拙作对于舰娘指挥体系的设定建立在加里宁格勒公约的舰娘条款（即舰娘仅向安理会加里宁格勒公约缔约国紧急委员会宣誓效忠，在服役期结束前不得加入任何国籍，军籍与政府性或企业组织。在UJSE与NAPA两大联合舰队服役的舰娘实际上与加入联合舰队的各国海军仅存在配属关系）基础上，这也就意味着舰娘由于其特殊的性质颠覆了传统的军队指挥体制，因此舰娘在多国舰队内的指挥体系为一个在同盟框架内高度自治的协商/联席式体系。
2.舰队与常规舰队的指挥机构有所不同，其组织结构往往是由各舰种舰娘组成各舰种分队，然后由接受任命的分队长作为舰娘代表参加全舰队的指挥协商会议。最早执行舰娘编组的不列颠尼亚皇家海军实行海军荣勋骑士团制，即由舰队司令官（提督）任海军荣勋骑士团的元首（Sovereign），任命秘书舰与各分队长，秘书舰享有第二顺位候补指挥权（第二顺位指挥权为舰队参谋长所有，极个别情况下秘书舰会兼任参谋长），任大团长（Grand Master），参谋长任舰队高级专员，以上人员与各舰种舰娘分队分队长组成舰队圆桌会议作为决策机关。这就是被各大舰队沿用的不列颠尼亚指挥体系，简称不列颠尼亚体系
3联盟海军实行舰队军事委员会制度，海自执行舰队委员会制度，而联邦海军执行舰队参谋长联席会议制度
4.UJSE-JCSC于2023年统一推行舰队联席指挥会议制度，由各舰队司令任秘书长，参谋长任作战总监，秘书舰任首席副秘书长，幕僚长任委员会首席书记官，由以上人员及各部门舰娘部队长（战舰，一等巡洋舰及航巡，水雷战队，正规空母，水母及轻空母，潜舰及特务舰）参加舰队联席指挥会议。
5.总体而言，不列颠尼亚体系是舰娘指挥体系的先驱，其奠定了舰娘协商指挥制度的几个基本原则：
①舰队内提督绝对权威原则。实际上是舰长权力原则的放大版，各部队长由提督委任等于承认了提督对舰队内部人事任免的绝对掌控力。
②参谋长分权原则。这就让参谋长成为了舰队层面上真正意义上的大管家，预算，卫勤，联勤，训练，作战等多方面的报告在经过幕僚长和秘书舰两大舰娘官员后需要在参谋长处汇总，然后方可进行讨论，报告与定夺。
③医疗官员及秘书舰特权原则。秘书舰的职能被放大到新的程度，其有权利协同卫勤官员在判定提督的身体状况无法指挥舰队时通过健康协议向两大联合舰队指挥委员会提出健康状况考察请求。
④军衔特授原则。从大局来看，舰娘拥有军衔还是必要的，最佳的方式是由安理会直接编列及授予一套独立的战时军衔，但这一进程明显离实现还很遥远。因此，出于联合作战的考虑，通过加里宁格勒公约由各国特授给舰娘本国海军的临时军衔是可行的最佳方案。通过奈良条约与共青城协定两个条约体系，三种典型军衔体系（西方型，东方型与东亚型）的融合似乎也不再是那么繁杂的事务了
