完成了周遊列國的旅行后，司馬瞳回到了玖留國；迎來自己的成人礼同時，參與了天子澈舉辦的祭天大典。此舉是為了應對預知夢中，因為庫洛牌系統衰退而現世的原屬於庫洛.理德的負遺產：無之庫洛牌帶來的危机。
在一周目中，由於對無牌力量的誤判導致儀式失敗；但在司馬瞳和加賀野愛朝西方進發，並最終經歷了超越時空限制級別的扭曲事件。終於在銀之庭園處從黃金時代的魔法少女：木之本櫻手中得到光的小櫻牌，回到原點讓天子澈成功封印無之庫洛牌並使其轉化為【希望】庫洛牌。
以此為分界線，世界線進入到不受虛無影響的二周目。
依靠上一次行程的記憶，史官家的女兒利用司馬家的藏書重新整理；當前已知的關於賢者庫洛.理德以及木之本櫻等黃金時代相關史料，然后經由玖留國皇室的途徑進入扶桑國。而跟前世不同的點在於，此行不用再捲入到扶桑國內複雜地緣和歷史環境中；司馬瞳反而是直接拜訪早已衰落的齊國公室，並認識了在泉之鄉有職務的美翔舞和其友人日向咲。
此后以齊國公室的人脈為跳板，司馬瞳得到進入皇都的推薦信；並得到擁有庫洛.理德血源及預見能力的纏裝使皇纏引見，在協助其處理與荒魂相關的事件后取得其信任。最終得到通往阿爾扎德的出海權，過程中司馬瞳主动接納了打算尋找生命之花的森谷莉莉佳和宇峙星夜；再加上渴求冒險的咲舞二人，扶桑遠征軍再度結成。
抵達阿爾哈扎德后，遠征軍同樣在美久和凜的領導下來到克依.安斯面見海倫娜女皇；司馬瞳同樣在此重新認識【外來者】視角中，關於阿爾哈扎德土地的歷史。同時也知道了他們計畫對南下的瘟疫屍群進行遠征，此時的遠征軍內也跟前世一樣對事件真相產生自己的見解；在排除掉【無】的因素后，剩下的見解有二。
1. 美咲二人的見解：阿爾哈扎德的超自然瘟疫，起源於遭到暗屬性浸染而暗墮的庫洛牌；而其黑暗本身則源自克依.安斯居民先祖，曾經追獵怪物的怨念；若對庫洛牌進行封印，便能引出真凶將其擊殺。
2. 森谷莉莉佳的見解：根據從生命之花產地遭遇惡意的預知夢內容，以及從受感染怪物身上搜集的体液，可以分離出粗制的【綠色疫苗】；假如屬性浸染的理論成立，那麼造成瘟疫力量本身應該是受污染的生命之花（也不排除使庫洛牌暗墮的元素來源於此）
而跟一周目的前世不同點在於，二周目的司馬瞳並不需要考慮無之庫洛牌可能的干擾；因此在認可森谷莉莉佳的論點同時，也同樣協助咲舞二人鎖定暗墮庫洛牌的候選範圍。
然后故事再次來到了，那个曾被局外力量強行終止的分岐點上。
………
疫潮的进军在克依.安斯被阻击后，重新退回北方；若假定其背后存在人为的意志，那么现在便是北上追击的绝好时机！在海伦娜女皇的安排下，克依.安斯的军队整顿资源开始进行远征……若要我来纪录这历史的话，序言肯定会是这么安排。
坐在汽油镇提供的车辆内，我对当下的情况毫无头绪：不管全局层面的还是当下状况，目前就是一个缺少能把事情都给串起来的关键信息…然而人们已经依据自己所掌握的情报，得出所需的结论并赶紧作出行动。
就这样克依.安斯的军队仍在朝北方前进，中间的过程不提。
数天后
淡薄的迷雾开始再度变得厚重；【疫潮】在不远处沉重的积压在前方的城市，我不确定这样的描述能否被理解：绿色的浓雾在前方，已经凝聚成某种难以被形容为雾的东西；并且黑压压的一片把特定的范围给覆盖起来。此后的情况没有什么好说，【战争】理所当然的爆发了！
跟过去在邪道国家看见的过家家不同，是军事团体真的在进行砍杀的战斗：汽油镇的车队以远超骑兵的速度进行突击，然后利用喷火器焚烧冲出的怪物。紧接着以凛为首的战士从车上冲出，她们瞬间接力把用喷火器打开的局面上再杀出道路来；只见凛跟小爱相互配合，用雷击魔法将一头巨战的脑袋给轰掉！再让普通的步兵随后收割，车队在这样相互配合的状态突进城镇之中。
然而只杀死感染者是无法夺回土地的，代表疫潮本身的迷雾仍然存在；因此确保军队能够行进的关键便落在咲舞二人，以及莉莉佳身上了！从齐候身上传承下来的【风之库洛牌】正在驱散迷雾，咲舞二人紧握彼此的手对大气进行操作。除此以外，在车上挂着的硫磺火盘也在发挥作用！
那是宇崎星夜提出的点子，利用炼金术手段搭配莉莉佳手中的绿色疫苗重新加工燃料；使其燃起绿色的火焰，如此一来【疾病】本身便远离了车队上的人们—依据事前规划的路线，车队在【疫潮】垄罩下的城镇内进行了一圈突击！
在充足的事前准备下，我们理所当然的清理掉感染者并控制了大半的区域；下午结束前我们已经夺回中央广场，周遭也已经挂上了硫磺火盘且有卫兵驻守；剩下的就是从车上搬下物资，然后完善据点。
「嗯…感觉写到这个程度就差不多了！而且也附上了简单的时间表。」
合上本子，当我从车上下来后营地已经变得井然有序…直到这里事情都跟一周目差不多，我心里这么想着。尽管因为消除了无的影响，导致前往扶桑国的行程发生了巨变；但至少在阿尔哈扎德这里发生的事并无大的变化，毕竟这里已经是中原权力无法触及的海外之地了。
然而作为二周目玩家，我利用前世的情报在玖留国多作了些调查！因此我敢肯定这次一定能够走通结局，史官家的女儿心里如此确信。
