祁国建国初，官制的划分并不完善。祁祖君及祁二世时期，官员的任命和罢免都比较随便，在任期也忽长忽短，所负责的事务也大不相同。所以当时的官制被称作“杂官制”。
而相较于前两朝，由于祁三世时期《祁帝律》的颁布，“杂官制”也逐渐被取代，祁国官制逐渐完善起来。祁三世及其之后时期，祁国的职官官制与行政部门大体如下：
所设立的祁国职官，主要由处理中央朝政的内服官和处理地方事务的外服官组成。二者之间划分明确却又联系紧密，内服官中也包括将地方事务上报中央的地方官员，外服官中也有将下达中央政令执行到地方的中央官员。而处理国家事务的最高统治者，就是祁国的殿君。
祁国的都城曾频繁迁徙，直到平野君时才正式定都于互郡郊外的瑞县(现瑞城)，并主持建造了昌轮府邸。昌轮府邸中的北殿，即殿君处理朝政、商讨国策的地方，也是殿君及亲王所居住的地方，同时也包括为殿君、亲王服务的侍官。殿，也因此成为了祁国最高行政部门，即“五级之首位”。
行政地位次于殿的，称府。府是贵族及大臣们协助殿君处理政务、商讨国策、接见外国使臣的行政中心，同时也作为制衡殿君权利的行政部门之一。负责府工作的贵族、大臣等，统称为“公”，是祁国官职最高的爵位。负责处理中央朝政的内服官主要集中在殿、府。
行政地位次于府的，称御，包括上御、下御两类。府中所设立的御，称上御，是由府内部下分的行政部门，分管府中各类事务。各郡所设立的御，称下御，行政地位略低于府，是由中央派往地方，处理地方事务的行政部门。负责御工作的大臣称为“卿”。
行政地位次于御的，称卫，包括御卫、参卫两类。为协助下御管理地方事务所设立的卫，称御卫。各城县也设有负责城县管理的卫，称参卫。通常所有的御卫、参卫在行政地位上是平级的，唯一的特例是瑞城的参政卫，具体原因下文会作说明。负责处理卫工作的最高官员称为“督”。
行政地位次于卫的，称亭。亭是最基层的行政部门，即“五级之末位”。亭最初仅为辅助卫而设立的侍官，后来发展为维持地方管理的基层部门。负责处理亭的最高官员称为“尉”。
以上行政部门等级的划分，称为“五级制”。官员等级的划分也大致划分为五等，称“五位”，每一级都有正次之分，合为十级官制。
祁国主要行政部门及官职名称如下：
北殿，祁国行政中心，位于昌轮府邸之北，因此而得名。其中包括殿君、亲王及负责服务的侍官、侍仆，其中侍官、侍仆位居十级之外。
昌轮府，祁国行政中心，位于祁国首府瑞城。府中设有主管行政的掌印大臣院、主管军政的军戈大臣院、主管记史的执笔大臣院，其长官统称为“御公”，次长官统称为“次御公”，以上官居正一位或次一位。从府向下划分为六上御，分管吏(天官上御)、户(地官上御)、礼(春官上御)、兵(夏官上御)、刑(秋官上御)、工(冬官上御)，各上御正位长官称“御卿”官居正二位，次位长官称“侍御卿”，官居次二位。
各郡所设立的下御，以各郡郡名命名，划分为平郡下御、苗郡下御、互郡下御、星郡下御、本郡下御、静郡下御，分管各郡地方事务，长官称“御卿”，通常称之为“郡守”，官居次二位或正三位。下御中设有主管行政的掌印院、主管治安的军戈院、主管记史的执笔院，长官称“侍御卿”，官居次三位。从下御向下划分为三卫，主要包括负责处理地方政务的御政卫、处理地方军务的御兵卫、处理地方司法的御审卫，长官称“御卫督”，官居正四位，次位长官称“侍御卫督”，官居次四位，次位长官不常设立。
各城县所设立的参卫，负责各城县事务的处理，通常只设立负责传达政令的参政卫，特殊情况下增设辅助地方军务管理的参兵卫。瑞城参政卫是直属于殿君管理的辅政官员机构，负责法律的制定与颁布。长官称“参卫督”官居正四位，次位长官称“次参卫督”，官居次四位，次位长官不常设立。
各处均设有亭，除辅助地方事务的处理之外，还负责公文政令及各地信件的传递。长官称“亭尉”，官居正五位或次五位，无次位长官设立。
至于殿师、府师、御师、卫师、亭师这五个称号，则是为奖励功臣而拜授的名誉头衔，仅是作为身份的象征，并无实权。
