“兰斯，听说你的计划差点就失败了？这是怎么回事？”办公室里，一个坐在办公椅上的穿着黑色西装，而西装胸口上还有一个R字母的中年人问到。他傍边还有一只猫老大，可以看出他是个爱猫人士，没错，他就是坂木。
兰斯：“机器上装的精灵球还好已经让马志士带回来了！本来还想抢一些训练家的精灵，但是一个小女孩妨碍了我”。
坂木：“哦？小女孩？有点意思”。
兰斯：“这次我只带了大嘴蝠，是她运气好！不过下次她可没那么好的运气”。
这时候，办公室里又来了个人，他和兰斯一样，也是蓝头发，不过他穿的是白色的制服，而兰斯是黑色的，兰斯看着阿波罗慢慢走过来，一看就知道阿波罗是来嘲讽他的。
阿波罗：“哈哈哈！兰斯，你实在是太丢人了，让你们出去执行任务，你居然差点被小女孩捣乱计划。真是可笑！”
“好了！至少也带回来了不少精灵可以研究，虽然第一只超梦不知道是什么原因暴走，接下来第二只不能有差错，你们都下去吧！”坂木说道。
“是x2！”随后两人纷纷走了出去！
“新人训练家们，真正的戏还在后面呢！你们会带给我什么惊喜呢？”
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“这……这里是哪？”小雨缓缓地睁开了双眼。
“雨，你醒了！你没事真的是太好了！”守在一旁的西狮海壬见到小雨醒了，立马抱着小雨。
“嗯，我没事！不过我们我们这是在哪？”小雨看了看四周，发现自己躺在一沙滩上，这里是个小岛，傍边四周基本都是海，然而她们不知道那个秘密，而这个岛就是之前暗影团实验失败的那个岛……
两人只能毫无目的的前往森林里去……“唰唰唰！”就在这个时候，在小雨的右手边的树林里，发出了草叶摩擦的声音。
“雨，你有没有听到什么声音？”听了西狮海壬的话小雨立刻警觉了起来，向右手边的草丛看去，仔细一看，发现在右手边树林的深处，似乎有一只没见过的精灵，看起来有点像美纳斯，又有点像纱奈朵，不过好像受了很重的伤，接着她看着小雨一眼后就消失了……
“那……那是什么神奇宝贝？我怎么没见过？”小雨看着那那消失不见的精灵的方向刚好有一个废旧的古殿遗迹。
小雨发现这座古老的神殿墙边壁画好像记录了什么！”接着一看，发现背后在墙壁上有许许多多的壁画，而壁画上讲述了关于这座岛的故事，还有关精灵力量回归原始的记载
“好像是指mega之石……”
“mega之石是什么？”西狮海壬十分好奇。
“mega之石就是可以让精灵进化后的最终形态还可以再次进化就叫mega进化，而且mega进化战斗过后还可以变回原来的形态。”
小雨本来并不懂壁画之类的事，不过看到了有关mega之石的记载，小雨想到了自己前世的记忆，所以像西狮海壬解释道。
接着又开始往遗迹里走去……而她们不知道在遗迹上方，一个能看见一个小山坡上站着一群人，这群人穿着黑色的制服，头戴黑色帽子，还带着黑色的墨镜。
这群人面相不善，在他们的黑色制服上印着一个红色的字母y。
“队长，那个女孩……？”人群中走出一个拿着设备的人，那个人对这个人群中最有威严的人问道。
随后只见那个最有威严的人说道“不用管她，就一个小女孩而已，要是干扰到我们，直接抓起来绑着就是了，那只精灵受了重伤，先找到那只精灵再说，应该跑不远！”
“是！”……
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“这里是…实验室吗？？”
小雨走进了遗迹里，里面并不是什么古遗迹，而是被人改造过的一间大型的实验室，有电脑还有一些原本应该是装着什么试剂的管子，还有手术台等等什么的，应有尽有。
而另一边……
“队长，请下命令吧。”
“明白了。”那个最有威严的人说道，“动手吧，弟兄们。”这个人一声令下，周围的人扔出了他们的神奇宝贝――班吉拉、快龙、暴蝾螈、巨金怪、盔甲鸟、大嘴雀、胡地……这些精灵出来后，便同主人冲向了那只疑似莎奈朵的精灵，战斗一触即发……
小雨四处望着，发现在神庙里除了实验室，居然还有个湖水，而傍边居然还有个潜水艇，不过从它上岸的痕迹来看，是强迫靠岸的，而且痕迹还很新，应该是不久前留下的，而且上面还有一个大大的紫色字母Y，这让小雨有点疑惑。
“难道是什么组织？！算了！上去看看就知道了！”
此时，外面的关东各地也都异象纷纷，至于外面有多糟，电视也在播放着此事，而小雨则是毫不知情……
“可恶，受了这么重的伤？还这么厉害？居然可以坚持这么久！”突然，无数雷电出现在小雨前上方，雷电下一道粉蓝色的身影从上方掉落下来。
“这什么情况啊！”小雨大喊道，西狮海壬连忙抱着小雨往一旁闪去。
小雨定睛一看，又像美纳斯，又像莎奈朵的精灵正在被一群精灵群攻。
片刻后，看着一群人带着枪，下方射出四个装置，快速朝那只精灵射过去……那只精灵手握水之波动，朝装置冲去，与装置抵抗起来，不过那装置是为了抓牠而制作的，不料却被困住，随后那只精灵被捕捉装置下入牢。
“该死！他们应该是精灵猎人”小雨见此，也是下意识的想去救牠。
