2035年，8月27日，日本初中学业考试已结束两个月，初三年级的学生们都取得了自己理想的成绩，而也就是在这一天，他们将向这个初中做最后的告别，去往高中继续自己的学业生涯因为近两个月的一些琐事导致了这所初中的毕业典礼直到开学前最后三天才举行，在学术报告厅之中，校长在台上叙说着学生们这三年以来的艰辛与拼搏，而台下平日里总会有些小动作的学生此时也都在全神贯注地听着，接着校长说出了一个男生的名字，在同学们的掌声当中，一个男生走上了讲台，他身穿西装式校服，一双黑色皮鞋，有着一头乌黑自然卷的头发，可以看出他并不很在意自己的发型，再看他的脸，非常典型的钻石脸，在这张脸上有一双杏眼，而特别之处就在于，这双眼睛的瞳孔是左蓝右红的，再加上眼睛上方清秀的柳叶眉，形成一双英俊的眼睛，再加上下面的塌鼻和标准的唇形，让他的面貌看起来算不上非常英俊，但也算是颜值在线，他就是主角「石田.宫一」，所有初中毕业生中最优秀的一位，以高分进入了日本最有名的高级中学「弗刻早田高级中学」
石田走上台，先深呼吸了一下，缓解自己紧张的情绪，紧接着就开始自己的演说，演讲的过程中，石田总能瞟到台下人群当中的女生投来的仰慕的目光，不过他现在并没有时间把心思花在这上面，几分钟之后，演讲结束，石田在学生们的掌声中走下了讲台，毕业典礼结束之后，石田走出了学校的大门，心中五味杂陈，有苦也有甜，悲伤与欢乐交织在一起，形成了一种非常奇怪的感觉，石田摇了摇头之后坐上了回自己家的出租车
出租车一路来到了一座小别墅门前，这座小别墅位于白滨町的一处偏远海岸，周围的住户数来数去也就只有几十户，而唯一的好处就是旁边就是海，出门就能去到达海边，石田用钥匙打开门，照习惯说了一句：“我回来了”
只是没有人回答他，石田脱下鞋，穿上拖鞋回到自己在楼上的房间中，将身上的衣服脱下挂好后换上家里穿的睡衣，来到客厅当中，石田照例点燃几柱香并插好，在养父母的遗照面前下跪并双手合十闭上眼睛，嘴里念道：“爸…妈…我考上高中了，是日本最好的弗刻早田高级中学，请放心吧”
说完，石田便起身离开，此时才是暑假的第一天，而对于石田来说，他不知道现在该做些什么，在学校中他还能去看书学习，可是现在考试已经结束，再学习已经没有用，而高中的知识自己也早已学完，此时他不知道自己还能做些什么，在两年以前因为一场意外事故导致了石田的养父母离世，当时的石田还是个整日不学无术在学校里混时间的差等生，连续留级了两次，而在经受此消息给自己带来的打击以后，他彻底变了，他开始发奋学习，从一个不学习不听话的孩子变成了人们口中常提到的“别人家的孩子”，虽然最终如养父母所愿考上了高中，然而现在整个家只剩下石田一个人，而他在学校中的朋友也全都因为暑假要去其他地方玩没有在他身边，根本没有人陪他，整个暑假他能做的除了学习就是学习，他几乎花费了一个暑假的时间将高中的知识学完，现在已经开始学习只有博士生才会学的理科知识
石田无聊地在沙发上看着电视上播报的新闻，什么“某某学校学业水平考试再创新高”，“某某学院从多少多少时间正式开始招生”，或者“最近市内地面多发生强烈震动”等新闻
然而就在石田下一次换台时，一阵剧烈的晃动将石田手里的遥控甩飞，石田惊慌地看着周围的一切立马跑到屋外，而他看到的东西差点吓得他站不起来
站在他面前的是一只身高几十米的大怪物，头外部覆盖有白骨，身体如蛇，两条手臂粗壮有力，布满了结实的肌肉，皮肤呈灰色切泛有些许水光
那怪物将头一扭，看到了在自己侧方的石田，便张开了大嘴朝石田发出如尖叫一般刺耳的吼声，紧接着朝着石田咬过去，石田赶紧向侧方跳出，躲开了攻击之后赶紧从地上爬起沿着公路一路狂奔，石田虽身为学校运动会的一千米长跑和一百米短跑的冠军，然而怎么可能跑得过这庞然巨物，那怪物虽然只有两只手供自己行走和奔跑，然而速度却不必一辆高速行驶的轿车慢，没过半分钟，它便已来到石田的身后，同时张开大嘴从嘴中吐出一条红红的“信子”，那强大的冲击力将石田打翻在地，石田一边恐慌地看着眼前的怪物一边退后，因为腿部被摔伤，他已无力在支撑自己站起来，那怪物已经来到自己的身前，似乎已经无路可逃，此时的石田唯有为自己祈祷不要死的太难看
怪物立刻张开布满尖牙的血盆大口要将石田一口吞下，这时天空中传来一阵破空声，只听见“砰”的一声，怪物的背后被炸出一个大口子，霎时间血液飞溅，疼得那怪物发出愤怒的吼叫，转头向身后望去，接着迎面而来的就是一阵机枪的扫射，子弹虽无法穿透怪物坚硬的皮肤，但也让它无法看清自己前方是什么
在怪物面前是由4架米—24A武装直升机组成的攻击小队，其中打头阵的是小队队长，队长用对讲机喊道：“那里有居民，4号机先去营救，2号3号和我用三角攻势吸引「蛇骨巨蜥」的注意力，开始行动！！”
最后方的4号直升机加快了速度朝着石田那边飞去，而这只名为「蛇骨巨蜥」的怪物刚想要攻击就被其余的三架直升机火力压制，三架飞机将它围住，形成一个三角形的包围圈，用机枪和导弹全力压制住它的行动，每当它要去攻击一架直升机时直升机便会加速上升同时其他两架直升机趁机朝着背部的伤口用机枪扫射使其注意力被反复分散无法集中精力去攻击
4号直升机上的士兵用担架将石田抬到了飞机上后快速升空，医疗兵在快速诊断了一下石田身上的伤势之后，有些惊讶地说道：“想不到你身体还蛮结实的，被蛇骨巨蜥舌头击中的人要不就是小面积骨折要不就是内脏损伤，而你的背部却只有些皮外伤”
石田问道：“那…我的脚怎么样了？”
“也没什么大问题，只是轻微的扭伤，加压包扎一下就好了，要是我们有你这样的士兵那可真是捡到宝了啊”医疗兵说道
就在蛇骨巨蜥与三架直升机打的难舍难分之时，旁边的海面开始有些躁动不安，原本平缓的海浪突然开始变得波涛汹涌，海面开始掀起滔天巨浪，水下游过一个黑色的巨大身影，在靠近海岸之后，远处传来了一声地面因为重物踩踏而产生的如五级地震一般的脚步声，而这一声脚步声一瞬间就将蛇骨巨蜥的吸引力全部吸引到了脚步声传来的方向，并朝着海岸边慢慢地爬去，而三架直升机的驾驶员也因为这一声脚步声停止了攻击，任由蛇骨巨蜥离开，他们调转机头看向脚步声传来的方向——海边，因为这一声脚步声已经消失了20年，他们不敢相信这脚步声竟会再一次出现
就在几位驾驶员疑惑之时，那脚步声又一次从海下传来，紧接着又是一声，一个黑色的庞然大物慢慢地从海水当中走出来，就连飞在空中的直升机驾驶员都要抬起头看面前的这个大家伙，他们的眼睛里面透露着惊讶，恐慌，惧怕和绝望
就连一向沉着冷静的队长也用颤抖的语气说着：“这，这怎么，怎么可能！！？”
它正是已经消失了长达20年之久的怪兽之王「哥斯拉」，一切怪兽灾难的起源
