一周后，永夜依然持续着，东瀛区军队总长下令部队撤离主岛，海岸沿线部队收缩至市区，五架机甲及其班组登上运输船随之进入掩体。东海区，在军事委员会成员的一致同意下，元帅下令舍弃外墙，依靠城内封锁线进行抵抗。
又过了两周，虫雨依然处于狂暴状态，于是所有人都撤入到地下。殿下与队员们也收到撤退消息，但由于附近没有地堡入口，众人也就只能交替掩护进入最近一栋公寓楼中躲藏。之后他们便再也收不到任何消息了，好在该公寓食堂和超市还能运作，至少食物暂时不用顾虑。
这些天头顶总是会传来撞击声，天花板也会时不时落下灰尘，死神一直围绕在身边随时可能会取走性命，所有人几乎没能睡个好觉。房间内，徐观和殿下相互依偎着，徐观难以入睡，靠坐在床头，殿下则躺在他怀里休憩。看着殿下紧锁的眉心，徐观也只能轻柔地抚着她的手臂聊表安慰。
市民们在地下堡垒中绝望地等待着，苏冉毓仍以最初的姿势待在狭小的空间内，她头发凌乱，面容憔悴，每天只有短暂的浅眠状态，导致她神经衰弱。忽然间苏冉毓感觉到身后的墙壁似乎有微微震动，她将耳朵贴在墙壁上仔细倾听，即可听到清晰的钻墙声，她赶紧将情况告诉负责人，而陆续也有市民汇报此类见闻。
负责人立即让灵使进行感知，结果发现墙后还有异虫在活动，灵使们便开始与异虫隔着一堵墙进行战斗。有些堡垒失守，一些半人高的异虫纷纷顺着洞口钻了进来，市民们惊悚地逃离该区域，负责人迅速组织起战力消灭来犯的虫群，有些人觉得地堡也不安全而害怕地低声啜泣。
一个多星期后，地面终于传来好消息，虫洞已经消失，但是容不得众人高兴。现在军队不仅要面对不知道何时会钻入地堡的异虫，还要承受地面上茫茫虫海带来的压力，更为严峻的是堡垒中储存的食物正在以光速消耗着。
徐观从意识朦胧的状态中恢复过来，看到窗外久违的那分外美丽的夕阳，脸上露出欣慰的笑容，他轻声呼唤身边的佳人。殿下悠悠转醒，睡眼惺忪，泫然清泠的亮睛映衬着火红的霞光，明眸善睐。两人携手来到窗前沐浴着象征希望的光芒，但是俯首而瞰，山坡下方的市区街道填满了不断蠕动的黑潮，楼宇皆是破败不堪，目光所迄皆是疮痍狼藉之象。
殿下伏在徐观的侧肩不忍直视，眼角潸然泪下，“怎么会…怎么会这样？”
徐观牢牢握住她的手，无意开口吭声，而在卫星讯号恢复后，他第一时间开启通讯器联系苏冉毓，却无论如何也得不到对方的回应。
突然间，海上传来轰鸣声，舰船正在向无人区进行开火以吸引岛上异虫的注意力，次岛的虫群一部分被炮火声吸引冲入海里，另一部分则涌向爆炸区。不久海上舰艇由于飞虫的骚扰而停止了炮击，岛上的异虫也停止了行动，灵使与士兵们在收到各个区域长官的命令后也离开地下堡垒清剿仍滞留在市区内的虫群。
随后指挥部向每位战士发送了一份关于虫族的类型报告并附上图册：这次入侵的异虫种类与以往完全不同，目前发现共有四种形态：第一种是蜂虫，其体型较上一代飞虫要小，能从口器中射出针刺；第二种是兵虫，其体型较上一代也更矮，但盔甲更硬，行动更迅猛；第三是女王，其体型巨大，无法战斗，但具有无性胚胎繁殖能力，也能发出信号召集虫群；第四种是钻地虫，来自女王的产物，其体型有半人高，跳跃能力出众，对震动感知敏感，具有热感应能力，其两颚短而有力，合并在一起呈锥形且能旋转，具有较强的钻地能力。新一代异虫会围绕女王进行活动，具有一定的群落意识，但若其周围无女王存在，行动便与上一代相同，皆是以周围动静为依据进行辨识反应，长时间待机也会进入休眠模式。
指挥官召集所有部队，将其分成小组对周围区域进行拓展，然后将机甲调出掩体参与昭复沦陷区的行动，为了不引起大规模虫潮冲击，指挥官每隔一段时间才传达下一次推进任务的命令。市中心区域成功纳入控制区，随即一部分市民被放出地堡参与清理、修复和后勤保障等工作，市区的修复进度也在稳步加快。除了偶尔会有异虫骚扰，所有计划都有条不紊地在执行着，市民也正一批批地登上地表。
东海区，现如今城墙已有多处塌陷，虫洞逝去后，舰船便从海港掩体中驶出，帮助陆军清理城市周围的异虫并吸引虫族的注意力。灵使们从密道登上城墙开始消灭城内的异虫，随后军队离开地下进入封锁线与灵使们配合，对虫群形成内外夹击。等到清理出一片区域，军队再以该区域为支点向四周辐射，逐步夺回城市的控制权。
东瀛区，由于虫洞自初秋开始并持续了一个多月，也即是意味着粮食将颗粒无收，幸好农作物经过基因改良每半年就有一次收成。然而由于主岛失守，除了抢运回的动物，几乎所有牲畜都成了虫族的腹中餐，新鲜肉制品将彻底断绝。现在岛上的食物状况非常堪忧，即便将所有储存的食物拿出来，也不够让所有人捱到下一个收获季。
政府将三餐制度改为两餐制度，批准牲畜的基因改良计划，同时启动额外两家全自动化人造肉制造商以及四家营养液生产厂的建造项目。海军也开始经营起副业，不仅为各区域转运物资，还为渔船当保镖做起了护航任务，有时候他们甚至亲自出海捞鱼为军队创收。
因为配给制度的变化，现在所有超市的商品全都被抢售一空，政府也利用这些资金设立灾后重建基金会，为公司和企业复工复产提供帮助。
也由于粮食歉收的缘故，军队的配给也缩减了，然而对所有人来说更艰巨的任务是他们需要赶在入冬之前将次岛的粮区给清理出来，期望还能从田地里捞一点粮食回来，并且他们必须争取在开春之前利用冬季异虫活动频率减弱的时机重夺主岛的控制权，否则来年将会有很多人成为饿殍。
