“呜――”刺耳的警报声在繁华的自由城上空响起，这座极度繁荣的城市中进行着各种活动的人们都停下了手头的事情，就近躲入随着警报一同出现在地下避难所的入口中。不到5分钟，这座无比繁荣的超大都市已经空无一人。
随后，在城市中最繁荣的一片区域上空的空间结构发生扭曲和畸变，到达极限后，一个黑色球体迅速放大，球体边缘接触到的一切都被碾压和吞噬。
当一起结束后，地面留下了一个直径达两百米的大坑，原本在那个位置的一切如被剖凿一般消失。
空间震，一种广域振动现象，发生原因不明、没有固定时间、无法确认灾害规模，就像一只突然现身并肆意破坏街道的大怪兽。
30年前，欧亚大陆的正中央一带凭空消失，死伤者大约有一亿五千万人，堪称人类史上前所未有的巨大灾难。
然而空间震的真正原因实际上是已知的，只不过并不被普通大众知晓。魔术师正是知晓其原因的人们组成的一个群体。
数十位穿戴着暴露却功能强大的名为CR-Unit（战术显现装置搭载组合）的装备的少女在人们躲入避难所后，便从远处的训练基地向着空间震发生的地点飞去，现在她们都将手中的武器对准大坑的中央，等待烟尘散去。
遮挡视线的灰尘散去后，大坑中央只存在着一道穿着白色袍子、戴着兜帽的身影，看身形应该是一位少女，但看不见她的容貌。她只是静静地站立着，没有任何反应。
未登录的精灵！？魔术师少女们提高了警惕，与坑中的少女对峙。然而被称为“精灵”少女依旧没有反应，她们有些等不及了。“Fire！”她们的领队发出了指令，所有武器对着坑里的少女开火，密密麻麻的弹幕朝着少女覆盖，想抢占先手。
坑中的少女现在才有动作，因为她感受到了恶意的攻击，刚才她实际上根本没有反应过来。就像昏迷许久了突然醒过来一样，脑海一片空白，好不容易才想起要回忆一下过去，魔术师少女们的攻击就来了，她的行动也只是身体本能的躲避。
少女身形向左边一闪，用肉眼无法扑捉的速度避开了向她覆盖过来的弹幕，而后将注意力放回了攻击她的人身上。
把回忆过去的事放在一边，眼前的战斗最重要。少女灵巧地躲开弹幕的覆盖，。虽然不可避免地被少部分子弹打中，但她身上的袍子的防御力足以挡住子弹、炮弹和导弹，那些电磁动能弹的威力更强一些，感觉能给袍子沾点灰。
这样想着，少女也不躲避子弹弹幕了，袍子似乎有缓冲内衬，少女没有感受到多少冲击伤害。
在上方开火的魔术师见远程火力似乎完全没用，领队下达指令：“未登录精灵灵装防御力能无视大部分远程攻击，第一小队随我近身战斗，第二小队远程火力支援！”，“Yes,sir!”随后部分魔术师们收起了远程武器，亮出了光剑，魔术师队伍的领队率先带队发起进攻，而后数人一个批次发动进攻，其余人继续火力干扰。
面对逼近的魔术师领队对她的刺击，少女侧身闪开了这一击，迅速用右手抓住对她发起进攻的魔术师领队手上的光剑的剑柄往着对方刺击的方向拉，同时左手迅速用力对着对方腹部出拳。
魔术师领队的身体完全来不及反应，对方的速度实在太快了，肉眼完全跟不上少女的动作。“唔噗”受了这一拳，她瞳孔迅速收缩，吐出一大口血，这一拳让她觉得身体几乎被洞穿一般，抓着光剑的双手也没有了力气松开了，然后她被这一击的冲击力轰飞了出去，被后面的一个队友接住，昏了过去。那位少女查看了被轰飞的领队的身体状况，发现她的内脏几乎碎了，迅速带着她离开了战场进行治疗。
“队长！该死的精灵，给我去死啊！！！”看到队长被少女的攻击吐血，魔术师少女们的怒气瞬间爆发，看着少女的眼神也更加仇恨，从想要杀了少女变成了想要将少女生吞一般。
就在魔术师队长被轰飞的下一瞬，少女右手握着缴械得来的光剑别开了下一位魔术师向她砍来的光剑，左手迅速在对方脖子后面一劈，让对方昏了过去，转身解决下一个魔术师。被少女击晕的魔术师少女眼里的恨意被少女看在了眼里，但她并没有在意，先攻击的是对方，在那之前自己并没有做什么能让她们产生深仇大恨的事，况且她也没有下死手。
在上方的狙击手瞄准了少女的脑袋，在少女即将完成处决时发射。刚击晕了一个魔术师的少女突然感受到针对她脑袋的威胁，却只来得及迅速将脑袋低下。下一瞬，一颗口径大到可怕的子弹几乎贴着少女的脑袋飞了过去。
少女心有余悸地抬起头，像刚才一样的攻击让她感受到了很大的威胁。可是她既没有远程攻击手段，又没办法飞起来攻击，天上的威胁无法被少女解除，所以少女只能被动地躲避这种攻击。
在接下来的战斗中，少女陷入了尴尬的境地，每次想发动进攻时，对方老是会来一下那种攻击，导致她只能与对方继续僵持着。
“Free Will（自由意志）！”如同身体的本能一般，少女喊出这个词语，对方与少女对峙的一个魔术师立即大声告诉所有队员：“精灵使用天使了，大家小心！”
少女喊出了那个被魔术师们称为“天使”的名词，外表似乎并没有什么变化，但只有少女才知道，刚才她一下得知了很多东西，比如――
少女催动体内名为灵力的能量飞了起来，在魔术师们警惕的注视下，瞬间来到了当时第一次用狙击枪攻击她的魔术师面前。这是少女第一次与人面对面，对面的魔术师少女也看到了少女的容貌：白皙的皮肤、淡金色的微卷短发、精雕细琢的五官，还有没有一丝情感波动的醒目的血红色眼睛。
那个魔术师少女没心思欣赏眼前的人儿，也来不及欣赏，少女早就将右手的光剑丢开了，她抓住对方一条胳膊，另一只手无名指一弯，一段剑刃伸出。少女将剑刃刺入了对方的腹部，然后迅速拔出。
“怪物，你......怎么不去死......”那位少女到失去意识前，眼神里的恨意与恶意一点点也没有减少，直勾勾地盯着少女没有一丝情感波动的双眼。
ps.剧情时间定在主线开始的是10年前。
