中和二年（882年），唐军一度攻入长安，黄巢军露宿霸上，调知官军不整，且诸军不相继，引兵还袭之，自诸门分入，大战长安中，唐将宗楚、弘夫死，军士重负不能走，是以甚败，死者什八九。
这一次黄巢恨城民协助官军，打破与摩根最初定下的约定，于是纵兵屠杀，血流成河，谓之“洗城”。黄巢未派大军追击唐僖宗，让唐军有喘息机会。
中和二年（882年），逃往四川的唐僖宗反攻，九月，齐军将领朱温在同州与王重荣交战中，投降唐军，被任命为右金吾大将军，赐名全忠。任河南中行营招讨副使。
中和三年（883年）二月，唐朝廷任朱温为汴州刺史、宣武军节度使，要等到唐军收复京城后赴任。于是朱温加紧与各路唐军围攻长安。四月，黄巢退出长安
唐军李克用部一万余人南下，齐军大将赵璋战死，尚让投降，华州、兰田相继失守。
这时，各地勤王军都来到长安，在渭桥与黄巢军大战，黄巢军败退入城，李克用乘胜追击，从光泰门进城，与起义军战于望春宫升阳殿，黄巢军败退，向南逃到蓝田。长安被唐军收复，李克用军功居首。
唐僖宗任命李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使，任命李国昌为雁门以北行营节度使。十月，其父李国昌去世。
黄巢沿途抛弃黄金珠宝，唐军争宝竟不急追。他后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州，唐军守将秦宗权战败投降，六月围攻陈州，遭遇刺史赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城。
齐将孟楷挺进河南途中，中俘牺牲。黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。
黄巢想要把手伸向陈州周围的百姓，欲做在原本史书上所记载过的事，遭摩根强烈反对甚至差点引起哗变只好作罢。
黄巢心里面对这个“女儿”更加充满了不爽。
后摩根弄来了粮食才对此次冒犯他之事闭口不谈。
经过此事黄巢原有的威望直速下降，齐军大半数隐约视摩根为首。
摩根在围陈州一百日后用计攻入城内，刺史赵犨力战而死，其部大半降于齐军。朱温率军来救，亦不能取胜，双方僵持日久，朱温复求救于李克用。
经此一战狼狈撤出长安的齐军才有了地盘可以喘息。
休养了许时间，摩根驱赶陈州百姓前往其他地方。
中和四年（公元884年）春天，李克用率兵五万攻陈州，关于齐军生死存亡的一仗即将发生。
二月，黄巢依摩根的计划以自身作饵引李克用入城后放火焚烧，但事不如意李克用在城中折损千人后破开一处城墙逃出火海。
这样子城中也不能守了，大齐军在野外与李克用、朱温二军交战。
双方在位于有着河流的地方血战，死去的士兵尸体大半都沉入河流中。
摩根率自己的黄河卫，连败李克用鸦军于太康、汴河，河东节度使李克用逃得一命。
这条消息很快传出，使原本在起义军中看起来扎眼的摩根，更加扎眼了。
同一时间，朱温大败黄巢于王满渡，但因为大齐中的将领文官皆知摩根的厉害，原本在历史上投降了很多人现在只投降了一半。
而黄巢率残部向摩根逃去，朱温一路追赶与胜利之后赶过来的摩根撞了一个正着。
朱温被杀了个人扬马翻，死在了乱军中。
其亲信将领胡真、谢瞳再次投降，摩根将之前隐报朱温表章的左军使孟楷处死以此抚慰二人内心。
随后摩根收整了军队后再次入主蔡州休息。
此时的唐廷对摩根很是重视，以赏金封节度使为条件招求人杀死她。
六月十五日，武宁节度使时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让攻打摩根，行至河阴，军士哗变，欲返徐州，逐节度使支详，让李师悦掌握全军，却被摩根带兵偷袭李师悦和尚让皆被杀死，所部死伤过半。
摩根趁势攻击时溥，七月，徐州破，时溥与妻小自焚而亡，至此，徐州、蔡州尽入摩根之手。
九月，摩根奉黄巢之令领黄河卫再次攻伐长安，九月三十日长安城破，唐僖宗被擒。
经历过勤王军和鸦军拷打过的黄巢，此时也明白自己之前的一些错误，他不应在没有深厚实力的情况下称帝的，皇帝唐僖宗也没有擒住先行占好名义的地盘上。
说到底，这天下还是叫大唐叫也无所谓，不需要急称帝改名，最主要的还是什么样子的势力掌握国家政权。
即将黄巢想再去长安但以他现在的身份，去了也太有冲突的地方了，于是打消了念头在徐州为摩根供应后勤物资。
再次入主长安的摩根名面上恭敬地对待唐僖宗，暗地里却是派人监禁他，不使他自己出寝宫半步。
随后摩根开始准备讨伐境内的藩镇势力。
摩根招抚流亡，减少大齐掌控地内赋税，稳定地盘的经济。
中和五年，摩根以唐僖宗的名义斥责各藩镇名义上听陛下号令，实际上早已成为独立王国的行为问罪各藩镇，行施削藩镇的政策一下子引起了各藩镇的反弹。
各藩镇再一次打出进京勤王的口号，联合在一起攻打长安，但这一次被摩根击溃，藩镇联军各节度使死伤大半。
摩根没有趁势追击，唐代的节度使不怎么像诸侯王，其子若无父亲帮衬随时都能被底下有野心的人推翻，她放这些人的原因就是为了这个。
果不其然，死了节度使的地方开始闹起了矛盾，争夺节度使的位置，摩根趁此机会带兵攻打将这些地方全部拿下来了。
之后与李克用再次交战，击杀李克用斩杀其军队数万人。在之后的三年内摩根与剩下的藩镇节度使进行交战，三年后平定唐廷境内的藩镇节度使势力，战功赫赫威望到达了极高，被黄巢封为乐安王。
自古到唐朝以来，只有武则天到达过帝位，其余在古代历史中能够达到王之一位的杰出女性几乎没有，顶了天只有将军和侯的职位，所以这一下子摩根也到达了风口浪尖的地步。
摩根达到风口浪尖的同时，黄巢见境内再也没有内对大齐政权造成威胁的势力了，于是隔年唐僖宗身患重病在临死前禅位黄巢，圣旨内说黄巢称帝是受人蛊惑之后没卸掉皇帝称呼也是因为人浑浑噩噩什么什么的，总之说来说去就是洗白黄巢承认其合法性。
于是乎黄巢再次入主长安皇宫。
之后的几年，在摩根的大力推动下，黄巢作出限制节度使的政策重重限制地方官府拥兵自重的可能性，减轻境内百姓赋税并且实施摊丁入亩，将税收到世家豪绅的头上。
这一下子使得世家豪绅跳脚，纷纷聚集到黄巢麾下挑动黄巢与摩根的关系，并且到处在百姓中煽动让百姓搞破坏，扬言摩根一女子祸国殃民甚至到了想效仿武则天染指帝位的地步。
原本平静了几年的天下，局势越发紧张起来，黄巢也开始打压摩根的势力，封摩根为王的目就是为了拉拢人和他一起打压，天下百姓应该是要遵从他的而不是只知摩根不知他！
之前试探了摩根一次又一次她也不愿交出手中的权力，就不要怪他不顾父女之情了。
摩根的精锐之军黄河卫也被黄巢调离。
对此摩根并不意外黄巢的行为，唐太宗李世民如此人物还不是受其父忌惮不喜，坐视李建成李元吉迫害。
这个世间，最高上位者对你心生怀疑不喜忌惮，哪怕你再忠心耿耿没有造反也没什么用。
飞鸟尽良弓藏 狡兔死走狗烹，最高上位者太多数如此，这是这人世间诸多轮回一次又一次的事情之一。
于是乎在这年七月，摩根在太极宫的北宫门—玄武门附近发动政变，黄巢虽有预料可他并没有想到他在这皇宫里面安排的禁军，竟然大部分在这个时候无视他的命令，使得摩根带着八百府兵一路径直逼向他的寝宫。
黄巢气得发抖，他看着面前的摩根越发觉得自已没做错，这人甚至都渗透他皇宫里面了，果然是有着不臣之心！
摩根见黄巢这样子，伸出手指隔空一点，黄巢在原本历史上的经历涌入他的脑海中。
接受完的黄巢惊骇地看着摩根，想要说什么，但因为摩根做这类给原本记忆的事通常都不会让当事人向他人说出有关的东西，所以黄巢根本不能当众说岀摩根对他做的事。
最终黄巢在摩根的逼迫下，立摩根为太女，两个月后禅让皇位，被记载为齐太宗，年号乐安，开启了长达三十年的乐安之治。
