剧情先导:第1集 召唤英灵
60年一度的圣杯战争即将到来，所有想要「圣杯」这个万能许愿器的人莫不摩拳擦掌蓄势待发。然而能参加这场战斗的人，就只有被圣杯选中的七位魔法师，以及由这七人所召唤出的英灵。其中就包括我们的主人公 卫宫切嗣 和 Saber 。
第2集 虚伪的战端
切嗣和女儿伊莉亚丝菲尔在艾因兹贝伦的森林中玩耍，从城堡内看到切嗣面露微笑的 Saber，对自己的御主有著截然不同的样貌感到无法理解。另一方面，圣杯战争在冬木市揭开序幕，第7位英灵终於被召唤至现世。
第3集 冬木之地
入侵远阪宅邸的 Assassin 被 Archer 所消灭，派使魔监视远阪家的各个御主也得知了这个消息。失去英灵的御主‧言峰绮礼因此脱离战线，前往监督圣杯战争的圣堂教会寻求庇护。
第4集 魔枪之刃
在码头 Lancer 与 Saber 互相对峙，在两人高涨的斗志之下战斗一触即发。初次见识到英灵对战的爱丽丝菲尔，也被这前所未见的战斗所震慑。另一方面，藉由这场战斗搜寻敌方御主身影的切嗣与舞弥则是……
第5集 凶兽咆啸
在互相对峙的 Lancer 与 Saber 面前，Rider 现身了。对於突如其来介入两人决斗的碍事者，Saber 感到十分愤怒。然而Rider却对此毫无所觉，迳自对躲在暗处观战的人宣告。被 Lancer 与 Saber 的战斗吸引而来的英灵，并不是只有 Rider 一人。
第6集 谋略之夜
冬木市山中，有一台轿车在月光照耀的山路上疾行著，这台车辆的驾驶者就是爱丽丝菲尔。正当车辆疾驶之际，前方突然出现了怪异的人影。虽然他对 Saber 行了臣下之礼，但 Saber 却完全不记得自己认识这个人……
第7集 魔境之森
圣杯战争面临了重大危机。璃正对齐聚於冬木教会的使魔们传达指示，要求暂停彼此之间的战斗，共同讨伐连续诱拐杀人事件的嫌犯雨生龙之介以及他的从者 Caster，顺利达成任务者，将会赠予过去圣杯战争所剩的令咒作为奖励。
第8集 魔法师杀手
面对操纵月灵髓液的肯尼斯，切嗣使用手枪应战，两人在城堡各处展开了激烈的攻防。Saber 与 Lancer 联合作战，以歼灭 Caster 召唤出的魔怪为目标。另一方面，与舞弥一起离开城堡的爱丽，察觉到了另一个侵入者的气息。
第9集 御主与从者
在攻防战结束之後，被 Lancer 所救的肯尼斯，清醒後发现自己躺在病床上，他从妻子索拉乌口中得知自己处於绝望的状况，并听到了某个要求。另一方面，切嗣无视 Saber 应该优先讨伐 Caster 的建言，决定要彻底解决掉肯尼斯。
第10集 凛的冒险
在冬木市犯下连续杀人事件的犯人至今尚未落网，每天都有小孩被绑架的情况。在此同时，时臣的女儿小凛为了找寻失去连络的好友，独自一人来到了夜晚的冬木市区，并在商店街发现了带著小孩的可疑男子，於是她便悄悄尾随在後……
第11集 圣杯问答
趁著切嗣不在，Rider 闯进了 Saber 等人的根据地，原以为会免不了一战，结果 Rider 只是来和同样身为「王」的同伴，提出宴饮的邀请。在举行酒宴的地方，Archer 也现身了，拥有王者头衔的三位英灵，举杯畅言自己的王者之道。
第12集 圣杯的召唤
切嗣潜伏在冬木市的饭店内，调查著各阵营的动向。他因无法理解言峰绮礼追踪自己的动机，而感到焦躁不安。另一方面，爱丽与 Saber 将据点移至市区的住宅，看著对日式房屋充满兴趣的爱丽，Saber 从她的言行之中感受到些微的异常。
第13集 禁忌的狂宴
韦伯带 Rider 来到了商业街，进入书店的他找到了记述Rider生平的传记，并得知 Rider 以东方尽头为目标的理由。另一方面，Caster 与龙之介回到被彻底破坏的工房，在与龙之介的对话中得到新启示的 Caster，决定要举行一场呈献给神的「Cool」！
第14集 未远川血战
Caster 召唤的巨大海魔现身。若在它得到新的魔力源前消灭它，不但会暴露圣杯战争的存在，还会造成冬木市，甚至是世界的危机。Saber 与 Lancer 接受 Rider 的召集，三位英灵共同携手抗敌。但是面对不断再生的不死怪物，Saber 等人陷入苦战。
第15集 黄金的光辉
前线正与海魔战得如火如荼，另一方面还有一个抱著必死觉悟的男人。间桐雁夜对远坂葵和间桐樱的遭遇心生怜悯，并认为一切都是因为「魔术」造成的，他将所有的憎悪全都归咎在远坂时臣身上。与眼前的敌人对峙，贯彻自己的信念，每一场战斗後得到的是……
第16集 荣誉的尽头
讨伐 Caster 的战役中肯尼斯成功获得令咒作为奖赏。他正想著终於可以重归圣杯战争的行列时，得知索拉乌被不明人士袭击，不禁勃然大怒痛骂 Lancer。原本宣誓效忠君主肯尼斯，贯彻骑士精神，但君主与自己之间的鸿沟却不断加深，让 Lancer 感到无比绝望。
第17集 第八个契约
随著淘汰者增加，使圣杯战争大有进展。一步步逼近终点的紧张感，让每个幸存者丝毫不敢松懈。无论是留下遗言给家族的人，还是接触秘密内幕的有心人士。Saber 等人接受了一个意想不到的人物所提出来的请求。每个人怀抱各自的意图，将圣杯战争的发展推向更精采的阶段。
第18集 遥远的记忆
凯利是一个在南方小岛上生活的少年。他有一个长年闭门不出、进行神秘研究的父亲，还有一个研究助理、令凯利倾心的女孩夏蕾。夏蕾问这个少年「凯利，你以後想成为什麼样的大人？」这就是少年凯利，也是卫宫切嗣起源的记忆。
第19集 正义的所在
卫宫切嗣所选择的「正义」，就像放在天秤的一端，而重要的事物作为另一端的代价被夺走。离开岛屿，切嗣决定成为「猎人」待在那塔利亚身边活下去，并投身於多场出生入死战役之中。在残酷战役中追求「正义」的切嗣被迫做出选择。
第20集 暗杀者的归来
结束了过去的回忆故事回到了冬木，决战前的宁静幸存者们都在为最后的大决战做着最后的准备。仓库中爱丽丝菲尔和舞弥，当谈起各自的愿望时她们都共同指向了一个人“卫宫切嗣”。对她们来说卫宫切嗣就是世界的全部，而卫宫切嗣的理想也就是她们唯一的理想，她们存在的价值就是为了实现卫宫切嗣和他那拯救世界的理想。就当这时一个不祥的身影来到了仓库前……！
第21集 双轮的骑士
仓库遭到偷袭，爱丽丝菲尔被劫走舞弥在袭击中牺牲而袭击者竟然是Rider！被召回Saber立刻赶去追赶Rider解救爱丽丝菲尔。与此同时一个内心充满憎恨的男人被告知在深夜的教堂，他和他的仇敌将在那里碰面。而当他急匆匆的冲进教堂时，在暗处两个人所期待的一场好戏上演了。
第22集 世上所有的恶
决战前的最后一天，在宁静表象下却是暗流涌动。一切都已准备就绪，舞台、演员、奖品都已到位这一切的导演者，那个迷茫的男人在下了最后的决心后拉开了最后高潮的序幕。明亮的烟火照亮了黑暗的天空，决战的号角吹响了幸存者们在下了最后的决心后陆续赶往决战的舞台，这场圣杯战争的最后高潮即将上演。
第23集 世界尽头的海
大决战的第一场在 Archer 与 Rider间爆发，在最后的把酒互问后双方站在了最后的战场上，这两位传奇的王者将在此进行最后的较量。与此同时 Saber 和 Berserker 在幽暗的停车场中相遇了，之前的恩怨一触即发两人进行了输死的较量。而当最后在Berserker拔出宝具、接下面具站在Saber面前时Saber惊呆了。长久与之战斗的人竟然是“你”！
第24集 最后的令咒
在英灵们战斗的同时，两个同样背负着沉重宿命的男人在命运的路口相遇了，两人立刻展开了一场超越人类极限的决斗。而当最后的结果展现在胜利者眼前时，一切竟然是如此残酷！另一方面胜利的Saber站在了刚刚诞生的「圣杯」面前，此时的Saber犹如饿疯的野狗般看着圣杯，心中五味杂陈。正在此时Archer挡在了她面前，就在两人对峙之时一个熟悉的身影来到舞台，露出了右手最后的「令咒」后那人念出了最后的命令。而命令却让Saber大吃一惊！
第25集 命运的零点
最后的命令已下达Saber别无选择的向圣杯挥下了宝剑，那一刻Saber心中百感惆怅自己为何会落到如此境地。但是故事并没有结束，圣杯并没有就此消失意想不到的天灾降临了。世间的一切瞬间置身于地狱之中，为何会发生如此的灾难一个绝望男人在废墟中哭嚎着。废墟中一个男孩儿绝望的朝天伸着手，就在即将倒下时一个男人抓住了他的手，那男人满含热泪以感谢神情对着男孩儿笑着，这一刻永远印在了男孩儿心中！而此时，另一片废墟下传来异动，卫宫切嗣前去查看，一名银发琥珀色瞳孔的女孩躺在废墟里，后来，为了弥补自己的过失，卫宫切嗣收养了这两个孩子，取名卫宫士郎与卫宫奏，弟弟活泼开朗，而姐姐沉默寡言很少说话， 第四次圣杯战争就这样结束了，但这并非一切的完结。一夜月光当头一对父子做在寂静的庭院里，当面容憔悴的父亲说道自己曾经憧憬过正义的伙伴时百感惆怅，而正当此时一旁的男孩儿却说出要替父亲完成这个梦想，看着男孩儿自信的脸父亲安心的闭上了眼睛。一个熟悉的声音又在耳边响起，而这次他做出了回答！奏在一旁静静的看着这一幕，陷入了沉思。
世界上存在着一个能够实现任何愿望的“奇迹”。
那是被称为“圣杯”，属于“神秘”的器皿。为了使这个奇迹能够被完成，人们尝试过进行各种各样的仪式。但是至今也没有让这种“神秘”得以成就的先例。
在圣杯这个概念形成后，不知过了多久，诸多的牺牲如同零钱般被恣意挥洒浪费。
而现在，于此名为冬木的极东之地，也开始了向往圣杯的仪式。不过冬木的仪式以历史来说太过年轻了——区区两百年。为使其完成，则必定要拥有诸多的天赋为基础。
奇迹只会被赋予一个人，同时也正因其唯一性而具有价值。
因而，此处出现了七名魔术师及七位英灵。他们要以更进一步的超越常理与高度为目标，以自身之力证明自己为最强者。
