公元20XX年，全球各海洋的出现了大量的未知生物，这些生物攻击了他们遇见的所有船只，造成难以计数的伤亡和财产损失，他们封锁了所有的海上航线，导致大陆之间无法进行任何贸易，使得一些岛国的生活需求野无法得到满足。为此，这些国家进行了多次联合作战，尝试打通海上航线，在付出极大的伤亡后也仅仅成功打通了个位数个航线。这些航线在初期被用于移民，将到部分居民移到大陆上，但仍有少数居民选择留下。在移民潮过去后的第一次深海大爆发中，各个国家海岸线出现了身上带有神秘武装的少女，这些少女配合着各国残余的战舰堪堪抵挡住了这次爆发。他们守住了部分航线，但人类的活动范围也被限制在近海，人类凭借现存的力量无法与大洋深处的深海对抗，人类暂停了开拓航线的行动，以便于为下次深海爆发积蓄力量。
在第一次深海大爆发结束后，这些自称为舰娘的少女与军方接触，并成立了管理舰娘和抗击深海的组织——对深海对策局。舰娘的出现带来了新的科技以及一些奇怪的小生物——被军方成为妖精的种族，这些小东西擅长开发，修复，建造，战斗，他们与舰娘一起战斗，为他们提供装备，而舰娘与妖精以及某些觉醒了特殊能力与舰娘契约成功的人，提督，组成了镇守府。镇守府是人类与深海抗击最前线的哨所，并且他们负责清除附近航道上的深海和护航。
人类在第一次爆发后并没有等待多久就迎来了第二次深海爆发，在这次深海爆发中，他们遭遇了新型的深海——栖鬼级，栖姬级，水鬼级，人类的力量太过薄弱，以至于不得不放弃了一些前线的镇守府，退守到非常靠近陆地地区的镇守府。
在深海出现后3年，人类已经确定了一部分航线，尝试拓展航线依然非常困难，但是部分大陆居民已经开始出国旅行。
而作为曾经的旅游热点的J国，并且以旅游业为基础复兴了经济，J国人口开始增加。作为一个岛国,J国拥有更多的镇守府，他们的提督更多，所以在数次深海爆发中他们牺牲了更多的舰娘和提督，损失的镇守府更多，一些镇守府就在航线附近，但却再也没有人想尝试重建它们，因为尝试过的人大多都已经死了。
C国高三毕业生秦在大学前的暑假选择去J国进行旅游，作为一个家境很是不错的少年，他选择了最危险的航线想要看一些不同的风景，因为他从同学处听说，安全航线上几乎没有多远就是一堆人类的建筑。
“你们看，那是不是舰娘。”
“哪？哪？”甲板上一阵喧闹声把秦从睡梦中吵醒。
“啊啊啊啊啊！让不让人好好睡觉了！”坐起的秦发出这样的抱怨声。换好衣服，从边揉眼睛边自己的房间走出。
“听说有舰娘过来了。”
“毕竟我们坐的邮轮可是有护航的高等航线。”
“快点上去看看舰娘是什么样吧，我买这个票就是为了看一眼舰娘啊，内陆可不像沿海这么容易遇到舰娘。”路过的两个游客从秦身边匆匆走过。
“哈？舰娘？好无聊啊。”边说着，身体也慢慢向楼梯走去，晃~~晃~~晃~~
好不容易挤到栏杆旁的秦把目光移到邮轮旁边护航的两位少女身上，这两名少女的外表非常相似，但是不同的是他们的头发和瞳孔一只是白发带着有点粉色的瞳孔，一只是黑发金色的瞳孔。
“这里是第623号镇守府派来的护航编队，菊月和三日月，请你们的舰长出来对话。”其中一只舰娘说到。没有一会就有一名水手来到栏杆旁，说：“我们这就放下梯子。”
从侧面放下一条软梯，两名舰娘就从梯子上慢慢爬了上来，船长也来到了甲板上。虽然有水手拦着人群不让人们靠的太近，但是站在最前排的秦还是隐约听见了舰长与两名舰娘的对话。
“怎么只有你们两个，一般不是四个人吗？”
“我们也没办法啊，最近深海又开始活跃了提督最近把大部分舰娘放出去巡逻了，所以今天来护航的就只有我们两个了。”
‘看来最近也有点不太平啊一会要不要去跟家里说一声呢。算了，别让他们担心了。
回去再补个觉吧，啊，好无聊啊。’
时间1743
秦的房间，屏幕中一个舰娘正在躲避着深海的鱼雷，鱼雷从前方不断的袭来，“啊，怎么会遇到鱼雷海的，这就比较尴尬了。”，这名舰娘不断的开火射击，然而对面的是战舰栖姬加几艘驱逐舰和轻母，这时一刻航空炸弹砸在这名舰娘的身上，瞬间大破。
“这游戏真难玩，啊，不玩了，去餐厅吃点东西吧。”躺在床上的秦放下手中的手柄，换上出门的衣服，在洗手间洗了洗脸，看看了镜子中的自己，有点幼稚的脸，高中时代经常被人说有娃娃脸。‘算帅吗？应该算一般吧’初中时代曾经喜欢过一个女生但在告白失败后有些自卑的秦，后来有人说他帅时，总是笑着说；“不要拿我开玩笑吗，这样不好。” 走出门，稍微整理了一下自己的衣服，正转身走向餐厅的时候，他听到两个水手说：
“听说他们发现了深海的潜艇。”
“放心吧，我们有护航的舰娘，他们肯定能挡住深海的。”
“期望如此吧。”
‘潜艇？怎么今天这么多事情。’秦忍不住扶了一下额头。十分钟后，坐在餐厅里的，手里拿着刀叉吃着晚饭的秦，看了看周围，’人蛮少的吗，我来的太早了？’
Dong~~突然间，船身震动了一下，“哦，该死的，这又是怎么回事。”秦发出了一声抱怨，“让我好好吃饭不行吗。”放下了手中的刀叉，走向前台，对着侍应生说道；“您好，我想问下，怎么了，刚刚的震动？”
“不要担心，可能是小规模的深海造成的骚动。”侍应生非常熟练的应答道，“我们已经在这条航线上航行了一年了，这种事情时有发生。”
“好吧。”这个侍应生还真是熟练啊，秦不由得感叹。然而外面还在不断的爆炸。过了一会，貌似外面的响声停止了。然而突然一声远比之前更大的响声和一阵更大的震动，然后秦就失去了他的知觉。
“嗯，不要碰我，我要多睡会，嗯~”趴在沙滩上的秦发出一阵喃呐，‘怎么有点不太对，我的床有这么硬吗？’感觉不对的秦，从沙滩上爬了起来，看着周围不熟悉的景色“嗯，嗯？？？？这是哪？”秦发出喊声。
总之先四处看看吧，从沙滩上爬起的秦，拍了拍衣服，擦干净脸上的沙子，向内陆走去，走了一会后，秦：“空气真清新啊个鬼啊，这该不会是无人岛吧，那我就惨了，要在这待多久啊。”
“咦？好像有建筑物。希望有个电话或者什么的就好了。”前面露出一个破旧的建筑物，看样子似乎已经被废弃很久了，在二楼似乎有几个影子掠过。“好像不太对劲。”秦立刻趴到在地上，用他不算太标准的匍匐姿势前进。
秦从草丛露出个头，观察着四周。“请问？”有人用日语问道。
“不要打搅我，我真在观察情况呢。”秦也下意识的用日语回答道，这多亏了他初三后闲得无聊报的日语班。
“请问？”
“？？？？？？？”秦紧张的转过头对着声音的来源，“你，你好。”这时秦发现说话的人是个小麦肤色，穿着泳衣的少女。
“请问，你是就是我们镇守府的新提督吗？”少女用一副期待的表情问道。
