在一片生机盎然的原始山脉中，坐落一个民风淳朴的小镇，茂密的原始森林将其层层环绕，无数神奇宝贝安静地生活在这梦寐以求的栖息地中，不时带起充满活力的阵阵喧嚣；一条简单的乡间小道蜿蜒伸向森林之外，沟通着外界与这与世隔绝的仙境。而就是这看似普通的乡间小镇，却居住着在研究神奇宝贝领域久负盛名的神奇宝贝研究者，绝对的权威-大木博士。
在这个世界，除了人类之外，还有名为神奇宝贝的生物与人类共同统治着这片大陆与海洋。而研究各种神奇宝贝身上的秘密，探索人类与神奇宝贝如何更好地一起和平共处，正是大木博士一直以来的工作与梦想。作为神奇宝贝学界的领导者，大木博士所在地区自然是受到神奇宝贝联盟的优渥待遇，不仅遵循其意见在他的家乡真新镇建了一座巨大的研究所，更是将真新镇方圆几里内的原始生态环境保护起来帮助大木博士的研究。
又是一个风和日丽的早晨，大木博士一如既往的开始忙碌起来。但是这几天，他却并不是忙于研究，而是为了举办夏令营。
为了更好的与各个地区的研究学者交流心得，探索人类与神奇宝贝和谐相处的方法，大木博士时不时也会举办一些聚会，邀请神奇宝贝学术界一些有名的博士和学者及其家属来到真新镇，享受一段美好的时光。
在偌大的研究所中，仅凭大木博士一个人自然是有些应接不暇，而通常每到这个时候，镇上的邻居朋友自然也会帮忙出一份力，而作为和大木博士关系极好的小智一家，自然是必不可少。
“小智！注意不要给大木博士添乱哦！”
身穿粉色上衣的花子在忙碌的同时，不忘提醒一下随行而来刚满6岁的小智。
“知道了啦妈！”小智大喊一声，随后兴奋地直接往大木博士研究所的后院跑去，那里有大木博士培育的各种神奇宝贝，这也是他喜欢来大木博士研究所的主要原因！在这里，他可以近距离接触神奇宝贝！
“小茂小茂，让我们来一场神奇宝贝大战吧，这一次我还是选择小火龙挑战你和杰尼龟！这次一定不会输给你了！”
小智跑到后院抱着一直尾巴冒火的神奇宝贝，对着黄头发的小孩提出了挑战。
“笨蛋，你还是先学好属性克制再说吧，小火龙是打不过杰尼龟的。”
“不可能，这次我和小火龙一定会配合的更好打败你！”
看着小智一头攒到后院，并与还在后院玩耍的小茂争吵起有关谁更了解神奇宝贝的问题，大木博士也是从后院笑着走出来。“小智还是一如既往的热爱神奇宝贝啊。”
随后看向花子，“今年也辛苦你帮我打扫研究所了。”
“哪里，倒是辛苦大木博士你对小智一直以来的照顾了。”花子也是回以笑容，“听说大木博士这次夏令营有不少人报名哦。”
闻言，大木博士看了看正在和研究所内神奇宝贝玩耍的小智和小茂，脑海中浮现出一位少年的身影，笑的更加灿烂了，“是啊，今年夏令营会很热闹呢。”
时间回到一个月前，远在合众地区鹿子镇的红豆杉博士自然也是收到大木博士举办夏令营的邀请，她手持大木博士寄来的邀请函，走进研究所后院，看着正和一堆神奇宝贝打着火热的小少年问道。
“小空，大木博士说下个月要举办一场盛大的夏令营哦，听说有很多资质不错的学者和训练家们被邀请，特地署名了让我带上你，你要去吗？”
少年闻言收回双手，放下对藤藤蛇尾巴的大叶子研究，抬头看了一眼有着青色眼睛和棕色头发，身穿研究院标志性白大褂，配着绿色短裙和红白相间运动鞋的红豆杉博士。虽然打扮随意，但是并不影响红豆杉博士漂亮的颜值。他觉得红豆杉博士要是能打扮一下怎么也得是惊艳四方的美人。但是想到神奇宝贝世界每个地区的博士似乎都像大木博士那样对研究员的白大褂独有情钟，便也释然了。
藤藤蛇感受到少年停止了对其尾巴的研究，反而主动爬上少年的膝盖，闭上眼睛小憩起来，似乎是在索取刚刚配合研究的好处。
“你还是老样子这么受神奇宝贝欢迎啊！”红豆杉博士见到这一幕也是感叹道。
少年名为小空，作为一名神奇宝贝爱好者，机缘巧合之下穿越到了他最喜欢的神奇宝贝世界，这也是为什么他知道各地区博士的原因。
至于这次穿越和他脑海中的各种小说穿越比起来也绝对不算幸运。
他只记得作为一位五好青年大学生，自己原本只是在宿舍玩着好不容易搞到手的包含所有地区和人物剧情的神奇宝贝游戏同人大作《神奇宝贝—燃魂》，极高的自由度与良好的完成度是让小空这位神奇宝贝死忠粉连续肝了整个周末才通关，并且完成全图鉴的成就。
而就在他感叹着闭上双眼休息了一晚上之后，再睁开眼只发现自己眼前并非熟悉的宿舍天花板，而是湛蓝清澈的天空，自己躺在一片青葱的草地上，恍惚间看见一道灰白相间的鸟嘴衔着树叶，往他嘴里灌水，清凉的露水顺后而下，让小空的意识清醒几分。
见小空清醒过来，喂水的鸟兴奋地叫了两声，随后扇着翅膀在小空头顶盘旋。
原来是豆豆鸽啊。
豆豆鸽！？
小空猛地清醒过来，想要坐起身观察自己的周围，却发现自己身体意外的笨重，发现自己的身体回归到了幼小的状态。小空只能手脚并用翻个身，观察一下自己的处境，茂密的森林中依稀可以看见在矮小的灌木丛中，有着小拉达、虫宝包、可达鸭等神奇宝贝藏身其中观察着他，显然，他们对于小空这个平时在森林中看不见的人类很感兴趣。
而作为一名接受过各类异世界小说熏陶的小空来说在经过一阵子的错愕之后也是明白，自己穿越了，还是穿越到了自己最喜欢的神奇宝贝的世界。
虽然不清楚穿越的具体原因，但是起码是个不错的结果，不过很快他却发现一个巨大的问题，自己确实像其他书中的主角一样年轻了，但是他看了看自己的爪爪，自己无疑是年轻过头了，自己现在分明最多只是三四岁的样子！而自己现在无疑身处森林深处！一个三四岁的孩子独自在森林深处，就算是神奇宝贝的世界他也不敢想自己能怎么活下去！更何况凭借小空记忆里的神奇宝贝知识判断，以森林里的神奇宝贝种类来说，这里并不是自己最熟悉的新人初始地真新镇，而是在合众地区！
小空当场有种有苦说不出的感觉。
合着自己这是神奇宝贝版地狱开局？
也好在这是在神奇宝贝的世界，而森林里的神奇宝贝不知为何对小空的态度也是非常友好，给他送来了不少树果和露水，在森林中神奇宝贝们的帮助下，小空起码不用担心饿肚子，好不容易能够接触神奇宝贝的喜悦让他暂时把自己的处境抛在了脑后，和森林里友好的神奇宝贝们玩耍起来。
而等到红豆杉博士在野生神奇宝贝的指引下发现小空的时候，他正在被一群神奇宝贝围着，脸上洋溢着灿烂的笑容。
感叹小空居然能和野生的神奇宝贝相处如此融洽之余，红豆杉博士也是放心不下小空，将他带回了自己的研究所，而这就是我们一切故事的开始。
