在重返未来1999的游戏中，现在所知的可以抵御暴雨的基金会管理区只有总部
在面临暴雨时各地的调查员或者分部职员必须返回总部避难。根据1.7版本说法，圣洛夫基金会的分部成员（如卡尔）是不知道暴雨存在的，他们大概率是会作为弃子被暴雨冲刷带走。但在主线剧情第四章中，Z女士的朋友卡兹和另一些人（如芝加哥分部部长这个cx）都是地方分部的成员，他们显然躲过了暴雨。因此在基金会的地方体系中，分部结构应该包含内外两种体系，在本书中则已以下标准进行了胡乱划分。
①地方总局和次局的划分
地方总局：一般设立于地域中心城市，如巴黎分部是地方性总局，协助各国政府处理比利时，卢森堡，莱茵兰部分地区的神秘学事物。其部长和执行委派人员直接由基金会委派，作为核心人员知晓暴雨的存在，在暴雨二十四小时前可利用任何手段回到总部，或者就近避难。
现在已知的总局可供避难场所：
圣洛夫基金会总部
西岱岛隐修屋（巴黎—西法兰克总局）
先贤祠穹顶中央区域（巴黎—西法兰克总局）
施潘道城堡二层的楼梯下（柏林—北德意志总局）
威廉皇帝纪念教堂（柏林—北德意志总局，仅可保护神秘学家）
北京鼓楼（北京—泛华北总局）
南唐（北京—泛华北总局）
天王府金銮殿（南京—江南总局）
中山桥（兰州—中华西北总局）
美泉宫前殿第二根廊柱附近的十二步之内（维也纳—南德意志与内外拉塔尼亚总局）
………
地方次局：作为总局的下辖机构，次局的机构组成相对简单，他们一般建立在节点城市或小国首都。如布达佩斯次局为维也纳总局下辖的次局，次局员工多为本地招募，次局部长为总局委派知情人员。
②人员结构
❶理事厅：总局由一名局长和两名协理局长组成，次局则只有一名局长负责制定执行计划和接受总部指示。
❷执行委员会：执行委员会以执行小队队长（执行委派专员）为参会成员，负责接任和为重大任务提供执行建议。
❸采集分析院：服务于拉普拉斯以及本局的科研需求
❹联络会：负责与各国政府的政务，神秘学家事物的联络，一般联络会长由局长兼任。
❺车站检修局：总部传送装置的检修工作处理机构。
