥·奥迪托雷，寻求他的帮助。
1524年前，邵云和导师已经来到了威尼斯。但嘉靖的手下也紧追而上，在威尼斯杀死了导师，邵云则侥幸逃脱。之后，邵云来到了艾吉奥·奥迪托雷在托斯卡纳的庄园。
邵云首先见到了艾吉奥的女儿弗拉维娅·奥迪托雷，艾吉奥起初误以为她是敌人，但在见到了她身上的刺客徽记后才放下了戒备心。之后，艾吉奥和他的夫人索菲亚·萨尔托和邵云谈话，得知了她希望寻求艾吉奥的帮助，重建自己的组织。已经退休了的艾吉奥起初并不愿意，试图赶她出门，但索菲亚看见邵云跋山涉水，心软让她留下来借宿。邵云也欣然答应。
第二天，邵云未经允许闯入了艾吉奥的书房，看到了他的一些信件。艾吉奥发现时十分愤怒，将她赶了出去，跟她说来这里是浪费时间。邵云则复述了一段艾吉奥自己写的信件，表示自己只是想明白如何像他那样建立自己的组织。艾吉奥随后告诉了她为何自己不愿相助，然后邀请她一起去佛罗伦萨，帮他处理丰收了的葡萄。
艾吉奥将邵云带到了领主宫——几十年前，奥迪托雷家族就是在这里惨遭灭门。艾吉奥告诉邵云，刺客们通过忍受痛苦、给别人带去痛苦，目睹痛苦，最终以此来终结痛苦。谈话结束后，艾吉奥和邵云准备离开佛罗伦萨，但却被嘉靖的手下发现。邵云成功地杀死了追兵，然后和艾吉奥一起逃离佛罗伦萨。
在回到庄园的路上，邵云跟艾吉奥讲述了自己的经历。之后，艾吉奥让索菲亚带着孩子们去马基雅维利家避难，独自和邵云留下来面对即将到来的追兵。当晚，艾吉奥跟邵云更详细地描述了自己是如何通过友情和爱打败了博吉亚家族，又是如何重建了罗马和君士坦丁堡的兄弟会。之后，邵云便回房睡觉了，而艾吉奥则是独自站在客厅的壁炉前。
艾吉奥将先行者之盒交给邵云离去第二天早上，邵云收拾行装后和艾吉奥道别，准备踏上回到中国的旅程。在她走前，艾吉奥给了她名为先行者之盒的伊甸碎片，并说只有在她‘失去方向’时才能打开。
邵云在1526年回到中国，她通过一个废弃的兄弟据点最终找到了王阳明。她告诉了王阳明她的经历，她导师的死亡，以及艾吉奥·奥迪托雷。王阳明自从帮助邵云逃出紫禁城后就再也没有见过她，这次见面让他感到印象深刻：曾经的嫔妃已经一个优秀的刺客，她不仅是朱久元的徒弟，而且师从于那个意大利传奇。之后邵云根据自己的特点发明了新的刺客装备 - 绳镖。
邵云给王阳明展示了艾吉奥送给她的盒子，王阳明惊讶的发现这竟然是第一文明的造物。之后她说了艾吉奥的原话，只有在她‘失去方向’时才能打开。邵云承认她自己在重建兄弟会的强烈愿望和找出并杀死八虎的必然使命中左右为难。她和王阳明打开了盒子，其中却空无一物。王阳明认为这个盒子只是艾吉奥想引导她继续完善自身，直到完成她的使命。
但此时邵云的心中唯有愤怒，她认为要重建兄弟会只有亲手杀死八虎，以血还血。之后新的中国才能逃脱圣殿骑士的魔掌。她接受了王阳明的方案以盒子为诱饵，引诱八虎出动。
1526年，邵云以先行者之盒为诱饵诱使自己被抓，而后被八虎之一的高凤囚禁在老刺客据点麦积山石窟。邵云被关在石窟深处的一个笼子里，高凤没收了她身上的所有物件，其中也包括先行者之盒。高凤问邵云关于这个盒子的事，但邵云始终闭口不答。愤怒的高凤说马永成会解决这事的，话毕便转身离开。邵云踹开了笼门，逃了出去。
在出石窟的路上，邵云把武器都找了回来，并救走了同样被囚的刺客线人洪立威。潜出石窟后，邵云用剑将高凤杀死，然而先行者之盒并不在他身上。
在杀死高凤后，邵云继续在麦积山石窟里探索。她在石窟里找齐了三份刺客卷轴，随后在山顶施展信仰之跃，被王阳明驾驶的稻草车接住。邵云向王阳明汇报高凤已死，而王阳明也向邵云透露了“屠夫”马永成的死讯。可惜的是，王阳明也没有在马永成身上找到先行者之盒。但王阳明并不着急，他说兄弟会会找到先行者之盒的。
邵云从谷大用手里拿回先行者之盒
一段时间之后，王阳明探出先行者之盒在澳门，第三位八虎谷大用的手里。邵云在渗透澳门码头据点的过程中发现有三位葡萄牙商人近期通过与八虎狼狈为奸，并杀害刺客盟友得到了巨大的财富和地位。邵云解决了这些商人，释放了奴隶，刺杀了谷大用并取回了盒子。
此时，八虎之一的丘聚发现了邵云的行踪，他派人在澳门四处纵火进行报复，邵云在千钧一发之际逃离了澳门。大火最终烧死了许多无辜者，邵云对此十分自责，这一切归咎于她的复仇欲望太重。王阳明告诫她，寻求复仇并不与刺客的事业冲突，但绝不能被一心复仇蒙蔽了自己的双眼，就像以前艾吉奥告诉她的。
1529年，邵云和王阳明到南安暗杀魏彬。邵云一路上都在反思在澳门发生的事，王阳明的教诲在她的脑海中回荡。在南安城里，她为陨落的同袍点燃了五支蜡烛，以表自己的悼念之情。在穿过热闹的市区后，她
悲痛万分的邵云
刺杀了魏彬安排在城里的三个火枪侍卫，随后一路爬上魏彬所在的小楼，在小楼的顶层杀掉了魏彬。
令邵云没想到的是，张永竟然也在南安，而且圣殿骑士已经知道王阳明在哪——在邵云追捕魏彬的时候，张永也在追捕王阳明。魏彬在临死时得意的向邵云道出了这一切，还不忘嘲讽道：
“你很快就会成为最后一名刺客了。”
邵云立即离开去救她的导师，但为时已晚，她目睹了张永杀死王阳明并夺回先行者之盒。在击杀张永留下的士兵后，邵云在她已故导师的尸体旁追悔莫及，并意识到如果复仇会导致她不断失去她所关爱的人，那复仇就毫无意义。
如今邵云已经是中国的最后一位刺客，她在1530年时联系到了儿时的伙伴，已是皇后的张妃，她有张永行踪的线索。为了见到张妃，邵云潜入了紫禁城，并救下了为张妃传递消息的丫鬟。完全出乎她意料的是，整件事都是张永和丘聚通过胁迫张妃最终为她设下的圈套。邵云原谅了张妃，因为张妃若是拒绝和八虎合作的话会有性命之忧。
圣殿骑士们嘲笑邵云，并说正是因为刺客太过轻信他人，才使得圣殿骑士有机会摧毁兄弟会并杀死了她的导师。之后丘聚主动请缨和邵云决斗，邵云聪明的击落了丘聚头顶的灯笼点燃他的衣服，并顺利击杀了他。此时掉落的灯笼燃起大火，邵云最终通过信仰之跃跳到了护城河中逃跑。
1532年，邵云一路追踪最后一位八虎 - 张永到了长城。她发现张永为了保住自己地位不失，竟然和蒙古可汗俺答汗密谋要把蒙古铁骑放入关内，一路横扫中国生灵涂炭。为了阻止这个疯狂图谋，邵云在蒙古大军到来之前及时关闭了大门，并杀死了数位蒙古斥候。之后蒙古大军用投石机向长城发起了总攻，在一片混乱中邵云终于来到了张永面前，却得知张永已经把先行者之盒偷偷送往海外，她此时的目标就是消灭张永。
经过一番激战邵云杀死了张永，消灭了所有八虎并清除了圣殿骑士在中国的影响。邵云意识到，一味追求复仇是没有意义的，而且她已经找到了一个更好的目标：未来。邵云发誓要重建中国刺客兄弟会，为人民带来自由。
邵云最终成功在中国重建刺客兄弟会，招募新成员，并获得导师的头衔。到了1567年，她已经是一个睿智的长者。作为导师，她向兄弟的年轻成员分享她的知识，并委派各种任务给刺客以考验他们。邵云谋划了对嘉靖皇帝的刺杀，她把水银混进了嘉靖的“长生不老药”里，夺去了这位残酷君主的性命。
