血月七星
魔科学黑暗期强盛起来的组织，脱离了一般魔偶师的宗旨（主要是当时没有完善的管理体系，导致违反世界发展法则的组织出现），汇集了一群魔偶科学怪人，其中有很多都是嗜血的家伙，因此这个臭名昭著，受到社会的唾弃，但是4百年来依然屹立不倒，只是行事低调，不过似乎又开始蠢蠢欲动了。
魔偶教廷
5百年前原身叫做魔科学稽查会，专门对付利用魔科学而违反法律的人类，组织庞大但是办事效率低下，导致多半成员没有生命保障，引起分裂，其中之一就是现在的魔偶教廷。魔偶教廷自从建立以来就和血月七星是死对头，互相扯后腿，大小战争亦是时有发生，并且不断的打入对方老巢，但最终都会不了了之，是社会上大部分魔偶师梦想的地方。
霍德摩根魔偶中心
魔偶教廷属下的工会，用于考察魔偶师等级和教育的集中地，主要是为了收集世上每一个魔偶师的生平资料和艺能信息，便于调查和研究整合，整理完整的教育体系，相信不久的将来将会有魔偶学校出现。
暗位面战士
魔偶战士的集散地，主要用途为发布任务，交给每一个战用魔偶师任务，是大部分没有进入魔偶教廷的魔偶战士的生活来源，当然加入魔偶教廷的人也常来赚些外快，是魔偶教廷收集情报的下属组织。
散偶师协会
一个民间较有名气的组织，主要是农民和苦力阶级学习魔偶技的地方，算是普及教育的一个成功典范，许多想要得到好些待遇的农民和苦力都会在这里加强学习，在世界上所有组织中人数最多但是实力最弱，所以常常保持中立态度，只会在双方干出天地难容的事情时才会纠集反抗。
