【Stage6——人造惑星】
Pallate：“Zero，听见了吗？人造惑星内部有防卫加农炮，你们要小心那些激光，另外，因为是失重，身体会不受控制地漂浮，那么，请小心。”（Mission Start）
（通过激光阵之后，进入中BOSS房间，场景变换成宇宙，遭遇中BOSS：UFO，
打败它之后UFO会消失，场景会变回惑星，
继续前进，突破隐形石块阵之后）
Pallate：“Zero，听见了吗？要到达前方必须用那些传送黑洞了，你们可以用那些传送黑洞到达前面。”
（用传送黑洞，到达前方的房间里，场景突然变化，变成X8时的Sigma神殿）
Sigma：“又见面了，Zero…在旧世界快将完结的时候，我们重遇了！Zero…利用DNA得到的病毒，便是如何成为极之可恶的破坏者，侵略地球的最大关键…一开始便知道将会是世界灭亡的时刻，即将来临了！”
Zero：“还是那么多废话啊，Sigma…”
Sigma：“Zero，别生气…我应该感谢你才对吧…这样，新型Repliloid，我的孩子们才能继承我的意志，开拓出新世界!”
Zero：“未来没有你的孩子。”
Sigma：“没有吗？看着吧，Jacob计划创造出的拥有复制芯片能力的新型Repliloid一定会取代你们的！现在开始，只有我才能主宰整个世界！Zero！跟这世界一同灭亡吧！”
（Warning）
(若被他打败)
Sigma：“无希望了，你们一直保护的世界，已经掌握在我手中了，快消失罢了！哈哈哈哈…让我毁灭你们吧！”
（打败他后）
Sigma：“呜啊！不可能……身为新世代领袖的我怎么会……毁灭……你这家伙……旧世界……呜啊啊啊啊啊——！！！！！！”（大爆炸）
（场景变幻回惑星）
无限水蚤：“Zero！小心！呜啊！”（和Zero一起被传送到X6的武器工场）
Zero：“到底，是怎么回事……时间好像……？”
无限水蚤：“呃啊！Zero！快！快打倒我！”
Zero：“怎么回事，我也感觉好奇怪……”
无限水蚤：“一定是我们的时间在倒退，这样下去的话……我们都会异常化的！”
Zero：“呃…不行，我不能……”
无限水蚤：“Zero！快打倒我吧！呃……异常者！我根本还没测试过它！而且我一直想让那些脑残的‘专家’和它一起毁灭…！受死吧！！”
Zero：“果然，这是那时候的……”（Warning）
（若被他打败）
无限水蚤：“妨碍我们计划的异常者，统统都要清除！”
（打败它后，场景变换回惑星）
无限水蚤：“Z、Zero…我刚刚……”
Zero：“没事，也许你太累了，先回去休息吧！”
无限水蚤：“那么，这里就交给你了。”（离开）
Zero：“用这种伎俩，就想让我们再次变回Irregular吗？给我出来！”
Hermes：“哼哼哼…让我唤醒了过去的你们，感觉如何？”
Zero：“就是你这家伙让人造惑星偏离轨道的吗？”
Hermes：“当然…被这颗惑星撞击，就是地球的未来啊！”
Zero：“胡说！你要再不住手，那我就打倒你！”
Hermes：“真是的，怎么这么凶嘛。就让我‘虚无之Uranus’的Hermes，把你抛向时空的尽头吧！”（Warning）
（若被他打败）
Hermes：“真没劲呐…要是当时你毁灭了整个星球的话，就不会有现在这么多问题了。对了！那样的话，我就回去助你一臂之力吧！啊哈哈哈哈！”
（打败他后）
Hermes：“呃…你……居然……没有迷失在……时空里……但我……不会再……给你……机会……只要……改变……历史……你就会……消……失……呜啊啊啊啊——！”（大爆炸）
Pallate：“惑星的控制室就在前方，只要修改电脑里的轨道设定就可以了。”
Zero：“了解！”
（进入前方的控制室内，走上前和电脑对话）
电脑：“人造惑星为您服务，要更改轨道参数吗？”
（选‘是’进入更改，之后把镜头调到正确的线路上，按确定）
电脑：“惑星轨道调整完毕。”
Pallate：“好极了，Zero！这样一来，人造惑星和地球就都解除危机了，先回基地来吧！”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Hermes 的 轮回转生（Rinnnenntennsei）】
【X 得到 Hermes 的 平行宇宙（Hollow Multiverse）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
（屏幕传来修复员的SOS讯息）
修复员：“大、大事不妙了！Dynamo他…袭击了修复室！请求支援，呜啊——！！！”
（通讯结束）
Zero：“糟了！”
X：“Axl！”
（来到修复室，见到凌乱的场景，还有被破坏的胶囊和设施）
X：“Zero！那是…？！”
Zero：“居然破坏成这样了……”
Dynamo：“哼，你们这群垃圾。”
Zero：“Dynamo！你打算把Axl带去哪里？！”
Dynamo：“有必要回答你们吗？我还有事，就不奉陪了，告辞！”（扛着Axl，离开）
Zero：“可恶！我们必须尽快追上他们！”
X：“Zero，冷静点！也许Alia她们会监测到他们的动向的。”
Zero：“………………”
【Genesis研究所：所长室】
Dynamo：“教授，我把Axl带来了。”
Abel：“辛苦你了，Dynamo。这样一来，新世代Repliloid的原型机，就掌握在我手中了，哼哼哼…”
Dynamo：“要是Zero也得到手的话，那么整个世界，不，整个宇宙……”
Abel：“需要那样的古董做什么？”
Dynamo：“什么？”
Abel：“只要有Axl就够了。”
