这天夜里在谁也没有注意到的地方一搜UFO降落到了东京上空。
接着UFO停留在一栋大楼的正上方并发射出一道奇怪的蓝色光线照射在大楼上。
接着这艘UFO又在夜空中静静地消失了，看起来又要发生什么事了。
第二天，负责建造这栋大楼的远山经理带着辛田和他的施工团队回到了这栋大楼，却怎么也找不到昨天夜里守在大楼里的人。
远山经理：“我说辛田，昨天晚上我让你叫来留守在大楼里那几个人呢，怎么不见了。”
辛田：“远山经理，我也不知道啊，昨天，我是人三郎他们留守的，可是不知道三郎死哪去了。”
远山经理：“赶快给我去找，让他们值夜班怎么能玩忽职守呢。”
辛田：“是，我现在就去找他们。”
于是辛田立刻打电话给三郎但是电话怎么打也打不通。
辛田：“奇怪啊，三郎这家伙怎么电话打不通啊，不会出事了吧。”
中村：“辛田，发生什么事了？”
辛田：“中村，你来的正好，快帮我找找三郎，昨天，他应该和几个工友一起值夜班守在大楼里的，怎么都不见了。”
中村：“不只是三郎，其实连和三郎一起值夜班都阿良还有大山也不见了。”
辛田：“遭了，他们同时失踪肯定昨天晚上是发生了什么事了，赶快去报警。”
中村：“我这就去。”
很快警方便开始调查失踪的这几个人，可是，几天过去了依然一无所获。
麻衣将在瓦尔基星人释放毒气事件中被害死的两个好朋友水野和由美两人的遗物整理好之后送回了两人的故乡。
由美和水野的家人很热情的招待了麻衣。
麻衣：“叔叔阿姨，实在抱歉，我没有想到会发生这种事。”
中村：“没关系，麻衣，你跟我们家由美从小就是好朋友，我想你应该跟我们一样很难受才对，又怎么会怪你呢。”
惠子：“是啊，我想，由美泉下有知也不会怪你的，你就不要自责了。”
中村：“不过，麻衣，你怎么今天才赶过来呢，是不是出什么事了。”
麻衣：“中村叔叔，之前发生了点事，不过处理完了我就过来了。”
中村：“那就好，麻衣，我知道你们防卫军的工作很忙，葬礼你就不用特意请假回来了，回去忙你的事就好了。”
麻衣：“我这次来除了把他们的遗物整理好带过来之外，就是想告诉你们，我可能没办法参加葬礼了。”
惠子：“我们都很理解，不会怪你的。”
中村：“就是可怜水野这个孩子他家里人都过世了，看来只有我们帮他处理后事了。”
麻衣：“那么，交给你们了，我还有事，先走了。”
随后麻衣便离开了，傍晚，麻衣回到了家门口，发现了一个高中女生站在她家门口。
麻衣：“请问，你有什么事？”
女生：“请问，拜托你，帮我寻找我的父亲，可以吗？”
麻衣：“你父亲？”
女生：“是的，我父亲就是之前在那个大楼里工作失踪的人，警察怎么也查不出来，我听说你是GUST的副队长所以想拜托你。”
麻衣：“这样啊，好吧，不瞒你说，我也觉得这件事非常可疑，我会帮你的。”
女生：“那就谢谢你了。”
麻衣：“你先回去，我这就去大楼那边看看，等我消息。”
女生：“好。”
随后，麻衣便一个人来到了这栋大楼前，麻衣绕着大楼走了一圈仔细看了看。
麻衣：“奇怪，没有什么特别的地方啊。”
这时候这栋大楼突然被一道蓝色的光芒笼罩，随后巴尔坦星人出现在了大楼楼顶。
麻衣：“那个是……巴尔坦星人！”
麻衣立刻冲进大楼立刻赶到顶楼，果然发现了站在顶楼屋顶上的巴尔坦星人。
麻衣举起手枪瞄准巴尔坦星人，巴尔坦星人突然分身变成两个，麻衣一时间分不清真假不知所措。
巴尔坦星人却突然发起攻击发射光线打中了麻衣的手，麻衣手中的枪掉落，手上流出鲜血。
然后巴尔坦星人一瞬间瞬移到另一栋大楼的屋顶上然后巴尔坦星人的UFO再次出现又出现了奇怪的蓝色光芒。
光芒散去后巴尔坦星人和UFO再次消失的无影无踪，麻衣捡起地上的手枪握着受伤的手。
麻衣：“可恶，被他摆了一道，原来，这全都是巴尔坦星人搞的鬼。”
麻衣立刻向GUST本部报告了这件事。
麻衣：“我是麻衣，我发现了大楼失踪的人的秘密了，他们都被巴尔坦星人抓走了，我准备阻止却被巴尔坦星人打伤了。”
哲也：“什么！巴尔坦星人！如果是巴尔坦星人的话，恐怕没那么容易对付。”
新源：“怎么说。”
哲也：“巴尔坦星人擅长各种各样的超能力比如穿墙术隐身术分身术等等，甚至还能附身在人的身上，可不容易对付啊。”
美奈：“不会吧，那不就跟忍者一样。”
近南：“我可不管他是不是忍者，我才不怕他呢。”
江泽队长：“好吧立刻对巴尔坦星人出现这一带进行封锁和调查一定要找到它。”
很快GUST就将巴尔坦星人出现的这一带完全封锁并对两栋巴尔坦星人出现过的大楼进行检查。
麻衣和美奈两人来到了昨晚巴尔坦星人进行袭击的第二栋楼里却发现整个楼里空荡荡的一个人也没有。
麻衣：“真奇怪，这栋栋是这一带住客最多的住宅区，怎么人都到哪去了。”
美奈：“更奇怪的是我们检查的每个房间里都有人生活过的迹象，但是，人都到哪去了？”
麻衣：“明明有人在这里生活，人却凭空消失了，只有一种解释，人全都被巴尔坦星人带走了。”
美奈：“看来只要找到巴尔坦星人就能找到失踪的人了。”
麻衣：“也许是吧。”
这时候一个巴尔坦星人突然出现在两人面前然后以极快的速度跑到另一边去了。
美奈：“巴尔坦星人出现了！”
麻衣：“快追！”
于是麻衣和美奈两人立刻追了上去，当美奈和麻衣追上时巴尔坦星人突然停了下来。
麻衣：“你逃不了了巴尔坦星人！”
只见巴尔坦星人故技重施分身成许多巴尔坦星人将两人团团围住并且以极快的速度旋转中，麻衣和美奈被搞得眼花缭乱。
接着这些包围麻衣和美奈的巴尔坦星人突然发射出蓝色的光束，这些蓝色光束变成像绳子一样将两人牢牢捆住。
接着巴尔坦星人的分身又合在了一起变回了一个巴尔坦星人，巴尔坦星人计谋得逞得意的哈哈大笑！
巴尔坦星人：“哈哈哈哈！哈哈哈哈！”接着巴尔坦星人又一眨眼消失不见！
麻衣：“可恶！那个混蛋！”
美奈：“我们现在该怎么办？”
麻衣：“必须想办法联系上其他人来营救我们。”
美奈：“好，我现在就试一试。”
美奈勉强自己用被困住的双手试图将装在自己身上的通讯器拿出来。
这时候巴尔坦星人化身成麻衣的模样直接回到了GUST本部。
哲也和巴尔坦星人假扮的麻衣碰面，哲也：“麻衣，你怎么回来了？美奈队员呢。”
麻衣(巴尔坦星人)：“我让她留在那里了，所以我就回来了。”
哲也：“哦，原来是这样啊。”
哲也(心想)：“奇怪，麻衣不想是会留下美奈自己一个人回基地的人啊，算了，可能是我的错觉吧。”
随后哲也若无其事回到了司令室，巴尔坦星人伪装的麻衣顺利来到了机库。
麻衣(巴尔坦星人)举起手发射出特殊光线将幻影战机破坏掉，巴尔坦星人的攻击发出巨大的动静触发了警报。
巴尔坦星人立刻隐身消失了踪迹，GUST队员们听到警报器的声音全都来到了机库里。
江泽队长：“这是怎么回事？”
竹中总监：“发生什么事了？”
由莉：“不好了！三架幻影战机被破坏了！”
江泽队长：“怎么会发生这种事，难道基地里混入了侵略者！”
哲也：“不可能啊！如果有人进入基地一定会发现的！”
竹中总监：“那现在已经被破坏的机库是怎么回事！”
由莉：“这么说起来确实有侵略者混进来了？可他是怎么通过我们基地的防卫的！”
哲也：“我们基地的安全系统不可能让侵略者轻松的绕过去，而且如果是强行进入一定早就发现了。”
由莉：“那到底是怎么回事呢！
哲也：“对了，如果敌人变成GUST队员的模样的话就可以轻而易举的混进来了，那我刚才遇到的麻衣就是巴尔坦星人伪装的！糟糕！快回去！”
听了哲也的分享众人立刻掉头返回司令室，这时候麻衣(巴尔坦星人)举起手发射光线将整个司令室破坏掉。
队员们赶回来的时候已经来不及了，基地已经被破坏了。
由莉：“麻衣！”
哲也举起枪瞄准麻衣(巴尔坦星人)：他不是麻衣，是巴尔坦星人！
巴尔坦星人显出原形得意的大笑：“哈哈哈哈！哈哈哈哈！”
接着巴尔坦星人发射出一道蓝色的光线照射在众人身上所有人瞬间消失了。
这时候美奈终于拿出了通讯器对本部进行联络但是通讯被巴尔坦星人切断了。
美奈：“通讯被切断了，难道是巴尔坦星人？”
麻衣：“不行，再这样下去情况不妙。”
麻衣使用艾利斯手镯强行变身为艾利斯奥特曼并挣脱了束缚接着将捆住美奈的绳索切断。
艾利斯奥特曼纵身一跃飞到空中变成一颗红色光球直接进入基地内追上混入基地司令室内的巴尔坦星人！
巴尔坦星人逃出GUST基地变成巨大化，艾利斯奥特曼也离开GUST基地变成巨大化。
紧接着艾利斯奥特曼与巴尔坦星人开始进行一场激烈的战斗。
巴尔坦星人连续发射光线进行攻击，艾利斯用连续的后空翻躲避了所有的攻击。
接着巴尔坦星人突然隐身从艾利斯身后出现连续重拳对艾利斯进行攻击。
艾利斯被巴尔坦星人连续的重拳击倒，巴尔坦星人继续攻击，艾利斯翻滚躲避了攻击。
艾利斯迅速起身连续重拳猛击巴尔坦星人接着抓住巴尔坦星人的手臂将其摔倒。
巴尔坦星人释放出光线形成一个圈将艾利斯的双手和身体锁住，接着冲上前连续出拳不断攻击艾利斯。
艾利斯使出全力挣脱束缚一记重踢将巴尔坦星人踢飞！巴尔坦星人缓缓起身。
艾利斯使出八分光轮准备终结巴尔坦星人，谁知巴尔坦星人突然分身成两个，八分光轮打中了幻影。
巴尔坦星人抓住机会反击分身成许多巴尔坦星人包围艾利斯。
接着这些分身出来的巴尔坦星人同时对艾利斯发射光线攻击，艾利斯面对如此猛烈的攻击完全抵挡不住被打倒在地。
这时候艾利斯胸前的彩色计时器已经开始闪烁了，这意味着艾利斯的能量已经不多了。
巴尔坦星人突然变出一个蓝色的金属玻璃箱子拿在手上，只见里面装着的正是被抓走的地球人。
巴尔坦星人挑衅艾利斯：“艾利斯奥特曼，你想要救他们吗？那就用地球来换吧！”
艾利斯缓缓起身，艾利斯看着被巴尔坦星人抓住的人质，不知所措。
巴尔坦星人：“怎么了？你不想救地球人吗，你再不决定的话，我可不保证这些地球人能活命。”
艾利斯将手镯变成光剑握在手上，艾利斯准备赌一赌自己的运气准备在一瞬间一剑解决敌人。
巴尔坦星人：“你拿出剑是打算继续反抗吗？好吧！那你就去死吧！”
巴尔坦星人发射出超强的光线进行攻击！谁知艾利斯挥起光剑一剑劈开了巴尔坦星人发出的光线！
并且艾利斯以迅雷不及之势以极快的速度冲到巴尔坦星人面前一剑刺穿巴尔坦星人的身体！
艾利斯顺势将剑拔出并夺走巴尔坦星人手中的蓝色金属玻璃盒子。
巴尔坦星人顺势倒下！接着艾利斯释放特殊光线将被困在蓝色金属玻璃盒子的人救出。本话完
