公元纪 1918年，人类文明科技大兴，神魔传说渐渐不为人知，宗教的影响也随之衰弱。
同年6月一种奇异的古老力量开始苏醒，这力量影响动植物，使其开始进化，拥有了恐怖的超凡能力，但是这不是最严重，最严重的这力量对环境的改变，曾今熟系的一切变的陌生，人类这天灾人祸的影响濒临灭绝，各国也名存实亡，人类目前的科技无法应对。已经陷入了瓶颈，短时间无法解决问题。
同年世界各地人类报团取暖成立神圣救世军研究这种力量，其他最杰出的天才宇文源成功应用了这种力量与现科技融合，力量大增，人类因此得到了暂时的和平。剩下的人拥戴为王，王号为圣，在废墟中重建家园——圣都。
随着家园暂时的安定，宇文源带领剩下的学者研究这种力量，发现这力量是一种肉眼不可见超细微物质，这物质比原子还小，却有影响万物基本构成粒子的强影响力，也就是说如果能掌握这力量就基本可以无所不能，不知为何这物质曾今呈现极惰性状态，所以几乎没有对世界造成任何影响，但是现在突然开始逐渐呈现活性状态。
正因为这物质开始呈现活性状态，从而对原世界产生极大影响。可怕的是这活性状态还不是巅峰，它还在qa不断提升活跃度，这意味着未来世界将产生更大的危险。
这是一个大危机，大变革，也是一个大机遇，宇文源意思到如果不能顺应时代，人类将必然灭绝，为了防止恐慌蔓延，他隐瞒这个信息，暗中组织学者继续进行研究。
随着时间的流逝，学者们发现这种位于现实与幻想之间的神话物质，构成了曾在历史上出现过的神器与圣物。它们虽已随神代的消亡而散佚世间、失去了庞大的神力，但却仍有残骸留于星球表面的各个角落。
时间来到公元2037年，在天空都市“圣都”的顶端，出现了人工构筑的奇迹双塔。
在湖中竖立起水晶之尖塔的学院——苍色穹顶。
如蜂巢般层叠着无限鳞片的学院——虚无穹顶。
双塔的学院互为竞争关系，又都属“圣都”的统辖之下。而圣都在这个时代的计划，是利用散落于地球的“圣器”残骸，以超越时代的科技与魔法再造完美物质，抵达人类所探究终极命题的尽头。
然而，即使奇迹双塔各自还原出了数种古代“圣器”的构造，却也只能是毫无神力的空壳，仅有外表，却无法使用、无法发挥任何力量。
这是因为“圣器”不可能单独成为自主活动的个体，它必须由拥有超凡素质的人类驾驭。然而2037年的世界，已不再有能够驾驭圣器的“适格者”……
但，正因如此，苍色穹顶与虚无穹顶，才会以“学院”的姿态掌握这时代本身。
世上第一位“适格者”，是在圣都顶端出现奇迹双塔的十年之后，在苍色穹顶中先一步觉醒的少女。她深入苍色穹顶模拟出的“虚构之石”内部三千米后，终于拔出了选王之圣剑——石中剑。
自公元2047年起，就如同石子在名为“时代”的平静湖面上，激起了第一朵水花那样——
虚无穹顶的第一位“适格者”也降临于世，随后整座圣都的优秀学生们纷纷觉醒，获取了曾经不属于凡人之手的力量与奇迹。
除最先建立的双塔以外，在天空都市的运作机制之下，这十年间又陆续出现了名为“无罪长廊”、“圣骸地宫”、“万象门”、“心铸之海”的四大学院。自此，属于圣器与适格者的崭新时代彻底开启，并且持续至今。
六大学院矗立在圣都之上，人类文明整体进入圣器时代，除石中剑外，其中最为重要的圣器有“妖刀妙法村正”、“天舟维摩那”、“真十字架”等。但也有一部分适格者并非诞生于“圣都”诸学院的学生范畴，而诸学院对此也并不视为禁忌——“圣都”希望在竞争与研究中引出再造完美物质、通往时代与终极命题尽头的力量。为此，任何形式的合作都是可以被接受的。
公元纪2048年，神魔时代已经被确定为了曾今消逝的文明，伴随着神话物质进一步的复苏，人类个体类别中有觉醒神话种族的特征，还有神话种族的血脉传承与记忆，当然还包括其他动物与植物，他们也开始有觉醒了智慧和行动力的现象。有的行如天使，有的三头六臂，变化的不只是形貌，还有行为特征，身体的改变伴随心理的改变，有的昼伏夜出，有的噬血成狂，这导致人类对觉醒者的排斥与对立。
其实这种现象早有发生，只是被隐瞒了起来，但是随着神话物质活跃，现象越来越大，圣都也已经无法解决，于是这些觉醒者都相拥而立，真正成为了归来远古种族离开了圣都。
公元2049年，情况进一步变化，神代文明并没有完全灭绝，有的种族和个体通过自身强大的实力隐藏沉睡了起来，现在随着时代再次归来，经管他们的时代已经过去，文明的个体已经稀少，虽然强大，却已注定成为现如今时代的宠儿——人类文明寄托的存在。
时代飞速发展，世界的局势也开始呈现明面上的稳定，如今大地被分为7个板块，他们分别是幻海、圣都、布里贡大森林、伊格涅斯雪山原、焦火焚谷、帕米诺、拉苏迪草原。他们共同组成了这个世界——索塔亚大陆。
在一派欣欣向荣的景象，暗中的洪流已经开始酝酿，当他喷发的那一刻，整个索塔亚大陆的都将颤抖。神明在不断回归，曾今文明的毁灭者魔族也开始突破封印，还有不属于然后时代，来自未来之地神秘人物的登场，他们自称来自永恒之地，他们的存在无法被定义，生命的结构更加让人无法理解。
野心家、疯狂的信徒、未知的毁灭者、神明的归来这一切的一切都人圣都的主宰宇文源感到不安，经管因为神秘归来，他利用其中的力量延长了自己的寿命，但是发展的时间太短，年轻时无数次使错耗尽他的潜力，在最后的时间他开始了培养自己的继承者，将他的孩子宇文启送入虚无穹顶，而我们的故事也从此刻开始。
