喜欢打《崩坏三》和《星际争霸》的孤儿少年木空穿越了，穿越到崩坏世界游戏中做描述的虚数空间，同时他获得了名为崩坏系统的金手指，系统的第一AI爱酱给予了木空第一绿者的真理宝石，并向他发布了第一个任务：构筑月光王座号方舟舰。同时星际争霸世界虚无空间的萨尔娜迦埃蒙和奥鲁斯被木空的崩坏能量波动所吸引，木空利用一局赌约将埃蒙和奥鲁斯变成他的船员，经过八个月的时间后，木空，埃蒙和奥鲁斯合伙成功将月光王座号方舟舰构筑了出来，然后木空将埃蒙和奥鲁斯的化身带上舰，来到了科普鲁星区。
木空开着月光王座，带着埃蒙和奥鲁斯在科普鲁星区航行，在路过一颗名叫邦德瑞的星球时遇到塔达林星灵和艾尔星灵交战，木空立刻出手救下了艾尔星灵，同时俘虏了大量的塔达林星灵，没想到这伙艾尔星灵的首领竟是大名鼎鼎的执行官塔萨达尔，塔萨达尔对木空说，他们的一支科考队在这附近失踪了，而被他们俘获的塔达林星灵说是这颗星球上的人类抓走了艾尔星灵科考队，于是木空便决定帮助塔萨达尔他们。当木空和塔萨达尔等人来到困住艾尔星灵科考队的人族基地时，人族基地的某项实验品暴走，基地负责人被迫逃离，当木空等人攻占这座基地，俘虏这座基地剩下的人，救出幸存的艾尔星灵时，木空也邂逅了在这座人族基地中暴走搞破坏的实验品，编号为p-t-28的人类星灵混合少女。木空用崩坏系统的强制舰员征招功能让塔达林星灵，被割掉神经束的艾尔星灵以及p-t-28加入了他的月光王座。
突然埃蒙的人类化身吐出一口黑血，埃蒙在虚无空间的本体被人攻击了。木空回到虚无空间一看，只见萨尔那迦纳鲁德叛变，杀死了埃蒙的本体，将奥鲁斯的本体封印，木空和纳鲁德一番激战，败，就在木空即将被纳鲁德杀死时，一个神秘人突然出现将木空救了下来。
木空离开虚无空间，来到奥塔里安裂隙的乌尔纳遗迹，和塔萨达尔进行联系，塔萨达尔派了一艘侦察机去接应木空，两天后，名为凯拉克斯的相位技师开着一架侦察机来到木空的面前，木空上了凯拉克斯的侦查机，然后往邦德瑞开去，可是飞船折跃过程中在克哈附近被人类蒙斯克家族掌握的战列巡航舰诺德0号警惕性攻击，木空利用空之律者的能力和凯拉克斯一起离开超空间，来到克哈上空，但在进入克哈大气层时与凯拉克斯失散，然后木空掉在蒙斯克家族长女多萝西·蒙斯克的车上。
多萝西将昏迷的木空带回蒙斯克家宅邸，当木空从昏迷状态清醒过来之后，先是被蒙斯克家族的家主安格斯·蒙斯克进行了一番警惕的身份验证，当木空利用律者的能力勉强通过身份验证之后，便以一个失忆者的身份留在了蒙斯克家宅邸成为了一个管家，然后逐渐获得了蒙斯克一家的信任与感情。
两个月后，安格斯在克里斯汀议政厅举办了一场克哈独立宣言演讲，泰伦联邦派出三名幽灵特工企图刺杀蒙斯克一家，队长是莎拉·凯瑞甘，但另外两名幽灵特工的刺杀行动被木空所阻止，一名被凯瑞甘杀死灭口，另一名被木空活捉并被爱酱改造成女武神，将体内的灵能改造成崩坏能。木空像安格斯提议在演讲时贴身保护他，安格斯允许木空以多萝西未婚夫的身份和他一块儿站在演讲台上。
克哈独立演讲照常开始，可谁知泰伦联邦军竟动用攻城坦克攻击克里斯汀议政厅，木空只来得及保护多萝西·蒙斯克，安格斯·蒙斯克和凯瑟琳·蒙斯克夫妇最终还是被攻城坦克的炮弹击中，埋在了废墟之下，多萝西觉醒了灵能。
木空见此场景，悲怒交加而暴走，召唤了数千头崩坏兽以及一只帝王级崩坏兽迦尼萨，命令崩坏兽群攻击联邦陆战队，然后便晕阙，联邦陆战队在崩坏兽群的攻击下死伤惨重，而且还被崩坏能侵蚀，变成了死士，凯瑞甘侥幸逃离。
多萝西带着木空逃离，期间相遇伪装成人类的凯拉克斯，随便找了一辆车，却无法启动，这时被改造成了女武神的幽灵特工出现在两人面前，成功启动车辆，并开着车一路前往本内特港，乘上诺德0号逃离克哈。
然而诺德0号在太空中被联邦上将埃德蒙·杜克所带领的阿尔法中队三艘联邦战列巡航舰诺拉德1，2，3号追上并被攻击，就在诺德0号寡不敌众摇摇欲坠时，木空的月光王座号方舟舰及时赶到，并利用强化的雷之律者电磁操纵能力同时剥夺了双方战舰的全部能源，阿尔法中队全员被俘。
p-t-28带领着一队泰坦机甲来到木空的面前，然后见到木空和多萝西非常亲密自然火冒三丈，然后在木空面前又哭又闹，但最终多萝西的诺德0号船员众还是加入了木空的月光王座号。笔者不同于黑猪总统的《带着崩坏系统去星际争霸》也从这里开始。
