在scp基金会成立不久之后，基金会在瓜地马拉回收一个可以创造奇点的实体，由于那时候并没有标准格式。所以那个收容物的文档与现在到其他文档有所不同。该文档当中没有收容等级、没有特殊收容措施、没有附录。在这个收容物移动到ADRX-19(可能是现在的site19)之后，Keter博士在初次测试中不幸死亡，为了纪念Keter博士。所以才有了现在的Keter分级。这个收容物就是现在的代号为 Dr. Gears - 原型的SCP001提案。
在基金会发现SCP001提案 代号： Dr. Gears - 原型之后基金会又在螺旋路当中发现了一个雕像。这个雕像无法在人类的视线之中移动，但其不被注视时将会高速移动，并使用拧断脖子的方式对人类进行绞杀，这个项目被编号为SCP-173。
多年之后，基金会不断壮大，无论是科技上还是人员上都在飞速的上升，很多部门都被吸进了SCP基金会当中例如中华异学会，反常部，负号部队等等一系列组织都因为各种原因加入了SCP基金会。
基金会也开始做出了人员分级：O5议会都是最高位的人员后掌管着基金会的一切，他们属于A级人员，O5议会共有13名O5，除了O5议会其实还有管理员，管理员也最高位与最神秘的存在。还有束缚O5议会的道德伦理委员会他们可以以一个或一些理由来驳回O5的决定，除此之外，站点主管也属于A级人员；B级人员和C级人员包括研究员、实验人员、特工、机动特遣队作战员，他们负责处理平常时基金会面对的各种事务；D级人员是可消耗的人员，大多数都是死刑犯，而这些人员的用途就是作为面对异常的实验品使用，且D级人员一旦到达月底就将遭受处决或记忆清除，简单来讲就是实验用的小白鼠差不多。E级人员是一个临时人员编号，当某人因为接触异常而出现异常性时，他就成了一名E级人员。
多年之后，基金会发现了平行宇宙并成立跨宇宙部门，用来进行对平行宇宙的研究。他们发现在不同平行宇宙有中也有基金会的存在，而且成立的原因各不相同。有的基金会被同行组织吞并，有的基金会拥有着远高于现在的黑科技，有些平行宇宙中没有基金会，但是有和基金会相似的组织，例如RPC管理局，PCS异度署等和基金会差不多的组织。
可以理解为换皮平行世界版SCP基金会
一战过后，把时间调到二战时期。第一次世界大战过去之后，谁也没想到。在过几年之后发生了第二次世界大战，在第二次世界大战背后还有不为人知的第七次超自然大战。第七次世界大战的参加者是基金会以及全球超自然联盟的前身AOC。经过了一番搏斗之后基金会和AOC赢得最后的胜利
各个国家的异常技术以及科技都得到了飞速的发展。各种与基金会一同行走在世界上的组织也纷纷出现在历史的舞台上:AOC变成了GOC这个在的异常世界中的警察。Are We Cool Yet?一群艺术疯子。有一群魔法师组成的蛇之手。由于各种原因成为了基金会小弟普罗米修斯实验室等等一些组织都出现在了历史的舞台上。
时代在发展。科技在进步。时间来到21世纪。基金会和其他组织的一样都要面临敌人。没错，就在21世纪初基金会遇到了棘手敌人。他们就涅普西斯。涅普西斯操控时间、改变现实、命运操纵等一系列神级技能
，涅普西斯目的是为了毁灭所有的多元宇宙。多元宇宙是无数单体宇宙以及无数现实组成了庞大领域。虽然超然的人工智能KÜTD用自己的力量强行让涅普西斯攻击无效化，但是涅普西斯依然可以控制人类，假如不解决及时他们的话多元宇宙迟早还要面临危险。
为了应对涅普西斯基金会在迫不得已的情况下，用九个孩子生命创造了SCP-001-djkaktus - 孩子们。即「神之双子」这是一把可以将攻击力化为无限的无限之枪。可以摧毁现实上己任何形式存在的任何事物。基金会用该武器成功打退了涅普西斯。但是由于这把武器的滥用一名O5议会成员叛逃出了O5议会，然后成立了现在的混沌分裂者。
某次基金会在唱片行中发现了一张黑色唱片并且这张唱片的位置自动转移到了SCP001提案当中。研究员中山玛丽是对该唱片的研究者之一。中山玛丽发现只要在文件中写下任何事情，这件事情就能成为现实。经过反复思考之后，中山玛丽做下了一个很大的决定，他在唱片的文件中写下:Mary Nakayama，在本文档保存后立刻获得全知与全能，扬升到并成为神。她将超越一切时间，对这宇宙和现实具有完全的统治权。一切事物，一切事物之下的事物以及一切事物之上的事物，都将服从于她的命令。她将得到对在保持和利用这些能力的同时能维持自身意识清醒持续的一切必要心灵性质。
O5议会成员收到一份说明SCP-001性质的笔记。
她的家人将收到一份笔记，其中会表明她对他们的爱。
之后中山玛丽扬升成神成为了超越一切事物的超然存在。中山玛丽给他暗中守护着基金会。
时间来到现在，SCP基金会都是一个很强而且十分优秀组组织。在基金会打败了涅普西斯之后。基金会又杀死了至高寄天生物留下来的变种人。
基金会科技发展水平很高。创造出了对抗现实扭曲者的斯特兰顿现实稳定锚、X/A时间连续插槽等一系列黑科技用于对抗异常。
基金会跨过了一个一个又一个的难关。基金会的故事到现在还没有结束
