流迦失去了踪影，天崎也只是自暴自弃一般走向复活装置，几年间花费的心血最终因为自己识人不淑，终归是付出了代价，他并不惧怕牢狱之灾，那是从一开始就给自己定好的结局。
天崎看上去并没有什么继续斗下去的念头了，兰特嘱咐裙儿小姐和大嘴蝠看护好百璃便自己返回培养舱的房间，将真正的严海一起带了出来，这件事总该有个能好好解释和收尾的人。
……
作为开发了魂息能量相关技术的严海，策划了整个复活计划的天崎，自报名号为联盟做事来铲除暗锋组织的兰特和百璃，本应该完全敌对的几人，现在的立场颇有些微妙。
「事实上核心装置只是被我暂时停止了供能，重新调用的话还是可以维持运作的。可能有这个结果，多亏了这二位的帮忙。」
严海向天崎详细解释了整个交易的来龙去脉，在这之中流迦做过的很多事的确有疑点，但都没有想到他这几年过去已经成了一心想颠覆正常秩序，扰乱他人生活的癫狂之人，甚至到最后会背叛对自己有恩之人的梦想。对兰特，则是交还了黑鲁加和蓝蟾蜍的精灵球，表明了事后会和天崎一起去自首的事情。
「扰乱他人生活，可能我放任组织里的人抢夺宝可梦也没什么资格说吧。」天崎无奈地叹了口气，眼神清澈，一如往昔陪在波克基古身边时候的青年模样，「既然这个重启的机会是你们二位给我的，我想，把这个选择权交给你们吧。如果你们还是坚持要阻止我，那就一切到此为止……」
「……」
诚然，因为暗锋组织的计划，兰特的宝可梦同伴一度分崩离析，奇鲁莉安放弃了自己的梦想，大嘴蝠被自己失了智地伤害了，三只宝可梦被束缚在了精灵球中不见天日，抛开流迦不提，只要这个计划还在继续下去，兰特被盯上也是早晚的事情，说对暗锋组织充满怨恨也是合情合理。
兰特看了一眼在大厅内自由飞行的大嘴蝠，心中也有些释然，归根结底，大家都只是为了自己宝可梦拼上了全部的“自私”者，只不过天崎达成愿望的手段终究伤害到了太多人。第一次从严海口中了解暗锋组织是为了复活什么宝可梦开始，结合从百璃那里听来的卡洛斯的传说故事，让兰特潜意识中有产生过这个猜想。但要是复活的是什么远古时期对整个世界有灾害性质的强大宝可梦，那又该怎么办呢……这个问题的答案，兰特思考后认定它不属于自己的领域，真到了这个地步，那必不是自己一介普通人能干涉的了的。
「如果你是这么想的话，就重启吧。」
百璃在一旁也并没有多说什么，在和严海确立好了交易结果后，其实就已经和兰特讨论过这个话题了。
「真的……吗？」
「嗯……如你所见，我也不过就是个普通的宝可梦训练家，你的双斧战龙很强，就算用强硬手段阻拦，我也没那个能力去阻止。来这里的目的，是为了带回本该是我的宝可梦。抱歉骗了你，我不从属于任何立场，我只是为了我自己来的。」
「但那么多宝可梦都成了那副样子……」
「嗯，虽然我知道这么说很自私，我还是想说：我不是什么故事中正义感十足的主人公，那些跟我没什么关系。我并不想原谅你，也代替不了那么多宝可梦们不在场的训练家原谅你，如果说我的两只宝可梦真的也被融入了核心，可能我就算打不赢也会和你战斗到底吧，但现在摆在眼前的事实，是我的宝可梦就在我能救回的范畴里，其他的，我没那个能力管，也不想管。所以，」兰特对着天崎伸出了手，说出了最后确定的选择，「去救回你的朋友吧。」
天崎也握住了那只手，手中正是兰特抢过去的羽翼吊坠，这个结果也是他料想不到的，在最后一刻闯入的陌生孩子，竟成了自己达成目标最后一步的助推者。几年前波克基古为了那场闹剧一般的纷争，赌上了自己的性命，他不是没有想过应该让这些喜好争斗的人类付出代价，但当严海提出最终兵器的设想时，他退缩了。天崎唯一想要的，还是波克基古能正常安稳地生活在这个它所热爱的宝可梦世界，仅此而已，哪怕依靠这种手段复活的波克基古，并不会理解他，并不会认同他，甚至可能并不会认出他，都无关紧要。
严海用自己带上来的电脑程式重新开启了供能，魂息能量的聚集也再一次开启了倒计时，进度条按部就班地增长着，各种色彩的能量也在逐渐融为一体。
「你刚刚的说法，好像能打赢我就还是会阻止我一样呢。」在等待的时间里，天崎漫不经心地想起来兰特的发言。
「谁知道呢……反正已经被改造完的宝可梦也只有让你们的这位科学家好好戴罪立功去才有办法，阻止了你，不过是让这世界多一个遗憾罢了。」
「兰特你就是动同情心了吧……」
「可得了吧，我去同情他那谁来同情我。疼疼疼……」否定了百璃的拆台，兰特又一次被裙儿小姐气鼓鼓地拍了几下，「要不要那么记仇啊……」
「这个小姑娘的手有没有大碍，流迦那时候应该是下脚的力度不轻。」
「嗯……就是还不能动的太厉害。」
「第一个闯进了这里的，是你们二位真的太好了。方便问一下你们的名字吗？我会在监狱里也记住你们的。」
「我是……三川百璃」
「我是兰特，虽然我觉得你最后那句说法怪怪的。」
核心装置的能量峰值时间已到，在吊坠放上去的那一刻，白色涌动的能量体从装置内四溢而出，汇聚到吊坠中的能量逐渐增多，在能量洪流的推动之下，吊坠浮上了半空，两侧银白色的天使羽翼渐渐张开，吊坠中间的金属部分也在光芒中转化成了波克基古的下半身的蛋壳状，属于波克基古的花纹一笔一划地浮现在了表面。这个吊坠正是波克基古曾经耗尽力量后留下的躯壳和意识，在光芒成型的瞬间，天崎终于听到了那最熟知不过的属于波克基古的叫声。
天崎含泪将波克基古拥入怀中，而波克基古的意识，似乎只是保留在了消散前的那一天，对着天崎年纪增长后有所改变的样貌颇为疑惑，但那曾经伙伴间的联系没有消失，认出了天崎身份的波克基古，脸上映出的是和多年前一模一样的笑容。
见证了波克基古的复活奇迹，兰特也感觉到自己心中有股莫名的感觉，这个波克基古的生命或许是依靠其他众多宝可梦的生命拼凑而成的，但以水火为能量基底的生命之源，到底算不算是牺牲了所谓的灵魂呢，这个问题的答案随着严海对装置资料的彻底清空，也不再能得出明确的结果了。按严海的说法是，诞生了那唯一一次的奇迹才能被称之为奇迹，被滥用的奇迹终究会变成灾祸。
暗锋组织的事件就此告一段落，严海将主厅的系统限制全部解除，关闭了基地内所有的幻觉和转移系统，培养舱中的宝可梦也被尽数救出，天崎也和自己宣称的一样，向国际刑警自首。波克基古选择暂时回到属于自己族群，存在于另一次元的乐园，会在那里等待着和天崎再次在宝可梦世界相聚的那天。
严海作为被驱逐的科研人员，自首之余还要协助联盟方展开对魂息宝可梦进行逆向修复的研究，这是一个更为漫长的过程，也是他为自己赎罪而要做的重要科研事业。
布莱恩见到兰特搀扶着百璃从基地大门出来时，悬着的心终于落了下来，两人和宝可梦都安然无恙，决定当晚请两人一起吃顿大餐，兰特一想到原来的那些快餐食品，还是忍不住感到有些腻味，当即拒绝了，逼得布莱恩不得不发誓是去的高档饭店。
比起当晚的大餐，兰特此刻更在意的是另一件事。流迦逃走后，在培养舱中并没有找到第二只黑鲁加，也就意味着黑鲁加的母亲很有可能还在他手上，算是唯一不能释怀的地方了。
「算了，以后的事情以后在想。大嘴蝠。」兰特和大嘴蝠面对面，郑重地道了歉，「一直勉强你去做那样不合理的锻炼，真的对不起，今后还能来帮我吗？」
大嘴蝠默不作声，直勾勾地盯着兰特的眼睛，缓缓降落到兰特的手边将一只手抬起，然后在用自己的翅膀拍上去，这就是大嘴蝠唯一能想到表示默契击掌的方法，随后它松开手开心地笑了起来。
「谢谢你……」
话音未落，大嘴蝠的身上绽放出了耀眼的蓝色白光，进化了。
