自从“威尔姆（简称VIRM）”母星爆炸之后，叫龙们纷纷返回地球，潜入地底，归于尘土，而人类也不再使用岩浆燃料，开始开发新的能源，地球逐渐恢复了生机。
但是，“VIRM”并未消亡，叫龙炸弹没能够波及到身为意念体的它。凭借着先前的殖民星球，“威尔姆”迅速恢复了实力，重修了机械化战略性母星，并卷土重来，进攻地球。人类的空中防线逐渐破裂，新型的热能炮和热能武器抵挡不住“VIRM”先遣舰队的进攻。于是，世界政府为了地球的生机，建立了“Earth 防务总部（简称“DF”）”和“星河护卫军（简称“远征军”）”来对抗“VIRM”，最终击退了“VIRM”的先遣部队。
可是，随着“VIRM”主力部队和母星的逼近，人类再度陷入惶恐之中。为了防御“VIRM”，DF推出了“本土作战计划”与“太空远征计划”，开始大规模制造FranXX机甲和宇宙战舰，大力培养驾驶员、技术人员和战斗人员。于是，“FranXX 军校”诞生了。
