位于现实与幻想之间的神话物质,构成了曾在历史上出现过的神器与圣物。它们虽已随神代的消亡而散佚人间、失去了庞大的神力，但却仍有残骸留于星球表面的各个角落。随着圣器的出现,神话时代的传说再次重现；科技与魔法是支撑世界发展的唯二体系，许多在科学领域上所不能完成的,借助魔法便能轻松解决。
时为公元2037年，在天空都市“圣都”的顶端，出现了人工构筑的奇迹双塔，双塔的学院互为竞争关系，又都属“圣都”的统辖之下。除最先建立的双塔以外，在天空都市的运作机制之下,这十年间又陆续出现了名为“无罪长廊”“圣骸地宫”“心铸之海”的三大学院。自此,属于圣器与适格者的崭新时代彻底开启,并且持续至今。而圣都在这个时代的计划,是利用散落于地球的圣器残骸,以超越时代的科技与魔法再造完美物质,抵达人类所探究终极命题的尽头。
各学院由于理念的不同，教学方式制度等有极大差别。
虚无穹顶：矗立于天空都市顶端，最早建立的两所学院之一。奉行精英至上主义------并非陈旧的血统论，而是希望优秀者能够肩负起引领人类的责任。在虚无穹顶，人们不论出身，但“凡庸被视为一种罪过”，而“智慧”与“力量”则是无上美德，需要得到众人的仰视。欢迎来到实力至上主义的学院——虚无穹顶院长
无罪长廊：倾向于收容妖刀、魔剑一类的危险圣器，但在学生的选取方面极为重视心性与品格，对适格者的筛选更是无比严厉。这或许是因为……隐藏在“长廊”尽头的某人，并不希望远古传说中的极大灾难重现于现代。格言为“最危险的地方就是最安全的”“我们控制，我们收容，我们保护”——？？
苍色穹顶：矗立于天空都市顶端，最早建立的两所学院之一。人数最多，拥有的圣器也最多，几乎在所有领域都保持着先人一步的优势。相对于虚无穹项，苍色穹顶的主旨更为开放，任何形式的人与事物在这学院内往往都能得到允许，即使是新入学的学生也享有高度的自由，格言是“天空的顶端是自由的地方”
商业街：圣都学院CBD,女仆咖啡厅和圣都澡堂是学员们最爱去的地方。
心铸之海:认为神圣的心是唯一的实像,专注研究念力、超能力一类事物的学院,其中的学生全员即使尚未取得圣器,也需要在确认天赋的选拔之后,提前进行灵能相关的各类训练。由于学院定位如此,所以是圣都中接纳"外来者"与"非人"最多的一所学院。这里是非人学园,我们都有一颗包容的心——上杉绘梨衣
学生家园：这是最好的时代，也是最坏的时代。这里是学员们的第二家园。
周刊编辑部：学生会下属机构之一，文创者的天堂。最新宣言：“欢迎任何热爱阅读、写作的人们，我们部长是圣都图书馆馆长，因此不必担心素材。还有现在购买《圣都学园的日常》第一卷附赠霞之丘诗羽老师参与制作的300周边。心动不如行动，快来购买吧！现在下单享有优惠哦！”
圣骸地宫：是直接获得南极最大利益的与宗教密切相关的学院，在圣都诸学院中规模最小。然而在圣骸地宫，耶稣受难时产生的圣器——真十字架、荆棘冠与朗基努斯之枪，其适格者都已公开出现。因此无人质疑地宫作为五大学院之一的地位，因为，他们知道冰山之下必然埋有更多秘密。其格言“圣器会为我们揭开冰山之下的秘密”
