乐非凡：某市高中三年级高中生，学习成绩一般，但美术特别好。父母因其工作性质特殊，长期出差在外，因此常常自己一人在家。最大的爱好就是看《名侦探柯南》，只因某天睡觉之前无意间说了句“要是穿越到柯南世界就好了。”穿越到了柯南世界。
工藤新一：帝丹高中二年级学生，高中生名侦探，曾协助警方获破多起重大案件，被社会各界誉为“平成年代的褔尔摩斯”“日本警察的救世主”等荣誉称号。某天和青梅竹马的同学毛利兰去游乐场时发现有可疑人物，跟踪被发现后被灌下毒药使身体变小了。
江户川柯南：帝丹小学1年B班学生，实际为被APTX4869幼儿化身体缩小的高中生侦探工藤新一，人称“平成福尔摩斯”“日本警察的救世主”，在被毛利兰问其名字时化名为江户川柯南，居住在小兰家，运用其高超的推理能力帮助身边人破案，并暗中追查着那个组织的线索。
毛利兰：工藤新一的青梅竹马，校内空手道社团的主将，嘴上说不在乎新一，实际上比任何人都在意，曾多次怀疑柯南身份，虽然平时小兰可以让自己认为新一和柯南是两个人，但意识朦胧的时候总会不由自主的将新一与柯南的身影重叠。
服部平次：关西的高中生侦探，人们常说“关东的工藤，关西的服部”（服部自己说是“关西的服部，关东的工藤”），被人们拿来相提并论，推理能力与工藤新一平分秋色，但有时会因求胜心切导推理偏差或慢于工藤找到真相，是最早主动通过推理得知柯南真实身份的人，之后两人成为挚友，柯南追查组织时常与服部讨论。
远山和叶：服部平次的青梅竹马，据说和服部是从小用铁链拴住的好朋友，因为误会小兰和平次的关系跑去抓现行，之后因为和叶说小兰和平次像情侣装，小兰把衣服给和叶穿，最后两人成为好朋友。
铃木园子：铃木财团的二小姐，小兰的好闰蜜，喜欢八卦小兰和新一的关系，目前的男友是京极真。
京极真：园子现在的男朋友，为人正直、可靠，世界空手道大赛400战无败绩，现已前往国外挑战更强选手。
阿笠博士：新一的邻居，自称天才发明家，发明出来的东西却大多为失败品，喜欢小孩子，是第一个知道新一真正身份并帮助其隐藏身份的人。
灰原哀：本名宫野志保，是组织的科学家，组织代号Sherry，APTX4869的研发者，因为组织杀害了他姐姐而停止研发表示抗议，被组织关进毒气室，服用APTX4869后缩小身体，从而依靠到与自己有相同际遇的江户川身边。
少年侦探团：由小岛元大、圆谷光彦、吉田步美、灰原哀、江户川柯南组成的少年侦探团体，小岛元大自称团长，实际主导权由在团中相当于军师的江户川柯南统领，灰原哀担任参谋，在江户川不在时担临时主导权，由阿笠博士为其提供技术支持。
怪盗基德：一个精通易容、变声、逃脱术，充满传奇色彩的大盗，实际身份为江古田高中2年B班学生黑羽快斗。某天知道了8年前意外去世的父亲是怪盗基德后，为找出杀害父亲的凶手，成为第二代怪盗基德，通过大胆的盗窃行为来调查父亲的死因。发现父亲是被神秘组织暗杀后，便与神秘组织为敌，试图瓦解神秘组织的阴谋。
茱蒂•斯秦琳：FBI搜查官，为追查杀父仇人贝尔摩得而来到日本，曾化名为茱蒂·圣提米利翁（Jodie Saintemillion）成为帝丹高中英语教师以进行卧底搜查。枪法精准，有较强的格斗能力、推理能力和较敏锐的洞察力，初登场时曾为克莉丝·温亚德（即贝尔摩得）嫌疑人之一。曾为赤井秀一的女友，虽然已经分手，但至今对秀一怀有感情。
安德烈•卡梅隆：FBI搜查官，相貌凶恶，与赤井秀一彼此信任。曾被茱蒂·斯泰琳误认是黑衣组织派出的卧底，后才得知他确实是FBI的搜查官。两年前曾在任务时犯错，导致行动失败，还暴露了赤井秀一的卧底身份。具有相当强的车技，曾成功完成将水无怜奈送回组织的任务。
詹姆斯•布莱克：FBI搜查官，赤井秀一、茱蒂·斯泰琳、安德烈·卡梅隆等人的上司，负责指挥FBI小组的行动。 出生于英国伦敦贝克街（即福尔摩斯所住的街道），在美国芝加哥长大。留在日本调查黑衣组织的事情。
赤井秀一：FBI搜查官，宫野明美的男友。曾化名诸星大，接近宫野明美并依靠志保的人际关系成功打入组织内部，卧底三年，期间得到Boss赏识并获得代号，“Rye”。因FBI搜查官安德烈·卡梅隆的失误导致赤井身份暴露并脱离组织，并致使宫野明美被琴酒杀害。Boss称之为可以射穿组织心脏的银色子弹。为了帮助重新回到组织卧底的水无怜奈骗取琴酒的信任，假装中弹身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀。
伊森本堂：CIA派入组织的卧底，本堂瑛海（水无怜奈）与本堂瑛祐的父亲。第二代日裔美国人，30年前加入CIA成为谍报员。不太爱说话，使用多个假名。曾潜入组织卧底调查。4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而自杀身亡，并造成“审问水无却反被她所杀”的假象，使水无躲过组织怀疑并得到Boss的垂青。
本堂瑛海：CIA派入组织的卧底，化名水无怜奈。伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。表面身份为日卖电视台主持人（重回组织后已辞职）。在于一次暗杀政要的行动中遭遇车祸，被FBI当作真正组织成员擒获，一直在医院昏迷。苏醒后FBI才得知其身份，将她送回组织继续完成任务。
本堂瑛佑：本堂瑛海（化名水无怜奈）的弟弟，伊森·本堂的儿子，父亲、姐姐均为CIA的情报人员。一直努力寻找失踪的姐姐，后得知姐姐与水无怜奈为同一人。知道江户川柯南的真实身份。在FBI与黑暗组织的对决中起线索人物作用，现已离开日本，希望加入CIA。
降谷零：日本公安警察派入组织的卧底，化名安室透。人称“神秘主义者”。曾在小时候与宫野艾莲娜有过接触。表面职业为私家侦探，并在波洛咖啡厅打工，拜毛利小五郎为师。对柯南的身份产生了兴趣。与赤井秀一相互反感，曾伪装成伤疤赤井来试探FBI，后推断出赤井未死及赤井假扮为冲矢昴活动。
风见裕也：日本公安警察，与降谷零同属“ZERO”小组，是降谷零的下属，目前为警部补。
诸伏景光：日本公安警察派入组织的卧底，是诸伏高明之弟，安室透的发小和同事。卧底身份暴露后，在组织套问出其名字之前，在赤井秀一面前自杀。
赤井玛丽：MI6特工，宫野艾莲娜的姐姐，赤井务武的妻子，赤井秀一、羽田秀吉和世良真纯三人的母亲。曾在伦敦的沃克斯豪尔桥（Vauxhall Bridge）被贝尔摩得灌下APTX4869，现在外表是金发碧眼的初中生模样。与女儿世良真纯同住在酒店且频繁更换住处，避免抛头露面，要求真纯对柯南称自己为“领域外的妹妹”。
世良真纯：高中生侦探，MI6特工赤井务武和赤井玛丽的女儿，FBI搜查官赤井秀一和将棋棋手羽田秀吉的妹妹。与母亲赤井玛丽同住在酒店且频繁更换住处，转学至帝丹高中2年B班，成为毛利兰和铃木园子的同班同学。擅长截拳道，推理能力出众。经常作中性打扮。因十年前与工藤新一见过从而知晓江户川柯南的真实身份。
羽田秀吉：原名赤井秀吉、世良秀吉。MI6特工赤井务武和赤井玛丽的次子，天才将棋手羽田浩司的义弟，FBI搜查官赤井秀一的弟弟，高中生侦探世良真纯的二哥，女警宫本由美的男友。是一名将棋棋手，曾经获得了日本将棋的全部七个头衔，拥有“太阁名人”之称，很有人气。擅长推理和速记。
宫野明美：黑暗组织的基层成员，宫野志保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是组织成员而被迫加入组织。为了自己和妹妹能够脱离组织，化名广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒杀害。
Rum:组织里的二号人物，其身份成迷，关于其传闻五花八门，强壮的男人、像男人的女人、年长的老人。但有一个特征是相同的：郎姆的其中一只眼睛为义眼。
Gin:黑暗组织高级干部，是组织中最重要的组织成员之一，头脑冷静，冷酷残忍，可以毫不犹豫的杀死任何人，常执行暗杀或，清除卧底的任务，自称从不去记被杀掉人的名字和长相，是给工藤新一灌下APTX4869的罪魁祸首。
Vodka:黑暗组织干部，组织重要成员，总是带着墨镜，做事稍不细密，完全服从琴酒（Gin）命令并一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
Vermouth:黑暗组织高级干部，组织重要成员，真实身份为美国大明星莎郎•温亚德，因某种原因停止衰老（具体不详），对外宣称莎郎的女儿——克丽丝•湿亚德，精通易容和变声，负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。新一和小兰曾救过他，此后一直保护两人。知道柯南和小哀的真正身份，但并未上报组织，似乎与自身原因有关。称柯南为可以击穿组织心脏的银色子弹。与Boss有某种关系，具体不明。
Chianti:黑暗组织的狙击手，与科思(Korn)搭档，有效射程600码左右，实力强劲。左眼有凤尾蝶纹身图案并且画的很重，痛恨对卡尔瓦多斯(Calvados)见死不救的贝尔摩得(Vermorth)。
Korn：黑暗组织的狙击手，与基安蒂（Chianti）搭档，狙击能力在600码左右，技术出众。性格冷酷，沉默寡言，参与过多次暗杀行动。同样很讨厌贝尔摩德。
