和其他很多游戏一样，《超级载具自创》这款游戏之中，也有着“副本”这一设定。
同样，也和其他很多游戏一样，《超级载具自创》中的“副本”，也是有别于战略大地图，且与大地图五联系的各个任务小地图。
在《超级载具自创》各种副本之中，单名玩家带着舰队与战车前往小地图，和剧情设定之中AI的各种海上战舰或是陆地载具，进行PVE作战。
副本的背景设定非常丰富！
有时，玩家能够在热带海域，同热带本土文明的战舰，一起对抗打折“探险者”名义，抢夺黄金的掠夺者的大舰队！
有时，玩家也能在亚热带和温带古老的陆地边，同传承武侠文明的舰队，一同对抗可怕的入侵者！
亦或者，玩家还可以在沙漠之中，和当地文明的坦克歼击车，一同攻击敌人的超大型多炮塔坦克！
玩家能够同过刷副本的过程，挣取游戏内的钱币与经验值。
同时，在完成不同副本的作战任务之后，玩家除了能获得游戏内的经济奖励之外，还能获得每个副本十分独特的奖励！
