【Stage3——休眠火山】
Signas：“X，在火山中心检测到异常，请尽快前往，另外，附近有许多高温的间歇喷泉，你们要小心，那么拜托了。”
（Mission Start）
（通过喷泉阵之后，进入火山口，遭遇中BOSS：三头犬，打败它后，发生了剧烈震动）
Signas：“X！不好了！火山马上就要喷发了，现在岩浆就要涌上来了，你们快点撤离那里！”
（不断往上，到达最上面，跳出火山口，待岩浆喷发完毕冷却之后，出现了新的道路）
Signas：“X！异常能量就在前方，请小心！”
（继续往前，打破岩石进入密道找到宇宙装甲（Astro Armor）的身体配件）
Light：“X，你拥有那样的可能性，这对于你来说，可能会是很艰难的抉择，但无论如何，命运掌握在自己手里，所以，勇敢战斗吧。老朽为您改造了这个宇宙装甲的身体配件，你就可以拥有超高的防御力，快站上来穿上它吧。”
（站上去，得到宇宙装甲（Astro Armor）的身体配件）
（离开密道，继续前进，来到BOSS房间门前，再次发生剧烈震动）
X：“！”（大门内部正在发生激战）
Hyperion：“归顺我们，我可以饶你不死。”
燃烧凤凰：“做梦！我死也不会屈服！”
Hyperion：“那么，就领教一下真红莲的奥义吧！红莲斩！”
燃烧凤凰：“爆炎斩！”（砰！啪！）
（进入大门，下面全是岩浆）
燃烧凤凰：“呜啊——！！！！”（被打飞撞到墙角，落到岩浆里）
X：“凤凰，你先走，这里交给我！”
燃烧凤凰：“X，你要小心他的红莲斩，连我这个因火而生的凤凰都无法驾御的高温，那么，一切小心。”（离开）
Hyperion：“看样子，改造火山的计划，遇到了一点麻烦呢，碍事的家伙又来了一个。”
X：“只要有我X在，你们休想得逞！”
Hyperion：“X？
难道你就是…！？这不可能……难道那时候Lumine他没有……？！不过，连战斗力那么高的Irregular在我们面前都如婴儿般脆弱，就算你是X，在
我们十三使徒的面前，也不过是个废铁而已，就让我‘红莲之Mars’的Hyperion，将你变为清烟吧！”
（Warning）
（若被他打败）
Hyperion：“果然，你是个冒牌货！不过，能通过这座火山到达这里，也实在是不简单呢。”
（打败他后）
Hyperion：“呃啊——！！这不可能…！你居然…能打败拥有Genesis力量的我们！？呃啊——！！”
X：“Genesis的力量？！那到底是什么？！”
Hyperion：“那是终级的力量…一切能量的源泉……Abel教授开发的终级能源……我……我是拥有那力量的‘红莲之Mars’！我、我是不会输的！啊啊啊啊啊——！！！”（大爆炸）
Signas：“那里的异常停止了，你们先回基地来吧。”（Mission Complete）
【X 得到 Hyperion的 太阳焰（Solar Blaze）】
【Zero 得到 Hyperion的 红莲翼（Gurenyoku）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
Signas：“果然，一切问题都出在Genesis上。”
Cain：“Genesis，顾名思义，是创世纪的意思，难道Abel那家伙…想违背自然规律，妄想成为神吗？”
X：“总之，我们Irregular Hunter绝对不会让那样的事发生！”
Cain：“不过，这样好吗？Irregular Hunter，和人类政府分道扬镳…”
Zero：“博士，此话怎讲？”
Cain：“Abel那家伙…如今在人类政府中，也拥有举足轻重的地位，这就是为什么他这个如此荒谬的计划能被批准并执行的原因。另外，还有上一次‘Jacob轨道’事件……”
X：“难道那一次的事件也是……！？”
Cain：“不知道，不过，那家伙不达到目的是不会罢休的，这点可能和老朽有点相似，哈哈。”
【Genesis研究所：所长室】
？？？：“教授，那些家伙，恐怕使徒们也对付不了。”
Abel：“这不要紧，他们只是在消耗战斗力罢了，不过，我们的计划早就在进行中了。”
？？？：“可是，教授……”
Abel：“Noah，你只管指派那些Repliloid战士到那些区域去战斗，无论哪一方得胜，最终得益的，还不都是我们人类？”
Noah：“这样好吗？万一被那些Repliloid知道的话，那…？”
Abel：“放心，我们有Genesis，而且，那些家伙也已经被‘洗礼’过了，就算知道真相也没用，不过，我最担心的还是那五个使徒…”
Noah：“你是说，还未被唤醒的那五个Repliloid吗？”
Abel：“无论如何，要把他们找出来，并且给他们‘洗礼’！”
Noah：“是！属下明白！”
